解放上海后，聂凤智就被调到南京，担任新成立的华东军区军政大学教育长。后来上任华东军区空军司令，参与华东军区空军的组建工作，这完全是赶鸭子上架。
当初中央定好一人到华东军区担任空军司令，但事到临头罗荣桓又从北京打电话通知陈毅，那人不愿来华东，请陈毅在华东军区自行物色人选，报予军委批准。
陈毅听后是一个头、两个大，细点了一遍华东军区的高级将领，最后心思集中到聂凤智身上。聂凤智有个大大的优点：好学，好胜，做事都认真。
听到老首长陈毅说要自己去搞空军的话，聂凤智一下愣住了：自己见过很多次飞机，主要是敌机，但“搞空军”还是太遥远、太陌生了。
聂凤智直白地说出内心想法：“老总啊，你叫我干什么工作都可以，但这个空军司令我真干不了。我跟空军唯一的关系，恐怕就是挨过敌人飞机的炮弹轰炸，其他一点都不懂啊。”
而陈毅的一句话，让聂凤智哑口无言，乖乖学习空军知识并走马上任。“不懂？陆军你就懂？你以为我不知道你是放牛娃出身？你天生就会指挥打仗、就会办军校？”
华东军区空军司令，这可是远超后来南京军区的超大军区的空军指挥官。聂凤智不敢给陈毅打包票，只能说竭尽全力学和干。
聂凤智在苏联空军将军那苦学了31天，并且顺利通过空战指挥的考核。负责教导聂凤智的苏联将军，给出“合格证”时，还使劲夸奖了一番：“我可以作出保证，你们中国空军将来一定会打胜仗。”
陈毅听后十分高兴。聂凤智心里却是苦笑不已，自己这速成班出来的空军司令，能有几斤几两自己最清楚了。多年后聂凤智回忆这段往事评价道：“什么‘合格’，什么保证，都是‘老大哥’急着回莫斯科‘搞’出来的。我撑死就理论合格，离实战合格差得远呢。”
那么聂凤智后来是怎么到援朝战争，指挥空军在敌人面前“逞威风”的？1951年3月，聂凤智北上组建强击机轰炸指挥部。在这的四个月前，华东军区的空军第四混成旅奉命北上，开赴东北，参加抗美援朝战争。而空混四旅的旅长，还是聂凤智兼任的。
在此期间聂凤智非常忙碌，先后组建多个空军部队，如驱逐机师、轰炸机师、歼击机师、供应大队、雷达营等。与此同时，他还得做好随时抽身赴朝指挥作战的准备。不过只是准备，并没有打成。
聂凤智的空战初秀，是1952年7月的第二次北上，担任起中朝联合空军代司令，后转正。他刚到安东上任（现丹东，空联司指挥部所在地），志愿军总司令彭德怀就告诉他：“你来之前，联合空军是边打边建边训的。你来之后，就是完全的实战阶段了。”
聂凤智的压力不止于此，彭德怀还对空军下达了一项明确的任务：必须积极参战，必须坚决有效地反击，将敌人的空中阵地往南推数百公里。这是个艰巨且严峻的任务。而且战场上的多项数据表明，这是绝对劣势跟绝对优势之间的战斗。
聂凤智的首战，借助了负责保护我方运输线任务的苏联空军：100多架敌机袭来，苏联空军某部升空接战，我军16架飞机也升空接敌。此战的结果是：敌机掉了5架，我机掉了6架。这个“平手战”，也可以说是个大胜仗——毕竟双方实力差距太大了，可是却引起了部分同志的强烈不满。
一开始聂凤智难以接受，直到站在他们的立场思考：我们的飞机和飞行员太宝贵了，空军的底子薄啊，出去16架飞机折损6架，“伤筋动骨”了啊。
聂凤智理解并明白后，便跟空军战士们——其实就是飞行员开始了开诚布公的谈话。他跟一位名叫王海的飞行员聊得最多，王海后来成为中国空军的第一位英雄，也是第一代功臣。他们的交流并不像外人以为的那么流畅：王海时常提出尖锐、直接的批评和指责，聂凤智不恼，但也不是十分干脆地全盘接受，而是你来我往地沟通，从中学习和进步。
在聂凤智的不断进步和飞行员们的高超飞行技艺、勇敢不怕死下，成功完成了彭德怀下达的、本不可能完成的推进任务。在其中聂凤智领悟到的一个最重要的道理，就是将空战的“空”，稍微变通一下成“陆”，指挥思路一下清晰起来。
不知道是哪位大人物说的，国内国外、军内军外都传起来：“中国空军最能打的就是聂凤智。”而祸根，恐怕也是这时候埋下的。
一天，朝鲜的金日成派人到安东找聂凤智，希望他能派空军轰炸一次汉城，给给压力。由于种种原因，这需要毛主席和中央的批准。可是这事在军委空军司令部卡住了，需要他们向中央和毛主席转达：连续打了一天半的电话才接通。
接通电话后，控制不住怒火的聂凤智，冷嘲热讽讲了一大堆难听的话。这是他的一大缺点：得理不让人，事后觉得自己讲过火了又后悔。
最后，聂凤智派出一架由女飞行员驾驶的小飞机，远距离飞临汉城上空，机缘巧合下又轰炸到李承晚政府的国防部长办公大楼。汉城因此大乱，全城一个星期不敢点明火，敌机一个礼拜不敢起飞。
聂凤智高兴了，但有些人因为他说的一些话还耿耿于怀，他成了“骄傲自大、专横跋扈、胆大妄为，在空联司谁都不放眼里，横扫一切”的代名词。抗美援朝战争结束，这一切迎来了清算，空军党委开了一个星期的会，研究聂凤智的问题。
聂凤智作了诚恳的检讨，但他的问题被批得越来越严重，不是简单的骄傲自满问题。聂凤智在援朝战场的表现，没有得到全面客观的评价分析，其缺点错误被无限放大，最后被处分撤销华东军区空军党委副书记职务，并降为华东军区空军副司令。
这一处分决定，向整个空军，乃至全军通报。对此，有不少人为聂凤智鸣不平，如南京军区参谋长张爱萍、副参谋长王德、空联司参谋长吴肃等等。陈毅听说后，沉默良久说了句“这聂凤智”。他不好插手，也不好插嘴。
这事本来还没完结，直到彭德怀出面说公道话：“聂凤智仗打得很好，这样的同志说两句话，有错误、有毛病可以批评嘛。功劳还是主要的，为什么还要逮捕人家嘛。”
后来聂凤智从他人口中听到时，不禁惊出一身冷汗：竟危急到这般。
