荥阳大会明崇祯八年（1635），为了破解明军大规模的围剿， 高迎祥、罗汝才、张献忠、李自成等13家72营农民军首领聚集在河南荥阳，共商拒敌之策。在这次军事会议上，闯王高迎祥麾下闯将李自成提出“分兵定所向”的主张，即联合作战、分兵出击。这一作战主张得到各路农军首领的一致赞同。会上决定农军兵分五路抗击明军：东路军由高迎祥、张献忠等部组成，负责进攻安徽，是农民军中人数最多、战力最强之精锐主力； 西路军由横天王、射塌天、混十万等部组成，主攻方向是陕西；南路军由贺一龙、 贺锦等部组成，向湖广、四川方向进军；北路军由罗汝才、惠登相等部组成，主要负责迎击、牵制河南的官军；另外还有老回回马守应、九条龙 、过天星等部为游军，负责袭扰明军。
攻下明中都，摧毁明祖陵荥阳大会后，东路农军在高迎祥、李自成、张献忠的率领下，接连挫败明军，先后攻克固始、颍州等地，并在崇祯八年元宵节那天，明中都凤阳的官民忙着欢度节日、守军疏于防备的时候，突然铺天盖地般袭来，犹如从天而降。据记载，扫地王、太平王最先赶到，高迎祥、李自成、张献忠所率农民军紧随其后，源源而至。农军士卒翻墙而入，首先焚烧了明祖陵享殿，陵前数千株苍松翠柏也被殃及，遭焚毁殆尽。
凤阳留守朱国相、千户陈弘祖等人闻变仓惶迎战，很快被农军击败，国相、弘祖等皆被斩杀。李自成还纵兵放火焚毁了龙兴寺。 龙兴寺是当年朱元璋出家当和尚的庙宇，后来他发迹建立大明才改名龙兴寺，朱皇帝曾亲书庙堂匾额“第一山”。驻守中都的文武官员大部被杀，少部投降，守军则逃的逃、降的降，无人愿意死战。农民军很快占领凤阳全城。
农民军在明中都凤阳，不仅大肆焚烧宫殿楼宇，而且还将明祖陵盗掘一空，然后纵火烧陵，陵区内所植的30余万株古松被全部烧毁， 熊熊大火连烧数日，“光烛百里”。部分农军将士还烧杀抢掠，甚至滥杀无辜，《绥寇纪略》载 ：“（贼兵）剖孕妇，注婴儿于槊（矛）”。李自成、张献忠对朱明宗室成员恨之入骨，只要被抓住就定斩不饶，留驻明中都得明宗室成员大量遇害。农民军摧毁凤阳府明皇陵和龙兴寺后，树起了“古元真龙皇帝”的旗号，不仅让崇祯帝痛不欲生，还给明统治者以沉重打击。
崇祯调整战术，启用洪承畴、卢象升，重挫农民军东路军取得凤阳大捷后，崇祯帝痛定思痛，改变了过去的战术。崇祯八年（1635）八月，他改派湖广总督卢象升为直隶（河北）、河南等处总督，“专制中原”，形成了“（洪）承畴剿西北，（卢）象升剿东南《明史·兵备志》”的有利局面，调集数省重兵专剿高迎祥部，高迎祥与明军交战多次均告失败，人马损失颇重。崇祯九年（1636）东路农军在陕西周至遭陕西巡抚孙传庭部的伏击，死伤惨重，闯王高迎祥负伤被擒，旋即押赴京师惨遭凌迟处死。
明军集结重兵大肆进剿的局面使东路农军损失惨重，但这种不利局面并没有因为闯王高迎祥被俘杀而有所改观。高迎祥余部共推有勇有谋的闯将李自成继为闯王，继续领导东路军残部转战于川、陕之间，坚持战斗，并和紧追不舍、围追堵截的明军玩起了游击战、奔袭战以及“捉迷藏”游戏，数次挫败官军。
李自成部在川北梓潼差点被明军团灭，仅余十八骑窜入商洛山中蛰伏待机崇祯十一年（1638）春，李自成部在四川北部的梓潼山区遭到洪承畴、孙传庭精锐陕军的伏击，因事起仓猝，农民军被打得尸横遍野，血流漂杵，几乎全军覆没，李自成仅带刘宗敏、田见秀等18亲骑溃围而出，辗转进入陕西、湖北边界的商洛大山中蛰伏、喘息。李自成等藏匿在商洛山区静待时机，同时收集旧部，耕种练兵，关注外界局势，寻机东山再起。和张献忠、罗汝才等农军首领相比，李自成确实意志坚韧，折而不挠，且从未因丧失信心而接受过官军招抚，这点是他能屡仆屡起的重要原因所在。
这时，同样勇猛善战的张献忠在河南南阳被明军悍将左良玉击败后，被迫接受了招抚。其他农民军，如罗汝才、惠登相、刘国能等也相继降附明军。明末农民大暴动陷入低潮。
张献忠接受招安后，拒绝缴械，还拒绝了明廷打散、收编自己部队的企图，以保存实力，寻找合适时机再树反旗。
死灰复燃罗汝才、惠登相等人投降后表面上解甲归田，实际上也在暗中不断召集旧部、扩充实力，想寻机卷土重来。经过一年的休整，张献忠于崇祯十二年（1639） 在湖北谷城再度起兵造反，狡黠多智的罗汝才等也迅速响应，重新拿起武器与官军鏖战，并在竹山、罗猴山之战中重创了左良玉部 。崇祯十四年，二度起事的张献忠部农民军也抓住有利时机大举东下， 迅速攻克长江重镇襄阳，擒杀明藩襄阳王朱翊铭，掳获无数，实力大增。在此前的一个月，李自成听说张献忠再度扯旗反明，不顾兵单势弱，也从商洛山的密林荒村中走出，开始了新的军事行动。
福禄汤刚走出商洛大山的李自成人马不多，但他并没有进攻明军较少的偏僻州郡，而是出乎意料地发起突袭，攻占了明朝军事重镇洛阳城，并处死了贪得无厌的明福王朱常洵（崇祯叔父）。《绥寇纪略》记载说，李自成下令将朱常洵洗剥干净，再将王府后花园中豢养的一头梅花鹿宰杀，和福王一起塞进一口大铜鼎，架柴点火炖成一锅“福禄汤” ，与众将士吃肉喝汤，大快朵颐 。
东山再起的李自成在封建文人的帮助下，有了更远大的政治目标当时，河南遭遇连年灾荒，饥民遍野，许多走投无路的灾民争相投入农民军，李自成队伍迅速扩展至数十万人。一些与当地官府有矛盾的知识分子，如牛金星、宋献策、李岩（此人存疑，或为虚构人物）等也纷纷加入农军。这些有文化的士绅阶层眼光确实高于种田人，他们竭力辅佐李自成建立更大功业。 这些读书人针对明末土地兼并严重 、财富高度集中、税赋苛重的情况，提出了“均田免粮”的起义口号，做不做得到暂且不论，但这一口号确实深受广大一穷二白农民的欢迎。在中原大地上，民间广泛传诵着“杀牛羊，备酒浆，开了城门迎闯王，闯王来了不纳粮” 、“吃他娘，穿他娘，吃着不尽有闯王，不当差，不纳粮”的歌谣。
彼时的李自成，也一改往日的流寇作风，开始严肃军纪，禁止士卒抢掠百姓财物、淫人妻女，违者严惩，由此，李自成得以咸鱼翻身，其麾下的农民军也得到了迅速发展。他也不再满足于做个打打杀杀、 到处流窜、喝酒吃肉的草寇，而是有了更高的志向与更长远的政治眼光。
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