关于黄巢为何在唐僖宗广明元年（880）从岭南又开始北伐，史书说法比较含糊。《新唐书》指出是黄巢等人几乎全是北方人，不习惯岭南气候，义军大量感染疾病，伤亡很大。原本黄巢还信誓旦旦要“欲据南海之地，永为巢穴”（见《册府元龟》提到黄巢索要安南都护和广州节度使时的说法。） 结果几个月就不得不调整方向，再次北上。
春夏之际，湘江水涨，黄巢义军乘数十只大木筏顺流而下，穿过永州、衡州，攻占潭州（今湖南长沙市）。宰相王铎主动请命为荆南节度使（王铎为宪宗到文宗期间敛财名臣王播的侄儿，由于王铎出身不错，唐懿宗初年主持科举，同昌公主的驸马韦保衡就是王铎录取，所以韦保衡对他一直很尊敬，后期王铎也一起任宰相，两人关系不错），派泰宁军节度使李系为招讨副使（泰宁军是后期以兖海节度使辖区改军号的节度使，以兖州、海州、密州、沂州地区为主，还是鲁南苏北一带）。
黄巢起义的连环画
结果这个李系败走朗州，十万大军几乎损失殆尽，湘江号称被鲜血染红。之后，尚让乘胜进攻江陵，称拥兵达五十万。荆南节度使王铎见义军声势浩大，便退守襄阳。黄巢占据荆南一带后，由胁迫前岭南节度使李迢上书天子（黄巢内心一直对朝廷官位念念不忘，绝无可疑）。李迢拒绝说：“吾腕可断，表不可为。”黄巢一怒之下杀了他。
黄巢和尚让合攻襄阳，当时唐军已经有北方河朔地区的沙陀军赶来相助，义军在荆门中了埋伏，损失甚大。黄巢就引军避开襄阳，从鄂州转向进攻饶、信、池、宣、歙、杭等地。一路上黄巢又得以恢复，史书称“众至二十万”。
唐僖宗再把高骈这位诸道行营都统召回，征调昭义、感化、义武诸道兵南下联合消灭义军。朝廷满以为等着高骈“不日当平”的佳音，结果等来高骈告急，顿时慌了手脚，下诏泰宁军节度使齐克让驻守汝州，又命曹全晸为天平节度使兼东面副都统（曹全晸是懿宗咸通年间进士，河南开封人，史书称文武双全，弓马娴熟，早年为淄州刺史，黄巢势大以后，调任江西招讨使配合山南东道节度使刘巨容，获得一定胜利）。曹全晸的天平兵追击黄巢在淮上被打败，还牺牲了自己的长子曹翊。
这一年九月，黄巢自称“率土大将军”，从淮河以北攻陷申州（治信阳）之后，长驱进入颍、宋、徐、兖等州，官吏四处逃散。义军入汝州（治河南汝州市），黄巢传檄说：“我将入东都，就到京城……”朝廷慌作一团，有人主张调发关内诸镇兵扼守潼关，大宦官田令孜自请率两神策军弓弩手守关；有人则认为义军拥有六十万之众，潼关又无重兵，难以坚守。僖宗自然无比信任田令孜，就让他率兵守关。十一月时，黄巢大军进抵洛阳，唐将齐克让退守潼关，东都留守刘允章率分司官出城迎接黄巢入城。史书称：“供顿而去，坊市晏然”（见《新唐书》和《太平御览》） 。
黄巢军占洛阳不几日即向关中挺进，并警告守潼关的官军。田令孜将左、右神策军出关东讨。这时的神策军士全是长安豪富子弟，大多为了厚得供给和赏赐才贿赂宦官挂名军籍，根本没人经历战阵。一旦听说出征，吓得父子抱头相哭，为了逃避战事，多以金帛雇佣商贩与贫民代行。
十二月一日，黄巢大军进至潼关，齐克让率军激战关外，义军稍退却。神策军将领张承范拿出黄金对士兵说：“诸君勉报国，救兵就快到了。”并以朝廷援军会在近日抵达，只需坚守数日，军士这才振作起来（张承范临行前据说觐见过唐僖宗请求增加援兵，皇帝允诺表示正在加紧调派人手，会很快前来支援）。抵御一段时间，守关将士断炊，士气迅速低落。义军尚让、林言率前锋由禁谷迂回到关后（潼关左边仅供官员行走的小道，平时人烟较少，丛林杂草掩映），前后夹攻，官军溃退，博野乱军直奔长安，大肆劫掠。
黄巢一举破关，又乘胜攻克了华州（治今陕西华县），留部将乔钤驻守，自己率大军直捣长安。十二月五日，百官刚退朝，僖宗在田令孜神策军护卫下逃往咸阳，只有福、穆、潭、寿四王与一两个妃嫔从行。文武百官及诸王、妃嫔多不知皇帝去向。当日下午，黄巢前锋柴存未受任何抵抗进入长安，黄巢以尚让为平唐大将军，盖洪、费全古为副将军。唐金吾大将军张直方率文武官数十人至灞上迎接。黄巢乘坐金色肩舆，其将士皆披发，束以红绫，手执兵器，史书记：“甲骑如流，辎重塞涂，千里络绎不绝”。长安市民夹道观看，尚让告谕市民说：“黄王起兵，本为百姓，非如李氏不爱汝曹，汝曹但安居无恐。”义军将士在街道上每遇到贫民，“往往施与之”。
唐僖宗传记
广明元年（880）十二月十三日，黄巢于含元殿即皇帝位，号“大齐”，建元金统，大赦天下。黄巢封妻为皇后，以尚让、赵璋、崔璆、杨希古为四相，孟楷、盖洪等为尚书左、右仆射兼军容使。郑汉璋为御史中丞，费传古为枢密使，李俦、黄谔、尚儒为尚书，王璠为京兆尹，许建、朱实、刘塘为军库使，张言、彭攒、季逵等为诸卫大将军（其中有一个将军就是后来影响唐朝历史走向的朱温）、四面游奕使，方特为谏议大夫，张直方为检校左仆射，马祥为右散骑常侍，晚唐重要诗人皮日休、沈云翔、裴渥为翰林学士，外甥林言为功臣军使。关于黄巢军在长安的举动，《新唐书》和《资治通鉴》都是宋代所编，都指义军对唐朝宗室进行了搜索和杀戮，比如投降的大将张直方就曾隐藏一些唐朝官员，被人发现以后，连带他一起被杀。
唐僖宗躲避黄巢南奔到成都落脚。一来，高骈之前将这里进行扩建，二来，田令孜早帮助其哥哥陈敬瑄出任西川节度使。除了田令孜兄弟俩之外，实际陪伴唐僖宗的还有一个非常重要的人就是唐代著名道士杜光庭。一如当年唐玄宗避难成都时曾有著名道士罗公远护送，不过罗公远并没有留在唐玄宗身边，到达成都后就飘然而去。杜光庭则陪伴在唐僖宗身边，为祈求唐朝社稷延续等等做了许多祝祷仪式。四年后，他没有跟唐僖宗返回长安，一直在成都附近的青城山修行，进行许多山川地理，道教发源，人物事迹等方面的著述。杜光庭不仅是唐代道教历史上重要的人物，在整个中华道教历史上都是一位转折性的宗师，他是有意识地对前代各种道教典籍资料进行整理，进行理论方面总结，并且卓有成效和建树。在他之前如葛洪、陶弘景等人虽然也有著述流传，但还远远不够。
刚到成都不久，南诏再次提议和亲，为了安抚西南这个重要藩属，许婚安化长公主。公主是唐懿宗之女，僖宗的妹妹。君臣对公主远去南诏有一些犹豫不舍，加上当时避乱，以礼仪用度没有准备好，有些拖延。
直到光启元年（885），南诏王隆舜再派宰相赵隆眉、清平官杨奇鲲（一作杨奇混）、段义宗三人往成都朝见，准备迎接公主。高骈在中原上言：“这三人是南诏的心腹，该把他们留下鸩杀，蛮人可控制。”《新唐书》认为唐僖宗采纳建议，鸠杀赵隆眉等三人，其实不可信。
高骈是力挫南诏，好容易恢复双方和睦的重臣，而且是在世隆死后最先提议与南诏新君和亲的，为什么会在僖宗同意之后，南诏也非常重视，前来迎亲的时候又故意破坏？而且当时僖宗还在成都，本来中原应对黄巢就已经非常头疼，高骈会不识大体不惜将唐僖宗置于战事的风险中？如此不顾僖宗安危的拙劣计策，想想也知道很不靠谱。
《新唐书》的说法主要是采自五代孙光宪的笔记史料《北梦琐言》。孙光宪之所以会记“高太尉请留蛮宰相”故事，主要错记段义宗的生平事迹，把后来遇害与南诏出使的两件事混为一谈。当时南诏和亲虽然波折，最后应该是成功了。高骈上书请多留三人不假，主要是因为这三人是南诏重臣，希望僖宗君臣多加笼络。三人出使中还留下一些诗歌，也表达了友好的意愿。
当时隆舜已是南诏的末代君主，感觉和唐朝僖宗一样喜好游猎，赵隆眉与杨奇鲲很快相继身故。另一大臣郑买嗣当上清平官，拉拢蒙氏近臣杨登杀死隆舜，另立舜化贞为君，仅几年就将其杀掉，建立大长和国，与唐朝相伴了一半多时间的南诏覆灭，实际经过黄巢一番影响，原本作为唐朝南方支撑的地方都逐渐形成各自为阵的局面，朝廷已经无法控制局面。
青羊宫正是唐僖宗到成都时由道士杜光庭负责，所以保留着唐王殿
僖宗逃往成都时，荆南节度使郑绍业一同随驾入川，留在中原的杨复光推荐段彦谟为荆南节度使。黄巢在长安称帝后，刚翻年中和元年（881）二月，枢密使杨复光被授于京西南面行营都监继续统领各方对付黄巢。黄巢气势正盛，令大将朱温主动攻邓州，杨复光败退许州（今河南许昌一带），投靠忠武军节度使周岌。
周岌曾是杨复光的部下，广明元年（880）十一月才任忠武军节度使。黄巢攻下长安后，周岌一度投降。杨复光看出周岌为人三心二意，当时周岌设宴邀请杨复光，身边人都担心会是圈套，杨复光却很自信，几乎上演了一次单刀赴会，说动周岌回归官军。
周岌令属下都改回官军，坐镇蔡州的大将秦宗权有些不愿意。杨复光一口许诺升秦宗权及蔡州地位，奏请为奉国军兼防御使。凭借灵活的策略，杨复光基本扳回河南地区局势，且理顺了忠武军队伍，派心腹牙将鹿宴弘、晋晖、王建、韩建、张造、李师泰、庞从等八人分别统领一都（唐代后期藩镇军一般编队为“都”，相当于一支军团，人数有多有少，之后五代十国涌现很多以都为号的名牌军队，如银枪都为后梁杨师厚的铁军、黑云都为吴越杨行密的长剑亲军、横冲都是后唐李嗣源的沙陀铁骑、厅子都是后梁朱温的强弩军、落雁都也是朱温的一支破阵敢死队）。 之后杨复光派八都将士进攻邓州，驻守的义军在朱温率领下奋勇抵抗。无奈力量悬殊遭到失败，义军向长安撤退。
本来杨复光安排好防御和破敌的部署，就离开战场返家探望病重的母亲，刚到家就遇到母丧。没过多久，唐僖宗就催他停止守孝，赶紧领军收复长安，还让王重荣领河东军前来配合。
王重荣生于河东，号称太原王氏后人。父亲王纵就是军旅出身，唐文宗大和年间为普通骑将，武宗会昌年间跟着石雄大破回鹘而立功，出任盐州刺史（治五原，今陕西定边县，实际含五原、白池与其他盐池几处）。王重荣与兄长王重盈都在军中历练。
不论是否真是太原名门后裔，基于这种武将世家资历，王重荣也逐渐获得机会，后升河中都虞侯。在黄巢声势做大的广明元年（880），一度趁机占据河中一带。原河中节度使李都（以户部尚书出领河中节度使，进士出身，属于文人）不敢与黄巢作战，在蒲州（今山西运城市所辖永济市一带，传说中舜帝建都于蒲坂，后来以此逐渐扩修）投靠王重荣，王重荣权知河中留后，上奏改李都为太子少傅。实际并非王重荣当真实力超群，敢于同黄巢较量，根本原因在于他已经结好河朔的沙陀部，借重李国昌、李克用的精锐骑兵，为唐军扭转对抗黄巢的战局起到很大作用。
唐朝后期的沙陀部族最早来自西域，到唐僖宗时期，沙陀军已经是北边河朔地区正式的边军，相当于过去安禄山、安思顺时期统领的部族蕃军一样。之前唐懿宗在咸通年间就正式赐沙陀部首领朱邪赤心改名李国昌，从此有了河东沙陀李氏家族，唐朝要靠他们来确保北边一带安危，足见沙陀军在河朔一带的实力已经非常强大。
唐懿宗咸通十三年（872）时，李国昌领云州刺史，大同军防御使（云州就是今大同市一带），本来李国昌还对此有些不满，儿子李克用为了不让唐将干扰沙陀部控制该地，一气之下杀了唐朝另外安排的防御使段文楚，自称留后，李克用开始脱颖而出。
唐僖宗和李克用的画像
当时的太仆卿卢简方为振武节度使，获悉此事非常震怒，会同幽、并两州官军讨伐沙陀部族。不料卢简方到岚州（今山西吕梁岚县），自己就溃不成军，沙陀乘机占据代州（今山西忻州代县）以北地区。
咸通十四年（873），唐僖宗即位，原太原节度使李业对沙陀有恩，此时李业死，任命其子李钧为灵武节度使、宣慰沙陀六州三部落，李钧出面招抚李克用。不久，另一西北部族吐谷浑部赫连铎击破振武军，李克用担心父亲李国昌，这一走令李国昌、李克用父子暂时失去河朔地盘。吐谷浑部也成为唐朝倚重的部族军，封赫连铎为大同军防御使（之所以吐谷浑、沙陀都会出现在河朔地区，本来是吐蕃强盛占据河西的渊源，令党项、吐谷浑、沙陀其他部族都逐渐东迁，党项在河套一带立足，后来逐渐又争夺河西，沙陀、吐谷浑则都迁移到河东河朔地区活动）。
黄巢义军攻入长安之后，吐谷浑和沙陀军其他部本都奉召跟随唐军前往出力，结果在绛州陷入混乱（史书描述含糊，推测可能还是沙陀部与吐谷浑部互相不愿合作而发生矛盾）。据说绛州刺史瞿稹本为沙陀族，起初认为官军不够力量，建议招募部族军，所以带了三万多部族军聚集绛州，难以约束，出现混乱，沙陀军在后方劫掠一通又忽然撤走。
监军使陈景思觉得沙陀军除了李克用都没法节制，于是请唐僖宗再下诏书单独召回李克用，任命为代州刺史、雁门以北行营节度使。李克用率领蕃汉军队上万人出石岭关（今山西太原阳曲县大盂镇上原村北）。路过太原，要求朝廷发军饷，河东节度使郑从谠（名门子弟出身，来自河南荥阳郑氏。祖父郑余庆在德宗、宪宗时分别两次出任宰相。郑从谠本身也有才干，唐懿宗就想任为宰相，但被排挤。后在岭南防范南诏和庞勋有大功，唐僖宗对他很敬重，是以宰相兼节度使的身份坐镇河东，是为“使相”）险些又因瞧不起沙陀部惹出祸事，当然《旧唐书·郑从谠传》写郑从谠批评李克用意图劫掠，激励他努力平定黄巢建功立业也不算过分，且言语中口口声声称赞李克用父子本是唐室忠臣。但李克用心底还是不满，暗中下令劫掠，郑从谠借助契苾部兵马才将李克用赶走。陈景思好容易安抚住李克用。
到中和二年（882）十一月，陈景思、李克用以步骑兵一万七千人赶往京师长安。黄巢有些忌惮，对左右称：“鸦儿军到了”（李克用军中服饰尚黑，所以称鸦儿军，与当年李世民的玄甲轻骑相似，体现沙陀李氏被唐朝影响）。中和三年二月，在石堤谷击败黄巢军将领黄邺。之后在良田坡击败赵璋和尚让，李克用连破黄巢主力，一战成名，当时才二十六岁。
沙陀军先声夺人，这时各地勤王军陆续都到长安附近，在渭桥与黄巢军大战，义军败退入城。李克用乘胜追击，从光泰门进城，与义军战于望春宫（位于长安城东万年县）升阳殿，黄巢向南逃到蓝田。长安被唐军收复，李克用军功居首。唐僖宗提升李克用为检校司空、同中书门下平章事、河东节度使，任命李国昌为雁门以北行营节度使（李克用刚巧接替郑从谠，郑从谠到行在成都担任司徒）。这一年十月，沙陀首领李国昌去世。
在中和二年时，河东军王重荣则以精锐三万人主攻义军大将朱温，义军接战失利。朱温杀黄巢的监军使严实，率领同州军民投降王重荣。这时，杨复光又拿出劝降老招，先以高官重金收买朱温部将胡真、谢瞳，二人极力劝服朱温投降。杨复光得到同州以后，据说跟着就想斩杀朱温，反而王重荣阻止说：“如今招降黄巢兵马，投降的一律赦免，况且朱温此人骁勇可用，杀了他怕是不祥。”王重荣上书唐僖宗请求封朱温为同华节度使。唐僖宗只希望义军早些平定，爽快封朱温副河中行营招讨，还赐名朱全忠。
李克用派弟弟李克修攻打昭义镇的孟方立，夺下泽、潞二州。孟方立败走山东，以邢、洺、 磁三州军队另组昭义军。黄巢向南败走蔡州，本来秦宗权出兵抵抗，结果不敌，又投降黄巢，转而攻打陈州（今河南周口市淮阳县一带）。
中和四年（884）春正月，跟在唐僖宗身边的大宦官田令孜眼见杨复光成功收复长安，组织各方平定黄巢功劳卓著，为给自己留条后路，想笼络杨复光。田令孜陪同僖宗回到长安，下诏进封杨复光为开府仪同三司、同华制置使，封弘农郡公。不过当年六月，杨复光突然得病死在河中府（就是之前蒲州，今山西永济县一带），他一手提拔起来的大小军官痛哭流涕，僖宗为了缅怀他的功绩，赠观军容使，谥号忠肃。
这时，李克用率兵五万援救陈州，想借道河阳，节度使诸葛爽（原籍山东，属于和庞勋一起的军中小校，后来归顺朝廷）不同意，于是在河中府渡河。四月的时候，先在太康（今河南周口市太康县）击败尚让，又在西华（今周口市西华县）击败黄邺。黄巢且败且退，到中牟（今郑州市中牟县），到达黄河边还没渡河，李克用率兵追来，黄巢军惊恐溃败。到了封丘（今新乡市封丘县），李克用再次击败黄巢军，黄巢身边已经只有千余人，往山东方向败逃。当时，义军中别将李谠等投降朱温，而尚让等部投降了徐州的武宁军时溥。双方都为最后捕杀黄巢而倾其全力。
时溥本为徐州彭城人，被当地牙军拥戴为帅，唐懿宗时的徐州才经过银刀兵一番动荡，所以时溥所部又被授予感化军之名。时溥让部下李师悦为将，和降将尚让一起追击黄巢。不久，黄巢在泰山山区的狼虎谷（今山东莱芜市西南）被其外甥林言所杀，年六十五岁。林言持黄巢和其兄弟妻子等人首级欲向时溥献功，在路上遇到沙陀军，他们杀了林言，将林言及黄巢等人首级一并献于时溥（《新唐书》所记，唯有黄巢一个从侄黄皓领一支残军往南方逃窜，昭宗天复初年进入湖南浏阳地区，被湘阴一带土豪邓进思组织地方力量埋伏所杀）。时溥在最后阶段脱颖而出，将功绩奏报给唐僖宗，一跃成为剿灭黄巢的大功臣之一，后来受封为郡王。所以，时溥的徐州部将、沙陀李氏和中原的朱温，皆因灭黄巢之功而埋下矛盾。
黄巢义军
这时，中原地区的秦宗权野心随之膨胀，纵兵四出侵袭周围的城池。天平节度使朱瑄，有三万部众，他的从弟朱瑾，勇冠军中。宣武节度使朱温不断被秦宗权所攻，派人向朱瑄求救。朱瑄派朱瑾率军救援，于合乡大败秦宗权。朱温感激涕零，与朱瑄结拜，尊其为兄。
唐僖宗光启元年（885）二月，秦宗权居然在蔡州称帝（据说继续用黄巢的大齐），大封亲信。随后派他的弟弟秦宗言攻荆南。六月，东都留守李罕之与秦宗权的将领孙儒相拒数月，由于粮食耗尽，于是弃城逃到渑池，秦宗权占据东都洛阳。跟着分兵取陕州（今三门峡市西）、怀州（今沁阳）、孟州（今孟县南）、唐州（今唐河）、许州（今许昌）、汝州（今临汝）、郑州等河南地区近二十州，一时成为中原地区十分强大的割据势力。
之前中和四年（884），沙陀军李克用讨伐黄巢胜利后路过汴州（今河南开封市），在封禅寺休军整顿，朱温在上源驿（位于汴州城内）宴请李克用，发生影响唐末历史走向的上源驿事件。据说李克用在饭局上酒醉发脾气，惹怒朱温，居然结下生死大仇。
事情原委，今天当然已经不可能完全还原，只能推测二人的矛盾根源正是由于之前讨灭黄巢的功绩争端产生了恶果。
当时的局面是：朱温是唐朝受命的宣武军节度使，需要到前线截断黄巢退往山东的道路。朱温本就是义军投降人马，虽然看来义军已经处于极度不利，深知黄巢的威力。凭朱温当时名义上的宣武军（即汴宋节度使，范围就是开封和商丘一带。正因朱温经营时间较长，最后取代唐建立梁，这一名号就来源于开封历史上的大梁城），实际还是他自己的部属，不敢去硬碰黄巢。
而击破黄巢，沙陀军李克用是实打实战绩立下诸多功绩，本来又肩负追击职责，所以朱温顺势向李克用服软，然后希望借李克用的兵力去对付黄巢，这应该就是朱温宴请李克用的本意。之前朱温收服了黄巢大将李唐宾、王虔裕。朱温分兵扑灭包围陈州的黄巢军队，经历大小四十次战斗。但没有想到这一次拉拢成了双方家族长达几十年恩怨的导火索
