1873年4月，西宁回民暴动被镇压后，其他各处的回民暴动也先后遭到失败。 清军劳师远征，消耗大量粮饷及作战物资，却久攻肃州（今甘肃酒泉肃州区）而不克，清廷接连催促。于是陕甘总督、督办西北军务的左宗棠亲自赴前线督战，于当年10月3日，自兰州抵达肃州，驻在距城南两里处地清军大营中。第二天，左帅巡阅 回民军在肃州城外挖筑的护城长壕，仔细察看地形，旋即召开军事会议，布置诸将约期发起会攻。由河西回民军首领马文禄领导的肃州保卫战进入最后阶段。

左宗棠重新部署调整作战方策，由宋庆、金顺所部在城池东北角挖掘地道进攻，这也是湘军、楚军昔日在与太平军较量时屡试不爽的“穴地攻城法”，徐占彪、杨世俊所部在城西南外侧架炮轰击城墙，取土填平壕沟，随后挥军奋死登城，一举攻克之。

《左宗棠全集·奏稿》说：

“（马文禄于）八月十四日遣人赍禀赴徐占彪所部归化营乞抚，请出关讨贼赎罪，臣等觉其诈，不与批答。唯出示晓谕城中回民老幼妇女免死，其诚心乞抚者，准诣营投审，听候分别办理”。

左帅拒绝了马文禄的乞降之请，督军昼夜猛攻，将士们趁城东北角火炮、地雷轰炸， 冒着城头上倾泻而下的枪林弹雨奋勇登城。游击张林率部冲至城墙下，顶着回军抛下的滚木擂石拼死攀援而上。城上的回军居高临下，用火枪俯射登城清军，还投掷石块，犹如雨点般密集，顷刻间将清军敢死队全部打死或击伤，城下伏尸如麻，血水横流，惨烈异常。游击张林身中数弹而死。

清军副将邓增、赖长见攻城前锋覆灭，又拉上来几座后膛开花炮、劈山西洋炮猛轰城垣，一时间城墙上土石翻飞，回军迅速在轰塌处抢修堵缺，加上城墙坚固，炮轰效果不甚理想。

10月10日，负责进攻肃州城西南角的徐占彪、杨世俊两军挖掘地道大功告成，杨世俊为抢头功，亲自持刀督促兵勇冒死登城，反复冲击数次，死战不退；回军在城头上斜挖深坎，坎上排列叉枪，轮番施放，弹如雨下，正拼命攀登的杨部官兵死伤惨重。杨世俊急不可耐，遂身先士卒，亲自带麾下勇丁奋死登城，忽然被一枚流弹贯穿脑袋，顿时毙命，尸身倒摔下去。回军士气大振，争先枪击攻城清军，杨部500将士无一人登上城头，伤亡达500余人。

清军自将肃州城团团包围后，集中了60多营人马，兵力占据绝对优势。然而一次次进攻，均遭失败，且损兵折将，死伤颇为惨重。对此，左宗棠自己也承认：

“攻坚既久，损折实多，（清军士卒）受伤成（残）废者，亦不下数千之众，皆所称精锐之选也。徐占彪所部蜀（川）军马步十三营阵亡将士五百余员名，带伤者二千四百有奇。宋庆一军死伤之数近千名”。

除此之外，其他各军死伤亦不少。清军久攻不克，便做长期围困打算，左帅只得下令“增修壕垒”，“加掘地道困之”。

10月30日，老湘军悍将刘锦棠率部及其招降的5营回民军（旌善营）从西宁赶到肃州。彼时因清军 长时间围城，城中粮食已经耗尽， 守城回民军及城中居民个个饿得面无人色，眼睛发绿，没办法，只好————

“宰骡马充饥，老弱乞讨其皮煮食度活，饿毙已不知其数” 。《肃州新志》

这时，凶狠狡黠的陕回头目白彦虎已经知道肃州守不住了，竟带陕回军不告而别，退往新疆去了，肃州弹尽粮绝，陕回精锐又撤走了，确实已经无法坚守了。马文禄与部下们商议后，决定再次出城“乞抚”。

11月4日，马文禄出城到清军大营“乞抚”。当时金顺、宋庆、刘锦棠、徐占彪均在场。左宗棠：

“谕以罪在不赦，仍亦遵前谕，先缴马械，次造客土各回户口清册，听候审办安插” 。

马文禄共上缴杈子枪1170余支，刀矛1000余件，战马几乎被杀吃殆尽，仅剩70多匹，还有十余挺“劈山炮”。在清军的严密监视下，甘州回众缓缓出东门，由金顺点验；西宁、河州、循化、陕西回民残余出南门，由徐占彪、刘锦棠点验，随后分别拘押于被打废的堡垒中。清点甄别完毕后，左宗棠下令清军在11月13日将马文禄、马永福、马金龙、马照、马良臣、马金才、王得胜、尕阿訇、马梁成等9名主要首领凌迟处死。

将9个回众首领处决后，清军按“ 朝廷屡降旨”以歼灭净尽”为要，对参加暴动的回民进行了屠杀，史载， 杀“客回（指陕西、青海回民军）”1500余人，旋即又在黑夜中围杀“土回”，即甘肃本地回众，乱刀砍杀了城内所有的“土回”共计4000余人，只释放了少数老弱妇孺。左宗棠事后在写给沈吉田的信中说：

“肃城克复，首要各逆，实无一漏网；土客各回，六十以上，十五以下妇女概予免诛。数十年征伐之事，以此事为最妥善。惜次日各军因争贼赃，乱我章法，当即咨照惩办，以戒将来 ”。

清军屠杀肃州回众，孰是孰非，已难于厘清。西北回民起事后，杀戮汉人极多，据说多达2000余万汉民罹难，因此对于左氏屠肃州一事也难于苛责，在此仅按史书记载叙述一遍，是非对错，或千秋功罪，只能留给后世评说了。

肃州城被清军攻破，标志着陕甘回民起事的最终失败。肃州回民暴动，不只有河西回众参加，还有在陕西兵败后流落甘肃的陕回军、西宁回军、河州回军、撒拉军、保安军以及新疆回族、维吾尔族暴动军参与，人数最多时达到2万以上。左帅在呈给清廷的奏报中说：

“关（嘉峪关 ？玉门关？）内外虽地势间隔，各逆声息难通，然亦有互相应援之事。从前关外盘获妥逆求援西宁之信，甘州亦截获西宁遣赴妥逆求援之人。肃州踞逆亦与妥逆时有往来。上冬妥逆曾遣股贼四千来援，因见锁围既合，不能入城。贼既联关内外为一气，则官军自宜合关内外而通筹”。

由此可见，肃州以及河西回民暴动起了沟通关内外各族穆斯林暴动军的桥梁作用，陕甘和新疆各地的穆斯林暴动是相互联系 ，休戚相关的，遂形成了以回族为主体、长达6年之久的西北穆斯林大暴动。

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