在清流与洋务派的矛盾之外，有一股更大的暗流不时涌动，直接决定了李鸿章和他一手构造的近代化海陆军的结局。这就是随着光绪亲政事而产生的帝后党争。
1884年，慈禧太后与恭亲王奕之间所进行的晚清最高统治权力的斗争，因甲申政变画上了句号，恭亲王奕被罢职，慈禧太后取得了最后的胜利。奕倒台后，清廷内部权力的结构也随之发生巨大变动，在随后组成的晚清权力中枢中，新军机以礼亲王世铎为首，总署则以贝勒奕劻为首，实际上则由甘为慈禧太后所驱使的醇亲王总揽一切。
醇亲王之后，执掌外廷的礼、庆两王，前者庸碌无能，惟事财货；后者遇事敷衍趋避，不肯担当。他们却都唯慈禧太后之命是从，俯首帖耳，以固宠信。如此，慈禧太后便随心所欲地将其权力扩张到极致。
但随着光绪帝日渐成人，慈禧太后柄政地位的合法性也开始面临严峻的挑战，特别是光绪帝亲政后，皇帝与太后之间矛盾渐起，慈禧太后想继续坐拥晚清最高统治权力，光绪帝想巩固与扩大自己的权力版图，然而，在慈禧太后拥有内、外廷最高统御权力的情况下，光绪帝要想在日后权力格局中具有更大的主动性，势必要壮大亲附于自己的官僚势力，于是，帝师翁同龢便成了光绪帝信赖并依靠的力量。
以翁同龢为中心所形成的南派清流，便成了忠君的新锐。而在慈禧太后一方，醇亲王总揽内廷之后，也开始注意对各方力量的收编，尤其是对淮系李鸿章的重用则更具代表性。这样，围绕着帝后双方形成了以后“帝党”和“后党”的核心力量。
甲申政变后，翁同龢接替王文韶入值军机，翁同龢也以其执掌枢垣和毓庆宫行走的高贵身份，俨然成为清流力量的精神领袖。虽然甲申易枢后，翁同龢与恭亲王奕、宝鋆、景廉、李鸿藻等一并退出军机，但是仍然保留在毓庆宫行走。而且其革职留任的处分，也在半年之后便因慈禧太后五旬万寿，而加恩宽免。
两朝帝师的身份，加上个人对光绪帝无与伦比的影响等，决定了以翁同龢为首的南派力量可以重整旗鼓并活跃在政治舞台。特别是光绪帝的亲政，翁同龢以帝师日侍左右，标志着翁同龢佐政的新时代来临，至是，南派清流势力复张，因与光绪关系密切，也使得以翁同龢为首的南派清流势力成为日后“帝党” 的基干力量。
帝党在扩展自己的权力空间之时，与李鸿章的淮系北洋势力冲突渐起。清流言官反对铁路的立场，成为翁同龢与李鸿章矛盾斗争使用的力量。关于铁路问题的争论，言官与李鸿章等形成尖锐对立，在双方思想交锋过程中，迫使李鸿章在政治立场上走到了后党一边。
从表面上看，洋务派与顽固派之间进行的是一场纯粹的铁路问题的争论。但实际上，在这场关于铁路问题争论的背后，隐藏着更为深刻的政治斗争。中法战争引爆了清廷内部权力结构的巨大变动，慈禧太后“倒恭用醇”得以贯彻实施，恭王既倒，使得深受恭王倚畀的李鸿章略感孤立，为保住自己的权力版图，李鸿章不断扩充淮系北洋实力，积极投身于洋务运动便是其中的措施之一。李鸿章以洋务新政作为巩固权力和地位做法，引起帝师翁同龢的不满，双方明争暗斗，最终导致帝后党争的形成。
言官在反对铁路的上奏中，很多都将攻击目标指向李鸿章，其中最激烈的就是余联沅在光绪十四年十二月初八日上奏中，在阐述了铁路的五大害处后，又由铁路之害，很自然地把攻击目标指向李鸿章等洋务派，他说：“铁路利不在国，不在民，而在洋人所贿买之奸民，亦不在洋人所贿买之奸民，而仍在居心叵测之洋人。想其处心积虑，谋之于数十年之前者，兹竟如愿相偿而获之于一旦，乃犹有以自强之说进者，是洋人以利啖李鸿章，而李鸿章以利误国家也”。
余联沅对李鸿章不遗余力的攻击，使得翁同龢在不久以后产生了与之联合的想法。在《翁同龢日记》光绪十四年十二月十五日条记载，该日，翁同龢到朝房见到奎润，“言铁路事，欲邀余连衔抗疏，婉辞之；然民情汹汹，诚以不办为宜。”虽然翁同龢遭到婉辞，但是，事实证明，在以后的翁、李权力斗争中，言官的“倒李”活动还是形成了翁同龢的借用力量，言官以铁路问题对李鸿章进行的弹劾，自然也就成了翁同龢攻击李鸿章的依据之一。
而在翁李斗争中，李鸿章也在不断寻找靠山。在兴办铁路过程中，李鸿章与醇亲王奕譞之间密切往来，得到了奕譞的鼎力支持，在权力的争斗过程中，渐渐地接近了后党。
但是，这种接近在政治权力上却有着巨大的不确定性。这种不确定性来自两个方面：其一，甲申易枢后，新上台的军机班子与李鸿章及淮系北洋势力关系甚淡，双方尚未建立其良好的互信关系；其二，对与在甲申政变后，确立无上权威的慈禧太后之间君臣关系如何经营。由于与权力中枢信任未立，李鸿章必须要向慈禧太后寻求更直接的保障。
但是，考量光绪即将亲政的政治局势，又使他陷入瞻前顾后的游移之中。特别是光绪亲政以后，李鸿章所面对的最高领导人已经由慈禧太后变为光绪，对光绪可能向地方实力派收束权力的担心，以及与帝师翁同龢的政见不同，都使得李鸿章在帝后党争已见端倪的政治格局下，不得不谨小慎微。
就在光绪帝亲政的第二年，醇亲王去世，李鸿章再失庇护，加之慈禧太后对光绪帝试图改变帝后权力格局的尝试所采取的容忍态度，都使李鸿章在向太后输诚一途上，难以积极主动。
不过，李鸿章心里也清楚，他之所以能够盘踞北洋，是因为以淮军为基础所建构的海、陆国防武力，仍是清廷现阶段所依仗的主力，自己的政治权力与地位也必然与此息息相关。
但是，李鸿章万万没有想到的是，他所依恃的政治资本，早已成为翁同龢与光绪的“帝党”眼中急于打击再收入自己手中的蛋糕。而深谙政治斗争权谋的慈禧此时又取坐山观虎斗的姿态坐视帝党向李鸿章发起咄咄逼人的进攻，以期李系势力在走投无路之下彻底倒向后党。李鸿章的北洋集团就在这种不断被暗算和打击的状态下被逼向甲午战场。
