1876年（光绪2年）8月下旬，左宗棠的西征大军入彊首攻乌鲁木齐大获全胜后，旋即挥师再由北向南，欲乘胜收复被阿古柏侵占的天山南路。

同年11月12日，左宗棠在奏疏中提出“搜剿窜贼，布置后路，进取南路”的用兵建议，将搜剿北疆逃窜之贼与进取南疆紧密结合，得到清廷首肯后，他加紧准备，择日出兵南征。

当时阿古柏在南疆惶惶不可终日，一面乞求英国出面帮助向清军“请降”，企图使清廷承认其“哲德沙尔汗国政权”为大清藩属国，一面暗中加紧调兵遣将、修葺工事、部署防御，以重兵固守达坂城、吐鲁番、托克逊三座南疆重镇，企图阻抗清军由乌鲁木齐对吐鲁番方向发起的进攻。

左宗棠根据敌情变化提出三路并进、打开南疆门户的作战方案，具体部署是：刘锦棠率部自乌鲁木齐南下，进攻达坂城，为北路军；张曜率“嵩武军”由哈密西进 ，为东路军；徐占彪率所部川军出木垒河（位于今新疆昌吉回族自治州木垒哈萨克自治县境内），翻越天山南下，为东北路军。张曜、徐占彪两军约期会师盐池，然后向吐鲁番、托克逊方向发起进攻。

为了顺利克复南疆，左宗棠殚思竭虑，特意做了一番仔细安排：

为避免清军两线作战，暂时将伊犁放在一边，集中力量进取南疆。沙俄军队侵占伊犁后，虽然约定待清军夺回被阿古柏占领的乌垣、玛纳斯后便交还伊犁，但此时清军兵力不足，难以分兵，粮饷也是捉襟见肘，若此时与俄国交涉归还伊犁一事，很有可能被贪婪狡黠的沙俄趁机要挟，反受拖累。俗话说“战场上得不到的东西，谈判桌上也得不到”。左宗棠认为，暂且将俄占伊犁一事搁置一旁，使西征军心无旁骛攻夺南疆，假如南疆战事顺利，伊犁说不定能不战而还。左宗棠对伊犁“暂置不论”的主张，确实有利于集中力量讨伐阿古柏侵略军，又因为南路战事的胜利，为后来从沙俄手里索还伊犁创造了更有利的条件。

1877年初春，由于阿古柏匪军不断袭扰，巴里坤至古城的运输线一度被其截断了20多天。为了确保西线运道畅通无阻，左宗棠调整了后路警戒力量：驻守包头的记名提督金运昌率10营淮军， 进屯于古城至乌鲁木齐一线的各处要隘；从甘肃安西抽调徐万福等5营兵力进驻巴里坤；新晋哈密办事大臣明春率所部4个营进驻哈密。这样一来，阿古柏军无机可乘，西线粮道畅通无阻。一切准备就绪，攻伐南疆的作战条件基本成熟， 西征军各部相继开始行动起来。

对于阿古柏侵略势力，左宗棠立足于战时，首先采取分化瓦解的策略。他窥破阿古柏对走投无路才投奔他的白彦虎“意在蔑视，又思借其众以自雄”的诡谲心理，利用离间计使阿古柏与白彦虎相互猜忌、提防，为清军所用。随后，阿古柏、白彦虎互不信任，时分时合。但左宗棠并不认为离间阿、白之计为制胜之道，其立足点还是在战。

阿古柏侵略军

1877年（光绪3年）4月中，刘锦棠率老湘军步骑从乌鲁木齐出发，昼夜兼程，3日后便神不知、鬼不觉地抵达达坂城下。乘城内守敌不备，刘锦棠立即下令围城，用枪炮猛打猛轰，击溃了阿古柏从托克逊派来的援军，击毙数百人，旋即猛攻城池，前仆后继，仅用两天时间就攻破了阿古柏用重兵设防的达坂城，巷战时歼敌近千 ，生俘大总管爱伊德尔胡里等大小头目 百余人，另有1200多敌军被俘虏，缴获的枪械、火炮、马匹数量也不少。

随后，刘锦棠谨遵左宗棠的指示，对阿古柏侵略军从南疆各地胁迫而来的千余名维吾尔、回族、蒙古族民众采取安抚政策，不打不杀，还发给衣物粮食，并让他们各归原部落，待西征大军进击后，或作为内应，或策动各酋长降附清军。《西征纪略》载：这些被裹挟“从贼” 之人“在丧胆之余，怀不杀之德，皆惊喜过望，踊跃欢呼而去”。大总管爱伊德尔胡里及其属下百余名大小头目为活命都表示愿意派人告知阿古柏，让他逮捕清军一直在追缉的陕回首领白彦虎，以表归顺诚意，同时归还“南（疆）八城”，请求宽宥、赦免。刘锦棠同意他们愿留在军中等待阿古柏回信的请求，将这些酋领暂时羁押在营中。

但阿古柏授意镇守托克逊的次子海古拉将清军遣返的大部分人杀害了，侥幸逃出来的部分维吾尔人、回民再次回到被清军攻占的达坂城等地 ，此后死心塌地的帮助清军征讨阿古柏。事后，左宗棠对刘锦棠“暂留不杀，以观其变”的做法大加赞赏，认为刘锦棠忠实而出色地执行了自己定下的“剿抚兼施”政策，为清军顺利扫平南疆打下了坚实基础。

西征军对民众的安抚政策，使托克逊各族民众不再疑惧，相对于凶残嗜杀的阿古柏军，他们对清军反而更翘首以待。 4月24日，刘锦棠率部趁夜悄悄离开达坂城南下，于次日晚间抵达托克逊城下并立刻发起猛攻，守军猝不及防，旋即崩溃，海古拉、白彦虎等人事前已携带眷属、辎重仓惶西逃，守军无心恋战，刘锦棠军未经激烈战斗很快便攻克了托克逊城。

按左宗棠制定的“三道并进”吐鲁番的作战计划，当刘锦棠从乌鲁木齐率军直趋达坂城之时，徐占彪也与张曜部嵩武军分统孙金彪率领的前锋会师于盐池，与4月21日合攻吐鲁番东面的门户奇克腾木（今吐鲁番鄯善七克台镇），次日乘胜攻克辟展（今鄯善辟展镇），然后兵分两路进逼吐鲁番。

刘锦棠攻克托克逊后，派部将罗长祜率6营骑兵从北路驰往吐鲁番。于4月26日与张曜的嵩武军、徐占彪的蜀军会师，形成三军夹击之势，城内的阿古柏军惊慌失措，很快便抵挡不住清军的猛烈进攻了。阿古柏派驻吐鲁番的将领艾克木汗早已潜逃，阿古柏残军开城向西狂奔，本地万余名维吾尔、回民跪地求饶。罗长祜对他们进行安抚，对之前的“从贼”之事不予追究。吐鲁番全境就此被清军平复。

西征军仅用7天时间接连攻下阿古柏重点设防的3座坚城，其速度之快、攻势之猛、打击之重、影响范围之大，被西征统帅左宗棠称为“西征用兵未有之事”。（铁马作品，严禁剽窃、搬运）西征清军破敌的效果、战事进展的速度、击毙敌军数量、当地民众归降的人数，都印证了左宗棠“缓进速战、三道并进”征战策略的正确性。

西征军的接连胜利，摧垮了阿古柏精心布设的防线，使断绝已久的天山南北两路重新凿通，打开了由吐鲁番进军喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什、喀什噶尔、英吉沙、叶尔羌、和阗即所谓“南八城”的大门，也促使本已貌合神离的阿古柏侵略集团更加分崩离析，此时的阿古柏已经无力驾驭桀骜不驯的白彦虎，更无法节制其浩罕部众，无力扭转败局。5月29日，四面楚歌的“洪福齐天汗” 阿古柏收到了由272个酋长联合签名向清军求和的信件，他异常愤怒，却又无力回天。随后，他喝下一杯掺有毒药的茶，不久就毒发身亡了。

阿古柏自杀后， 其侵略集团开始公开分裂，为争权保命相算计、互厮杀起来，在西征军节节推进、步步进逼的武力威慑下， 其彻底崩溃只在旦夕间。

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