先前发表的一项关于过去 20 年来在荷兰传播的 HIV 变体的研究成为世界各地的头条新闻,它提醒人们新冠病毒(SARS-CoV-2) 并不是唯一不断变异的病毒。然而,在头条新闻的背后,这个故事也提醒人们,艾滋病毒与新冠病毒(SARS-CoV-2)及其变体Beta、Deltas和Omicrons有多么不同。
为了理解这些差异,一些基本术语值得修改。
“在病毒学中,变体、菌株和亚型这些术语都描述了同一组或物种中病毒之间的遗传差异。遗传变化或差异有多大是有进展的,变体是最小的差异,菌株略多,亚型差异更大,“临床病毒学家病理学家兼柳叶刀实验室病毒学负责人Eftyhia Vardas教授解释说。
这些遗传差异是由于病毒突变而发生的。它们经常发生,因为病毒复制速度很快,而且它们的复制机制(主要是酶)经常出错。
有些突变比其他突变更有益。
那些与病毒存活不相容的病毒会立即被剔除,因此不会被复制。而那些有利于病毒生存的突变被选择并将被复制。这取决于遗传差异的大小,导致病毒的新变种、毒株甚至亚型的发展。
01. 高度诱变性
HIV病毒具有高度诱变性,在其稳定阶段每天可以产生数十亿种病毒,每种病毒中至少存在一种突变。
在感染的一周内,每个已知的HIV患者都有每种已知HIV药物的突变,即使他们从未见过这种药物,这只是偶然的,现在没什么大不了的原因是,当病毒发生突变时,大多数时候这些突变是如此可怕,以至于它们只会使病毒瘫痪或杀死。病毒无法复制。
可以把这比作僵尸电影中的僵尸,它们移动速度不快,因此传播感染效率不高。
这些突变中的大多数实际上对病毒都有成本,所以它们要么死亡,要么不如原始病毒有效。但。。。他们偶尔会变得更好。
文特尔说,SARS-CoV-2仍在发生这种“好转”的情况,病毒仍在变异,使其更具传播性。发表在《自然》杂志上的一项研究是在南非进行的,该研究表明,奥密克戎BA.1和BA.2亚变体的攻击率明显高于之前的德尔塔变体,这意味着它在更短的时间内感染了更多的人。尽管由于先前的感染或疫苗接种,以前对 SARS-CoV-2 具有免疫力。
02. 两种类型的艾滋病毒
HIV 可能没有像 SARS-CoV-2 那样众所周知的变体,但它有自己有趣的病毒学历史。
艾滋病毒有两种类型。与一般主要HIV流行相关的类型称为HIV-1。另一种类型称为HIV-2,并且正在慢慢灭绝,因为它的传播性比HIV-1低得多。
HIV-1和HIV-2是不同的物种,HIV-2与HIV-1有很大的遗传差异。它们也来自不同的祖先病毒。
HIV-1 [进化]来自黑猩猩的猿猴免疫缺陷病毒 (SIVCPZ) 和 HIV-2 来自 Sooty mangabey 猴子的 SIV(SIVSM),这显著影响了它们对人类的影响。HIV-2的毒力和致病性降低,因为它不像HIV-1那样感染人类,也不会像HIV-1那样引起严重的疾病。
03. HIV-1 的亚型
虽然我们主要谈论的是 SARS-CoV-2 的变体,但对于 HIV-1,我们已经看到分化为几个亚型。
HIV-1有四组(M,N,O,P),并且大多数病毒被归类为M或主要组。
在HIV-1 M组中,有9种不同的亚型[按字母顺序分类为] A-K,它们在遗传上彼此相差25%至30%,并且在地理上不同的地方发现。HIV亚型的差异相对较大,不足以将病毒重新分类为不同的物种,但足以影响病毒的传播程度以及对抗逆转录病毒治疗的反应程度。
在感染后的几天内,一个人体内的 HIV 变种比所有COVID变种都多。
HIV-1的所有遗传物质都体现在病毒蛋白质核心内的两条相同的RNA链上。病毒核心被脂质 - 蛋白质双层覆盖,该双层有刺突贯穿其中,病毒利用这些尖刺附着并感染宿主细胞。病毒的每一位都由核心中心的RNA遗传物质编码。这种RNA上的遗传信息排列遵循所有HIV-1亚型的相同模式,当病毒在宿主体内繁殖时,每个离散的部分都对病毒的每个部分进行编码。因此,亚型之间的遗传差异是在病毒包膜的结构蛋白和从包膜中伸出的蛋白质(这是gp120)上测量的。非结构蛋白(或调节蛋白)的亚型之间也可能存在较小的差异,但这些差异并未用于亚型的分类。
在M组的九个亚型中,C亚型是全球最主要的亚型,包括南部非洲。有人也可能被一种以上的HIV亚型“双重感染”,这可能会影响治疗效果。
“在某些人群中还存在重叠的亚型或病毒亚型的重组体,例如,AD的重组体可能发生在一些国家。这些是杂交病毒,以拼凑的形式包含两种亚型的遗传物质,被称为循环重组形式 (CRF)。全球已经对大约98种CRF进行了测序,它们主要分布在非洲和亚洲。
我国以HIV-1为主要流行株,已发现的有A、B(欧美B)、B’(泰国B)、C、D、F、G、H、J和K 10个亚型,还有不同流行重组型(CRF)和独特重组型(URF)。HIV-2型主要集中在非洲西部区域,目前还未形成全球性扩散,但从1999年起在我国部分地区已发现有少量HIV-2型感染者,随后多地报道HIV-2输入性病例。
04. HIV变异株和耐药性
在实践中,我们今天使用的抗逆转录病毒药物非常有效,以至于这种病毒的复杂性几乎无关紧要。总的来说,如果人们坚持接受治疗,HIV在体内会受到抑制,HIV感染者可以过上健康长寿的生活。
目前没有在个体中大规模监测HIV变异,只有当治疗失败并且正在寻找耐药突变时。
“这太困难了,非常昂贵,而且病毒变化太快,无法定期监测感染者的变异,”有专家说。“我们确实监测人群中的亚型或CRF变化 - 那些可能对疾病毒力,病理学和对治疗反应产生影响的变化”。
耐药性变异体是由次优治疗引起的突变产生的。这可能是由“有限的药物类别、药丸负担、毒性作用、治疗开始延迟、治疗不依从以及高风险社区的持续传播”等原因引起的。
在流行的病毒中存在特定的突变,这些突变赋予了耐药性,而耐药性突变可以从一个人传播到另一个人。因此,总体人口的耐药性负担是由接受治疗的个体中出现耐药性和耐药性的传播促成的。
在南非,推荐的一线治疗是含有多替拉韦、替诺福韦和拉米夫定药物的三合一复方片剂。这种病毒几乎不可能有哪怕是最微弱的机会[变异],每次病毒抬起头来实际发生突变时,这三种药物就会爬进去并立即消灭它。
新的变种一直在发展,这些影响治疗的有效性,[但]可能影响毒力和致病性的新亚型非常罕见。
05. VB变体
2022 年的一项研究描述了 HIV 变体的一个典型例子,该研究确定了一种在荷兰传播了二十多年的变体。尽管该研究的发表导致了一些耸人听闻的头条新闻,但该变体并不值得担心。
尽管 HIV-1 亚型 B 的变体,即“VB”变体,被描述为“高毒性”,但它与我们从新的 SARS-CoV-2 变体中看到的巨大影响完全不同。背景也不同,因为艾滋病毒是通过性传播的,可以用高效的抗逆转录病毒疗法来治疗。
牛津大学纳菲尔德医学系莫氏家族基金会传染病流行病学教授克里斯托夫·弗雷泽(Christophe Fraser)教授说,这种变异株具有高度毒性,这意味着这种变异对健康的影响比艾滋病毒的正常影响更大。他也是BEEHIVE项目的首席研究员,该研究发现有109人(其中107人在荷兰)患有这种变体,该变体出现在1980年代末和1990年。在2000年代,与其他HIV变种相比,VB变种的传播速度更快,但自2010年左右以来一直在下降。
这种变体的不同之处在于,在治疗之前,VB变体的人比那些患有其他HIV变体的参与者表现出更快的进展到“晚期HIV”。VB变异株患者的病毒载量高出3.5至5.5倍,CD4下降速度是其两倍,并且将病毒传播给他人的风险增加。因此,使这种变体比研究中比较的其他变体更具毒性。
然而,根据弗雷泽的说法,治疗后,VB变异株的反应与其他变异株相似。“VB变体没有阻止成功治疗的突变,”他说。
“在这项研究之前,已知HIV病毒的遗传学与毒力有关,这意味着新变种的进化可能会改变其对健康的影响。VB变体的发现证明了这一点,为病毒毒力进化带来的风险提供了一个罕见的例子,“弗雷泽说。“确切地研究这种变体如何比其他变体造成更多的免疫系统损害,可能会揭示下一代药物的新靶点。
牛津大学统计遗传学和病原体动力学高级研究员、该研究的作者之一克里斯·怀曼特(Chris Wymant)解释说,公众不应该对这些发现感到震惊,因为这种变体的发现凸显了现有指南的重要性,即那些有感染艾滋病毒风险的人需要获得定期检测,以便及早发现并立即开始治疗。
他补充说:“HIV的VB变体为研究病毒的毒力进化提供了一个具体的例子,这已经通过理论手段进行了广泛的研究,几乎没有现实世界的例子可以考虑”。
06. 监测工作
所有这些都提出了一个问题,即我们是否应该更积极地监测新的变种,如VB变种。
在南非和全球范围内监测不同HIV变体的耐药性方面,还有很大的改进空间。
耐药性测试非常昂贵,因此在私营部门肯定比在公共部门更容易获得和更频繁地实施。有一些研究项目专门研究在患者亚组中对HIV-1进行测序,例如,男男性行为者或性工作者,但基于人群的HIV分子流行病学监测并不是一直可用的。
当谈到监测南非的HIV亚型时,她说:“南非正在进行HIV-1的分子流行病学研究,以跟踪和表征HIV-1亚型及其特征。然而,对这些病毒的追踪所给予的科学关注和资金远不如SARS-CoV-2那么强烈。
“我们(南非)拥有世界上最好的病毒学家和病毒学研究人员......他们一直在监视这些东西。在我看来,作为一名临床医生,我不担心的原因是我能杀死病毒。我的药物可以起到作用......作为病毒学家,我们仍然应该担心,我们会观察它,但目前它并不像 COVID-19 那样真正引起临床关注,“他说。“它可能会改变,我们显然不认为这是理所当然的,但我这边还没有担心。
他补充说,该国正在监测新的艾滋病毒变种或耐药变种的出现,南非通过NICD对疾病进行监测总体上非常好。