1863年 （清同治2年 ）早春，石达开兵分三路从滇、黔入川。 李福遒、李文彩率3万大军从贵州进入四川。这路兵马沿途受到清军有力阻击，兵败失利后被迫由贵州折返云南。 赖裕新率领万余人马从云南向四川进发。这路兵马同样受到清军的围追堵截，减员严重，主将赖裕新在越西中州坝白沙沟被土司岭承恩部用滚木擂石砸死， 所部将士大多突围而出，由唐日荣、杨远富继领其众坚持征战，直至最后时刻 。 石达开亲率近4万人马，计划抢渡金沙江后，进入四川宁远府，与李福遒、赖裕新两路前锋会合。石达开在与前两部军马失去联系的情况下，同样也没能按预定时间完成入川任务。 因进军不利， 一些两广老将士闹起了情绪，聒噪要求返回天京，盛怒之下，石达开杀害了部分不愿随其入川的官兵，后率余部进抵四川石棉县大渡河畔的紫打地。面对波涛汹涌的大渡河，身经百战的石达开竟如惊弓之鸟，一筹莫展。 为了顺利强渡大渡河，石达开用重金买通当地彝族头人。头人答应派向导引领太平军渡过大渡河。然而，清朝官员也用高官厚禄收买当地土著武装的首领，头人觉得清廷的金银和官爵更有诱惑力，顿时背叛太平军，答应清军联合夹击兵陷绝境的石达开部。 石达开发现彝人背信弃义，恼怒不已，竟将数百彝族向导斩杀殆尽，此举激怒了当地的少数民族，从此再也无人帮助这支太平孤军了。在清军和土著武装的夹攻下，石达开部惨败，伤亡颇重，被敌军无情地困在高山峡谷中无法动弹，几次组织强行突围皆被击退或摧毁，所部由原先的3、4万人锐减至7、8千人，且辎重尽失，进退五路，并与两路前锋彻底断绝了联系。 石达开心里明白，等待自己和麾下将士的将是全军覆没的下场。 面对死亡，早有心理准备的石达开并不害怕。他的几个王妃先后投江自杀，仅有刘王娘抱着刚出生的幼子石定基藏匿起来，料想也是凶多吉少，他本来也想跳进大渡河死了算逑，但脑海里忽然闪出一个念头： 自己身为主帅，有责任以一人之死，去换取与自己共患难的数千将士的性命。他致书川督骆秉章，希望他转告清廷“宥我将士，请免杀戮，禁无欺凌，按官授职，量才擢用，愿为民者散为民，愿从军者聚为军 ”。骆秉章老谋深算，假意应允，但未作书面答复，石达开遂下令部下弃械。1863年6月13日，石达开携亲信将领曾仕和、黄再忠、韦普成等数人及5岁儿子石定忠主动来到洗马姑清军唐友耕部大营，旋即被解往成都。25日，留下简单供词后被凌迟处死。其所遗部属中有两、三千新近被“裹挟”之人被清军释放，另有数千“两广老贼” 被清军施计杀害。 据记载，6月25日，石达开在成都慷慨就义，临行前侃侃而谈，毫无惧色，遭受寸磔（凌迟） 酷刑时居然咬牙不吭一声，刀割到哪眼睛就盯到哪，还出言劝阻因剧痛难忍而呻吟、惨呼的爱将曾仕和，就连在现场目睹此惨绝人寰情景的清朝官员 、将弁都为之惊叹，不敢直视，流露出不忍和钦佩之情。