主要体现在以下几点上。虽然两者都是办公厅的领导，但两者之间存在差异和联系。
第一，职责分工不同。秘书长、副秘书长主要协助省领导负责相关工作，如协调主管部门等。办公厅主任、副主任主要负责省政府的行政工作，如会议安排、后勤保障、秘书工作等。
第二，二者级别不同。省委秘书长一般由省委常委兼任，副部长、省政府秘书长由省政府党组织成员兼任，是正厅级省政府领导。
省委办公厅主任、省政府副秘书长为法定副厅级，有的是高配正厅。办公厅副主任，基本都是副厅级，很少高配正厅。
从办公厅副主任到副秘书长是提拔和重用。具体排名为秘书长—副秘书长兼办公厅主任副秘书长—办公厅主任。
第三，秘书长和办公厅主任分别设立，不是同一个人担任。秘书长领导办公厅的工作，主任负责办公厅的日常事务，办公厅主任一般由排名第一的副秘书长兼任。
有些还是省委秘书长和省政府秘书长直接兼任的
省委秘书长与省政府秘书长为副部级，而省委办公厅主任和省政府办公厅主任则由省委副秘书长或者省政府副秘书长兼任