实际历史中，北宋王朝始终未能完全统一中国。东北和华北有契丹族建立的“辽”、以及党项族建立的“西夏”；西部有吐蕃势力；西南有白族的“大理”；南方交州又属于丁琏。这些政权或势力，大多与两宋相伴始终。公元1115年，在松花江两岸兴起的女真族建立了金国，其1125年灭辽，1126年南下攻陷汴京，迫使延迁至临安。从此，以江淮为界，南宋北金对峙百余年。公元1234年，北方兴起的蒙古族灭金，1271年建立起元朝，定都大都（北京）。然后短期内征服了亚欧广大地区，1279年回师再灭南宋，自此，历史上首次由少数民族建立的大一统王朝占有了全部汉族地区，疆域空前辽阔，至1368年元灭享国九十八年。宋金元时代，由于各时期、各地区政治形势极不相同，因此社会经济方面，总的说或恢复发展，或破坏停沸，差异甚大。

金朝的医政设施效仿于宋，但略有不同，改太医局为太医院，是我国元以后称太医院之始。与尚药局同归宣徽院领导。

太医院置提点（正五品）、使（从五品）、副使（从六品）、判官（从八品）等职，全面负责太医院医疗行政事务。每科十人置管勾（从九品）一人，以医术精通之人充当。另置正奉上太医、副奉上太医、长行太医等职。太医院共设十科，编制以五十人为额。

尚药局置提点（正四品）、使（从五品）、副使（从六品），负责药物的管理。另外，宫廷之中设有御药院，置提点（从五品）、直长（正八品），掌管进御汤药（公元1194年设）。下设都监（正九品）、同监（从九品）若干人。在各地禅寺设有药局，以救抚贫危患者。当时著名寺院少林寺，就设有这样的机构。

元代沿用金太医院之设置，其行政官员及医师职称几经变动，名曰不一。建国初，医官地位甚高，院长秩正二品。公元1260年置宣差，统领太医院事务。1280年改太医院为尚医监，1282年又恢复太医院，置提点四人，院使、副使、判官各二人。1301年太医院设置医官十六人。至1322年定额为院使十二人（正二品）、同知二人（正三品）、金院二人（从三品）、同佥二人（正四品）、院判二人（正五品）、经历二人（从七品）、都事二人（从七品）、照磨兼承发架阁库一人（正八品）。并置令史八人、译史二人、知印二人、通事二人、宣使七人。以后，泰定四年太医院机构几经改革，官职、医师职称也多次变动。

元代设“惠司”，是一种阿拉伯式的医疗组织；设“回问药物院”，掌管回问药事；设御药院，掌受各路诸番进贡药品，修造汤煎；设御药局，掌两都行箧药饵；设典药局，掌修制东宫药饵；又设行典药局，掌供奉东宫药饵。同时还设“大都惠民局”、“上都惠民局”、“广济提举司”等主管药剂的组织机构；设宫医提举司，掌管医户差役、词讼；设医学提举司，掌管考校地方医生课业、试验太医教官、校勘名医撰述文字、辨认药材、训诲太医子弟。

元朝的医学教育方面，在各地设立医学，由太医院（或尚医监）负责组织并选拔医学教授。各路置学医教授一人，学录、学正各一人。诸县设教谕一人，受本路医学领导。负责本地区的医学教育。医学教授及医官均经考试审核录用，在任职期间专设课题进行考试，每年年终上报太医院，用以考察教授是否称职，能否连任。1296年起规定每三年由政府统一出题考核医学教官，教授作医义三道、治法道，学正课医义二道、治法一道，亲笔书写，上报太医院，考核文理及治法，根据成绩决定教授的升补，学正的擢用。并制定有关条例，如果教学无法，学生肄业有名无实，责罚教授及学录、学正。

元代对民间医生也严加管理，对所行医学科目、治疗效果进行登记，年终考核优劣，以革假医之弊。1316年依旧例设立科举考试制度，三年一次。凡三十岁以上，医术精明，孝友忠义的医家，先行乡试，选一百人进都会试，取三十人，分别按先后名次补充太医、提举、教授各十名。由上述可见，元代医学教育的管理及医生的考取制度是非常严格的，这对于防止庸医误人起到了积极作用。

元代医学共分十三科，分别是：大方脉科、杂医科、小方脉科、风科、产科、眼科、口齿科、咽喉科、正骨科、金疮肿科、针灸科、祝由科、书禁科。

北宋宰相范仲淹“不为良相，当为良医”的言论，对落第的知识分子有强大的号召力，并有深远的影响，结果是大批知识分子不断充实到医学队伍里来，提高了医学队伍中的文化水平，为医学理论研究提供了基本条件。

金元时期连年的征战，外伤、骨折的治疗需要加强，元代增设了正骨兼金镞科，说明当时伤科的发展已超过了唐宋。危亦林《世医得效方》里，记述了骨折、脱臼、跌打损伤、刀箭伤的整复及治疗方法，反映了时代水平。其中有关麻醉法的记述，有着较高的科学价值；齐德之的《外科精义》，较全面地总结了外科领域的成就；葛可久的《十药神书》是我国第一部治疗肺痨的专著，详细阐述了证的分型和方的分类；忽思慧编著的《饮膳正要》是一部有价值的食疗及营养学著作；成无已的《注解伤寒论》，是全面注释《伤寒论》的第一家；滑寿作《难经本义》，又作《十四经发挥》，首次把任督二脉与十二经相提并论；针灸大家窦默著书《标幽赋》与《流注指要赋》，全面阐述了针灸与脏腑、经络、营卫、气血的关系，对取穴行针手法及注意事项作了详细说明。把针灸学上深奥、隐晦的理论，用歌赋的形式表达出来，使人们易明易记，容易用于临床。

学术上的争鸣，是金元时期的医学特点。代表人物是医学史上著名的金元四大家，他们是；寒凉派刘完素、攻下派张从正、补土派李杲、滋阴派朱震享，这些医家都是当时学术造诣较深的医林人物。由于所处的时间、地点不同，接触到疾病对象不同，所以对待疾病的认识和采取的治疗方法各有己见。虽然各带有不同程度的片面性，但是学术上的争鸣，促进了医学的发展，丰富了医学理论和临床辨证论治的内容，在医学发展史上占有光辉的一页。

【文中素材图片来源于网络，如有侵权请联系删除】