萧瑀出生于后梁帝王之家，高祖父，是南朝梁武帝萧衍；曾祖父是昭明太子萧统，祖父萧詧，是后梁宣帝，父亲名岿，是后梁明帝。 萧瑀九岁那年，被封为新安郡王，姐姐是隋朝晋王杨广的妃，后跟随其姐进入长安。善于学习和书写，个性正直，为人刚正不阿，光明磊落。 作为皇子萧瑀在父母的呵护、在无比优越的皇城江陵成长。年仅九岁，封为新安王。开皇七年，萧瑀随从兄长萧琮入隋，之后便定居长安。 后来，萧瑀以皇后之弟的缘故，被隋炀帝委以机要事务，官至内史侍郎，即中书侍郎。独孤皇后还把她娘家兄弟的一个女孩嫁给了萧瑀，使萧瑀跟隋皇室更增加了一层关系。
