1948年7月的一个雨夜，南京郊区的宁静被打破。秦家少奶林婉桢失踪了，她的丈夫秦庆恩正在济南上学。整个村子都被惊动，人们打着灯笼四处寻找。然而，他们没有想到，林婉桢已经遭遇不测。
第二天清晨，村民们在一口枯井旁发现了可怕的景象。23岁的林婉桢被发现躺在井底，身上只穿着单薄的睡袍，赤着脚，脖子上有明显的掐痕。更令人震惊的是，井里还有一个活人——一位衣衫褴褛的云游和尚智云。
旧警署的刑警马少科接手了这起案件。他带领团队仔细勘察了现场，收集了大量证据。马少科注意到，死者林婉桢和和尚智云的衣服上都沾满了草籽，这种植物在附近的茅草亭周围大量生长。
法医检查发现，林婉桢的脖子上有明显的指印，与智云的手掌大小吻合。更重要的是，林婉桢衣服和脖子上的血迹中发现了大量属于智云的指纹。尸检还显示，林婉桢的几根骨头是在死后被砸断的，这与智云从井口跌落的说法相符。
案件看似很简单，但马少科察觉到了一些疑点。智云被发现时没有呼救，而是默默地和尸体待在井里整整一夜。他的衣服上的血迹已经干涸，说明他在井里待了很长时间。
更奇怪的是，智云在被拉上来后没有作任何辩解，反而很快就认罪了。这种行为让马少科感到不解。然而，由于案发时南京正处于大罢工的混乱中，上级对快速结案的压力很大，马少科不得不暂时搁置了这些疑虑。
智云被迅速定罪，判处死刑。案件似乎就此告一段落。秦家深居简出，秦庆恩因悲伤过度而病倒，整个村子笼罩在阴霾之中。然而，真相并未就此尘埃落定。
随着时间推移，一些细微的变化开始显现。秦家悄悄更换了所有佣人，秦庆恩很少露面。村民们议论纷纷，但没人敢深究。案件就这样被时间的尘埃慢慢掩盖。
1949年，南京解放。新成立的公安局接到了一个意外的报案——来自已经被判死刑的智云。他声称自己是被冤枉的，并详细讲述了案发当晚的所见所闻。
智云说，他看到两个彪形大汉胁迫林婉桢离开家，但因为害怕牵连，没有及时报警。后来他不慎跌入井中，发现林婉桢的尸体，但仍然保持沉默。直到被发现，他才因为愧疚和恐惧而认罪。
公安人员深入调查时发现，秦家大少爷秦庆恩曾多次暗中资助智云。这一行为引起了调查人员的注意。他们怀疑秦庆恩可能知道一些内情。
进一步调查显示，秦庆恩在案发时并不在济南上学，而是因为"通共"嫌疑被关押。这个谎言让整个案件蒙上了一层政治色彩。
就在调查陷入僵局时，一起新的命案打破了平静。秦奎，也就是林婉桢的公公，被人杀害，尸体被扔在同一口枯井中。这个巧合太过明显，似乎是凶手在挑衅警方。
法医在秦奎的衣服暗袋里发现了一张字条，上面写着"孔士南杀我"。这个新的名字为案件带来了转机。
调查人员开始梳理所有线索。他们发现秦家一直在隐瞒某些事实。秦庆恩的学业中断、秦奎的秘密往来，以及家中仆人的突然更换，都指向一个更大的秘密。
同时，智云的证词也得到了部分佐证。有村民回忆起案发当晚确实看到几个陌生人在村子里鬼鬼祟祟。这些零散的信息开始逐渐拼凑出一个更加复杂的图景。
公安机关决定传唤秦庆恩进行审讯。面对铁证，秦庆恩终于道出了真相。他交代了父亲秦奎的秘密，以及整个家族卷入的政治漩涡。
与此同时，警方也展开了对孔士南的追捕。这个表面上经营小旅馆的人，实际上是一名军统特务。他很快就落网了。
真相终于浮出水面。林婉桢的真正凶手是一名叫马骥的土匪头子之子。他在街上偶遇林婉桢后，心生歹意，带人夜闯秦家将其劫走。林婉桢惨遭奸杀后被抛尸枯井。
秦奎通过关系得知真相后，为了保护家族声誉和儿子秦庆恩，选择了隐瞒事实。他不断资助智云，既是出于愧疚，也是为了安抚这个无辜者。
然而，秦奎的表兄孔士南得知真相后，担心秘密泄露，最终杀害了秦奎。他选择同一口井，是想嫁祸给已经暴露的马骥。
随着真相大白，案件终于尘埃落定。马骥等凶手和孔士南均被判处死刑。智云洗清了冤屈，重获自由。
秦庆恩无法面对这一切，他将家族产业转让给了父亲故交的子女，自己则离开了南京，开始了新的生活。
这起跨越两个时代的案件，揭示了那个动荡年代的人性挣扎和命运无常。它不仅是一个单纯的犯罪故事，更是那个特殊历史时期的一个缩影，展现了普通人在政治漩涡中的无助与挣扎。
案件虽然告破，但留下的阴影却久久不能散去。智云重获自由，却已失去了作为僧人的身份认同。秦家虽然洗清了嫌疑，却永远失去了幸福美满的家庭。整个村子经历了这场风波，再也不复从前的宁静。
这个案件成为了当地的一个传说，人们在谈论它时总是压低声音，仿佛在畏惧什么。它提醒着人们，在那个特殊的年代，真相往往被掩埋在权力、欲望和恐惧之下，而普通人的命运，不过是历史长河中的一粒沙尘。
然而，正义终究没有被完全遗忘。新中国的到来，为这个案件带来了重见天日的机会。虽然无法挽回逝去的生命，但至少还原了事实，还给了无辜者一个清白。
这个案件也成为了新政府重视法治、追求公平正义的一个典型案例。它的侦破过程被整理成教材，用于培训新一代的警察。人们希望，通过吸取这个案件的教训，在未来能够建立一个更加公正、透明的司法体系。
最终，这个案件不仅仅是一个孤立的犯罪事件，它成为了一个时代的见证，记录了那个特殊年代普通人的悲欢离合，也映射出了一个国家在巨变中的阵痛与希望。它提醒着后人，正义可能会迟到，但永远不会缺席。
