董福祥原本是甘肃固原（今属宁夏）、安化（今甘肃庆阳）一带的汉人民团首领，拥众十余万（一说30万），以花马池（今宁夏盐池）为据点，既与清军为敌，也与回民暴动军作战，有时还冲州撞府，顺便打家劫舍，带些土匪性质， 其势力范围逐渐拓展至陕、甘十几个州县。
后董福祥被左宗棠麾下悍将刘松山击败，遂率部向左宗棠投降 ，被收编为董字三营。后随刘松山、刘锦棠叔侄转战陕西、甘肃、西宁（今青海）等地，与回民暴动军作战，积功升为提督；1875年，左宗棠率军抬棺西征时，又随刘锦棠进入新疆，参与过收复乌鲁木齐等地及平定南疆阿古柏、白彦虎陕西回军残余势力骚乱的一系列战役，立有显赫战功，得到左宗棠赏识、器重，被任为喀什噶尔提督，率部驻守喀什。
1895年，董福祥奉命率其麾下甘军离疆至甘肃镇压河州、狄道（今甘肃临夏、临洮）回民起事。因河狄回民军规模越来越大，对清廷在甘肃的统治极具威胁，清廷将剿除希望寄托在董福祥的身上，任他为“督办甘肃军务”，要求“陕甘提镇归其调遣”。
董福祥曾在同治年间与甘肃回民军交过手，之后随左宗棠、刘锦棠西征大军入新疆，收复北疆以及南疆大部后，著功官至喀什噶尔提督。1895年春，董福祥奉命率部入京，当年8月即统带马步（骑兵、步兵）30营甘军返回甘肃。9月，董福祥部进抵安定（今甘肃定西） ，他与当地官员商定了剿灭河狄“回匪”的战略部署：一路为董氏甘军，自安定“进规河州”，从东往西节节推进；另一路为已经开至兰州的守备牛师韩所部7营淮军，直扑平戎堡；第三路为省军统领陈宗藩、李良穆、王正坤率14营步骑，于永靖白塔寺配合董部向河州进攻，计划于1895年11月26日会师河州，然后，向西宁河湟回军发起总攻。
董福祥的甘军进京时已 “鸟枪换炮”，全部装备了“最新式西洋大炮”和当时最精良的德国造毛瑟枪。凭借这些采购自德国的利器，甘军于10月底开始进攻狄道回军重要据点康家崖。相对于器械精良的甘军，回军火炮枪械质量低劣，作战失利，“（被甘军）阵毙三千余人”，康家崖寨堡失陷。
攻陷康家崖后，董福祥挥军渡过洮河， 开始猛攻另一处重要回堡三甲集，破堡后于12月4日抵达河州，击败围城回民军，解河州之围。原计划配合甘军攻打河州的省军因途中遭回民军阻击，没能如期抵达协攻。董福祥部甘军之所以能迅速抵达河州城下，主要是他麾下的回族裨将马安良沿途游说、招降，致使好几处把守关隘回民军头目不战而降——
“用其部下偏裨回目马安良从中关说，招使投降”。《方略》
大开杀戒甘军开至河州后，董福祥“每日出队搜辑”，派兵四处搜查，将马永琳、马显文、周世祥、闵伏英、马古禄、马匡匡等400多位回军头目捕杀，都是被处以凌迟肢解酷刑，并悬首示众。
为了顺利向西宁进发，清廷调集了更多兵力。11月，宁夏镇牛师韩部直扑平戎驿，击退回民军，解了李培荣部之围，凿通了去西宁的道路。
1896年1月8日，陕西巡抚魏光焘率军抵达西宁。兰州道陶模亦派副将赵有正率军从甘州直趋北大通。——
“总计各处客军七、八十营，接踵来甘（肃）” 。《方略》
这样，清军兵力已远超西宁回民军，占从力量对比上看据绝对优势。
血战西宁就在各路清军大举向西宁进发时，董福祥命其右军领军副将何得彪，左军统领副将张新铭 ，各率所部，从河州大河家绕道进入碾伯，突然进攻米剌沟、巴暖营等回军要塞。董率甘军主力于1月13日也开到西宁。
尽管清军强大，河湟回民军仍然顽强抵抗，浴血拼杀。1月15日至21日，甘军右军何得彪部围攻西宁南川申中堡等回军要塞。回军据险死守，拼命抵抗，激战中一枚子弹击中何得彪的大腿 ，致使他“血流至胫（小腿）”，幸被左右救回。清军毕竟人多势众，火力凶猛，遂将南川各堡一一攻破，但也受到巨大损失，将士死伤惨重，尸横遍野。牛师韩的豫凯军围攻哆吧堡，回军在马大头三三的率领下顽强抗击，重创牛部，几遭团灭，“一败不可复振”。
3月，甘军左军统领副将张新铭率部不计血本将哆吧堡攻下，将突围不及的回民守军围杀殆尽。董福祥又派道员张成基会同何得彪，率8营甘勇进攻北川后子河，回民军来了个反包围，并展开围攻，多亏邓增率部来援，击退回军，将后子河堡寨攻陷。
大通回军也与大举袭来的清军激战，最终力战不支，兵败失利。史载，清总兵赵有正率部进攻大通时，回民军“倾城而出”，将赵部“围困月余”。回军昼夜不停围攻，赵有正部伤亡惨重，几次突围均告失败。3月下旬，陶模派候补道员潘效苏、副将焦大聚联合张新铭部一同赴援，这才救出赵有正，旋即攻陷北大通。
格杀勿论董福祥在围剿西宁地区回民军的过程中，一改过去杨岳斌、左宗棠等人“剿抚兼施”的手段， “一意主剿”，对回民暴动军大肆杀戮，对阵的杀，投降的也杀。史载，甘军副将何得彪杀到西宁后，有南川数千回众“手执良民旗帜” ，蜂拥来到府城，表示“就抚”。何得彪为了立功受赏，随即“率所部出城迎击”，青海办事大臣奎顺见回众手举白旗，极力劝阻，却“力阻不听”，使千余前来归降的回民遭到枪击死难。后子河一战，何得彪纵兵杀戮回众“逾万”——
“枪毙及坠涧落崖死者复数千......”。《征西纪略》
《甘宁青史略正编》记载，清军进攻哆吧堡屡遭失败，损兵折将，伤亡颇重，后董福祥派张铭新部前往增援，攻下哆吧堡后在上五庄等回民聚落对回民军残部进行了血腥报复，张铭新、何得彪等纵兵烧杀抢掠——
“（ 对幸存的）老弱孤寡之回，家搜户索，银钱粮草掳掠一空，无衣无食，虽生犹死”。
对此惨景，读书人出身的兰州道陶模也很不落忍，他在写给左宗棠的信中说 ：
“董帅移节西宁，肆行杀戮，所部弁勇，任意淫掳，惨不忍言”。
甘军屠戮焚劫西宁的事清廷也有所风闻，遂发出上谕：
“闻得何得彪四营到湟后，有恣意焚杀之事，着董福祥查明具奏”。
何得彪纵兵烧杀抢掠，董福祥是默许的，身为主将，他同样也担着罪责，他当然不会去“查明具奏”，而是极力遮掩庇护。他自己也是这样干的 。据记载，董福祥率甘军主力抵达西宁后，立刻“以办河州之法办西宁匪首”，派兵挨村挨户搜查“漏网之鱼”，前后共捕杀回军大小头目500多人，韩文秀、马成林、麻治诸、包良、韩成基、马大头三三等出名回首均惨遭凌迟处死。西北回汉矛盾由来已久，彼此相互袭杀，积怨甚深，甘军以汉人为主，这种滥杀自然带有报复性质。
西宁府属河湟地区的回民暴动遭到失败。但回民、撒拉族民众仍不服输。3月中旬，撒拉、回军残部辗转来到青海柴达木盆地，在哈利盖滩伏击“蒙番（蒙古族）”兵勇，击毙哈利盖贝子（贝勒，世袭贵胄）纳木希里。
董福祥知道后急派骑兵跟踪追击，“并由奎顺饬青海蒙番各兵合力堵击”，回军残部战败，几乎死伤殆尽。另一路回军残余由刘四伏率领，在玉门、安西、敦煌等处游走、转战，一时间关内关外警报频传。
邓增、潘效苏以及新军（清廷编练的新式陆军）提督牛允诚等部奉命围追堵截，刘四伏兵败后率余部辗转进入新疆，“由色尔腾海西遁大漠” 。同年8月18日，新疆巡抚饶应祺派马队驰至罗布淖尔（罗布泊）东南的和尔昂地方设伏，击溃入彊回军残部，生擒刘四伏等头目，旋即将他们押送至兰州凌迟处死。这支河湟回军残部除被打死、被俘者外，还有约万余人溃围流散到新疆各地。到当年10月，其余活动于甘州南山的零星回众残余武装被清军彻底“肃清”，西宁回民暴动军最后失败。
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