自西征军平定北疆后往南节节推进，又连克天山南麓达坂城、托克逊、吐鲁番三城，屡获胜利，兵败绝望的阿古柏服毒自尽后，其侵略集团内部高层公开分裂，为争权夺利或为保全身家性命而相互厮杀起来。

阿古柏次子海古拉得知老爹死讯后，立即赶往库尔勒，先是秘不发丧，封锁死讯，继而命艾克木汗留守库尔勒，他自己则护送阿古柏灵柩驰往喀什噶尔，目的是在那里继位称汗。

但就在海古拉护送死爹阿古柏灵柩离开库尔勒的第二天，艾克木汗便抢先自立为汗王，并亲率一支马队追杀海古拉，以保护自己在阿克苏领地内的财富。阿古柏的长子伯克胡里一直驻守喀什噶尔地区，他素来和俄国人关系密切，并得到俄国人的大力帮助，得知老爹阿古柏已死的消息后，他立刻派出一对杀手埋伏在弟弟海古拉扶柩返回喀什噶尔的必经之路上，暗杀了海古拉，将其卫队也悉数歼灭，旋即又派兵攻打艾克木汗，随后艾克木汗兵败逃入沙俄境内。

伯克胡里的军队是原阿古柏麾下最精锐的一支主力军。他通过这支军队和白彦虎的陕回残军镇压了其他竞争对手，基本巩固了自己的地位，还妄图乘势袭占库尔勒以西的南疆八城——喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什、喀什噶尔、英吉沙、叶尔羌、和阗 ，以此自雄，并继续称王称霸。（夜阑卧听风吹雨，铁马冰河入梦来）伯克胡里看似气焰嚣张，但在左宗棠看来，经过激烈内讧、自相残杀，阿古柏建立的“哲德沙尔汗国”侵略政权早已经分崩离析、穷途末路了，彻底土崩瓦解是迟早之事。

随着天山北路被清军顺利收复，阿古柏的惨败身亡，其势力从内部分崩离析，整体形势对左宗棠西征军非常有利。不过左宗棠没有被胜利冲昏头脑， 也没有立即下令大军乘胜追击，对天山以南的南疆八城发起迅猛攻击，而是又一次冷静地提出“缓进速战 ”的策略。

他对爱将刘锦棠说，西攻南八城“宁可迟不可错”。他认为大军远征，后勤运输困难，进军途中粮食缺乏，将士必须“裹粮”而行，而吐鲁番地区土地荒芜，粮食匮乏，需要从哈密、巴里坤等地转输屯集，因此必须等秋后粮食收获采运充足后，大军才能继续进发。进军前，左宗棠下令：

“大军所至 ，勿淫掠，勿残杀。王者之师如时雨，此其时也” 。

严禁西征军将士奸淫掳掠，残害无辜百姓，以减轻战乱给普通百姓造成的伤害。

据史料记载，南（疆）八城又分为东四城与西四城，东四城指的是吐鲁番以西的喀喇沙尔（今焉耆）、库车、阿克苏、乌什（今莎车）、和阗。东四城大体呈直线分布在托克逊以西，从吐鲁番经喀喇沙尔到乌什，东西约2300余里 。喀什噶尔是南疆八城的中心，从阿克苏到喀什噶尔约700余里；从喀什噶尔往南经英吉沙，再往东南经叶尔羌到和阗约1400余里，每座城池之间相距遥远，地域广袤，辽阔无垠。

在南八城之外，白彦虎陕回势力残余和阿古柏旧部的一些军阀势力还盘踞在拜城等地。因此，西征军转战于4000多里的漫长战线，且所经大多是荒无人烟的沙漠、戈壁，交通极不方便，转运作战物资异常艰难，清军行军之艰辛不易可想而知。

更重要的一点是，刘锦棠率西征军攻克吐鲁番时正值盛夏。吐鲁番地区古称“ 火洲”，炽热无比，酷暑难耐。而且，当时未到新粮收获时，驮畜也很难征集，粮运非常困难。因此，左宗棠对张曜说，吐鲁番至喀喇沙尔，沿途皆干旱不毛之地，酷热异常，蚊虫极多，非秋后进军不可。既然有如此多的不利因素，左宗棠怎能不慎之又慎呢？他决定不乘胜进军南八城，而是等秋后天气凉爽、征粮容易时再挥师南进，收复南八城。

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