1856年6月，太平军摧毁江南大营后，韦昌辉奉杨秀清之命，离京赴江西督师。在江西饶州，韦昌辉和初次出省作战的湘军李续宾、曾国华部几番鏖战，并未讨到便宜，相反还吃了不小的亏。

同年8月，韦昌辉在瑞州（今高安）接到天王洪秀全密诏，旋即亲带北府将士3000余人秘密驰返天京。9月1日深夜，在天官正丞相陈承镕的接应下，韦昌辉率部入城，与同样接密诏率部从丹阳返京的燕王秦日纲部会合，迅速将东王府团团包围。次日清晨，韦昌辉督军捣入东府，将酣睡中的杨秀清拖出斩杀，旋即杀其眷属及部众数数百人 。据说当时东王府内的男女老少无一人能够逃脱厄运，昔日庄严肃穆的东府内死尸遍地，污血横流，鲜血竟然将府前的秦淮河水染红。

9月2日天大亮后，血淋淋的东王首级被送进天王府。天京军民闻讯后，欢欣鼓舞，鞭炮、烟花卖断货，举城欢庆。看来杨秀清在定都天京后的所作所为确实不得军心民心。

然而，除杨行动很快就变了味。血洗东府后，杀红眼的韦昌辉不肯就此封刀，下令在全城搜捕东王部属，一场针对东府将士的屠杀随即蔓延开来，一种巨大的恐惧迅速感笼罩整个天京城。

人们强烈要求天王立即下诏制止这一不分青红皂白的屠杀行径，洪秀全本就是幕后指使人，他为泄私愤，并为彻底铲除东王残余势力，反而暗中支持韦昌辉、秦日纲。一场太平天国史上规模最大、手段最残忍的大屠杀开始了。

韦昌辉设计诱杀东王部属数千人。石达开从湖北返京对韦滥杀表示不满，韦又欲加害石，石闻讯缒城逃跑，韦竟将石的家属数十口屠尽。随后，韦、秦带兵满城搜杀东府将士，据说共有2万多（一说四万多）东王部属及家眷先后遇害，这些人都是太平军精锐。后洪秀全见韦倒行逆施，已犯众怒，感到人心不可违，终于下诏讨伐韦逆，11月上旬，“合朝同心”围剿韦昌辉部，将韦擒获处以凌迟酷刑（太平天国唯一一次对“自己人”施加凌迟处死之刑），数百死党被剿灭殆尽。后陈承镕、秦日纲也被拿获处死。此次内讧，共有2万多（一说4万多）太平军两广老战士被韦昌辉残杀，给太平天国造成了难以挽回的严重损害，使其不可避免地迅速滑向灭亡的深渊。韦昌辉被寸磔处死后，洪秀全下旨削夺其封号。

天京事变诸王自相残杀、血雨腥风已是不争的事实，韦昌辉也是太平天国一直未平反的“罪大恶极”之反面人物。

天京内讧的关键，是洪秀全和杨秀清之间愈发尖锐的矛盾，最终导致杨秀清身死族灭，而具体负责操刀杀人的急先锋就是韦昌辉。关键问题是，韦昌辉杀杨秀清究竟是他自己的主动行为，还是受天王洪秀全的指使？

事发时担任地官又副丞相的李秀成，后来成为太平军的中流砥柱 。他在8年后在自述中回忆道：“（杨秀清）威风张扬、不知自忌 ” ，逼洪秀全封他为‘万岁’，韦昌辉和石达开‘积怒于心’ ，密谋诛杨‘清君侧’，而天王本人事先并不知情；而翼王石达开则称韦昌辉替天王抱打不平，提出诛杨，天王心里愿意，嘴上却说不行，反倒故意加封杨秀清‘万岁’以激怒韦昌辉，最终酿成惊天大祸”。

天京内讧发生时，李秀成并不在城里，他正在丹阳前线与和春、张国樑部清军苦战，石达开奉命前去救援武昌，事变时也不在天京。洪秀全打仗不行，玩人却是高手，他故意加封杨秀清“万岁” 以刺激韦昌辉，让他加快诛杨的步伐，这样做也是有风险的，万一韦昌辉没有动怒，那朝中顿时就有了两个“万岁”，一国二主，将怎样收场？

天京事变明显不是一起突发事变，而是计划周密、精心策划的一次阴谋，你想想，韦昌辉、秦日纲都在外率军征战，如果不是奉召回京，哪里进得来城？且统兵大将无故率部返京是死罪无疑。事实是二人带兵顺利入城，而且一向机警精细的杨秀清竟毫无察觉，明显是洪天王心腹、佐天侯开门放行的。陈承镕是朝臣首领，还负责管理13座城门的钥匙，若无天王授意，你借他10个胆，他也不敢做这足以抄家灭族的大事。

据罗尔纲搜集的一些晚清时人私家笔记所透露出来的信息看，韦昌辉、秦日纲带兵突袭东王府前不但奉有天王密旨，而且对麾下将士进行过行动动员。负责传达诏书的，正是洪秀全女婿钟万信。

拨开历史的层层迷雾，事实已经很清楚， 韦昌辉是天京之变中屠杀同袍的一把尖刀，那么刀把子则握在洪天王本人的手里。韦昌辉野心勃勃，凶狠狡黠，滥杀无辜不假，但洪天王真的是绝对正确、公正无私的太平天国革命英明领袖吗？确实很难自圆其说。

韦昌辉长期受杨秀清欺辱、压制，心里早就憋了一口恶气，一旦掀翻杨秀清这座压在身上的大山，长期被压抑的兽性、疯狂、野心便瞬间被释放出来。他借“剿除东党”的幌子大肆诛除异己，数万最忠诚、最善战的太平军老将士死于他的屠刀下，还企图杀害指责其滥杀的翼王石达开，未得逞后竟丧心病狂地灭杀石氏亲眷数十口。

韦这一系列疯狂举措激起天京军民公愤，使他成为天朝军民的众矢之的，也让洪秀全起了丢车保帅的想法，天王见群情激奋，弄不好就会延烧到自己身上，遂再起杀心，他借助石达开无与伦比的声望，指挥天京驻军围杀北王及其死党，经两日苦战，擒斩韦昌辉，尽屠其党众。

据清人记载，冯云山、萧朝贵死后，“颇知文义”的韦昌辉成为杨秀清的重要助手，担负起繁重的行政工作，握有卫戍京师的兵权。他对洪天王阿谀奉承，毕恭毕敬，对杨秀清则“阳下之 而阴欲夺其权” 。据记载，杨秀清大权在握，盛气凌人，对韦昌辉呼来喝去，犹如使唤奴婢一样。韦昌辉这人阴鸷凶狠，但很善于隐忍，他每次被杨秀清训斥时，都会跪下说：“小弟肚肠嫩，非四兄教导如何晓得”。有人说这是野心家的“谄媚奸计”，但这又何尝不是潜伏爪牙、韬光养晦的权谋术呢？一旦有机会，韦昌辉的嫩肚肠马上变成铁石心肠，大开杀戒，毫不留情......

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