从日本方面，深知国力跟沙俄相比仍力有未逮的日本政治家积极开展对清外交，极力向大清朝这个10年前甲午战争中的对手示好，以期得到清朝官方和中国民众的支持。

深悉俄国图谋的日本在战前就一再劝告清朝：一旦开战，清朝务必保持中立“一旦决裂……愿贵国中立，以免他国藉口横生枝节；惟贵国内地须自固守，勿使变乱，否则他国乘隙启衅，大局便坏。”（《使日杨枢致外部小村言日俄万一决裂愿中国中立电》）

为了做到师出有名，日本从一开始就放出了国际高调：在清朝向日俄双方照会严守中立后，日本方面回复了《日俄战争不敢损害中国主权照会》。在这封照会中，日本声称，“日本与俄以干戈相见乃为保守我应有之权势及利益而起，本无侵略宗旨。日本政府于战事结局毫无占领大清国土地之意。贵国领域中所屯兵队除与战事实有关系外必不敢有损害大清国主权之事。”

言下之意，日本对俄作战并非为侵略中国东北的领土，更不会侵害中国在东北的主权。这一态度与俄国吞并东北的蛮横贪婪形成了鲜明对比，一时间，清朝内部人人支持日本。虽然以当时清朝的军备水平，参战只能是一个灾难，但朝野上下“联日拒俄”的呼声日益高涨。

最终在日本的坚持和英法德意等列强的安排下，清朝很滑稽地在这场发生在自己国土上的战争中“严守中立”。但在实际上，上自官方、下到民间，在“严守中立”的旗帜下，清朝上下全力给予日军全方位的支持和援助，日俄战争成了日本的“主场作战”。

在消灭了沙俄海军主力，陆军也在东北南部艰难地获得了几场大会战的胜利后，国力有限的日本再也无力打下去，占领了东北南部的日军也对集聚在东北北部，后援源源到达的沙俄陆军有力不从心之感。于是，在美国的调停斡旋下，日俄双方重新坐上谈判桌。最终签订了结束日俄战争的《朴茨茅斯和约》。

按照《朴茨茅斯和约》，沙俄承认日本在朝鲜的独占；日俄双方的军队议定18个月内从中国撤军，将东三省还给中国；在中国同意的前提下（清朝实际没有不同意的资格），将俄国之前从中国租借的旅顺、大连（日俄战争中被日军占领）转租给日本；俄国将中东铁路南段（宽城子至大连段）转让给日本，一并转让的还有相应的铁路沿线的行政、司法和警察及驻军等权力。

这些权益后来被日本称为“满洲特权”，被当时的日本人视为日本牺牲了数十万人命从俄国手中夺得的应有战果。

按照该和约，沙俄吞并东北的“黄俄罗斯”计划完全破产，东北除了1900年前被出卖的权益外名义和实际主权都将回归清朝。而日本也借此正式接受了俄国在东北南部的势力，成功将自己的势力伸入东北南部。