漕运萌芽于先秦，开始于秦汉，发展于魏晋南北朝，成熟于唐宋，并将于明清得到进一步调整和完善。漕运之发展与历史之兴衰有密切关系，秦汉唐宋大一统时代有充足的国力、稳定的政治环境，来调运全国各地的漕粮物资，以供给京师，而动荡的魏晋南北朝、五代是漕运发展的低落时期。随着漕河网络日益发达，漕法日益完备，漕运的管理体系日趋独立、专业，由秦汉兼管到唐宋专管。元初，漕运管理多仿金代制度，设置机构，兴建漕仓等，由户部管理。元中统二年（1261年）“立军储所”，不久即改为“漕运所”；至元五年（1268年）升为漕运司（秩五品），至元十二年（1275年）改为都漕运司；至元十六年（1279年）设立“新运粮提举司”，隶属于兵部，坝河的漕运归户部经管；至元十九年（1282年）又改为京畿都漕运使司。至元三十一年（1294年）专门设置了“通惠河运粮千户所”，掌管漕运。明代漕运总督的设立，是历代漕运管理变迁趋势下重要一环。