小马科斯为踢开亲华派，而进行的改革招致了菲政坛不少人反对，菲律宾军队是否会忠于小马科斯似乎也成了一个问题。 在小马科斯决定改组国家安全委员会，将副总统莎拉·杜特尔特，以及阿罗约、老杜等在世的前总统踢出这一国家安全决策机构后，菲国内不少政界对此事表示了反对，认为在国家安全事务上，小马科斯还是应该听一听副总统等要员的意见。 就连一直配合小马科斯，积极推进弹劾莎拉的政坛少数派“玛卡巴杨”集团，都忍不住出来嘲讽小马科斯，认为其行动是传统政治精英之间的互相倾轧，称菲两大政治家族正为权力不择手段，而普通菲律宾人却饱受贫困之苦。 此外，该集团的部分人士认为，小马科斯的改革很有可能引发人们对于军事机构内部分裂的担忧，军队内部对政府的忠诚会产生动摇。 出现这种声音，主要是因为菲律宾军队在该国政坛有着特殊地位。任何一任总统想要坐稳宝座，都要积极拉拢军队。 老杜时代提拔起来的不少将领确实已经退休，但他们的门生故旧仍旧遍布菲军内部，属于杜特尔特家族可以争取的力量。而随着莎拉与老杜被踢出国安委员会，这部分军人的心态确实有可能发生变化。 而面对这种传闻，菲律宾军方赶忙发声，强调他们将“严格遵守指挥体系”，想要证明军队就是不会参与到马杜两家的斗争中，将听从名义上的总司令，也就是小马科斯的命令。 但话又说回来，当年马科斯一家流亡海外，除了民众运动愈演愈烈，也与军队最后时刻倒戈有关。一旦小马科斯在国内治理等问题上出现失误，无法继续掌控局势的主导权，菲律宾军队仍旧会采取行动，保证自身的利益。
