1938年3月29日，蒋在武昌出席临时代表大会，决议扩大特务组织，将戴笠的特务处改组为军事委员会调查统计局，简称军统局。军统成立，分设三处：党务处由徐恩曾任处长，军警处（复兴社特务处）由戴笠领导，邮检处则由丁默邨担任处长。戴笠的特务处获准升格并沿用军统名义，同时，一处与三处合并为中央党部调查统计局，该机构被简称为“中统”。军统局由贺耀祖兼任局长，并授予中将军衔；同时，戴笠晋升为副局长，被授予少将军衔。戴笠毫无怨言，所求仅是实权在握。身为副手，他并不介意，因为实际的权力依然牢牢掌握在自己手中。
自此，戴笠的特务组织步入新阶段，正当他蓄势待发之际，一封电报却将其推向了濒临瓦解的境地。电报源自闸北站，简短一句话传达信息：张超现已遭福建省主席陈仪下令拘捕，情势危急，恐面临不利后果！张超究竟是何许人也？陈仪为何要下令逮捕他？张超，福建籍，毕业于黄埔武汉分校第六期，1933年加入特务处，随即潜伏福建，任闸北站站长，表面上担任福建省保安处谍报股股长。陈仪时任福建省主席，戴笠曾助其平息闽变，稳固其地位。按理说，这份恩情陈仪应铭记于心，同时也应视为特务处的功劳。然而现今，陈仪未打任何招呼便直接对戴笠的手下采取行动，这其中的缘由令人费解。
张超确有才能，作为保安处谍报股股长，他尽职尽责，深得陈仪器重。但立功后，他野心渐长，变得骄横独断，连陈仪也不再被他放在眼中。为增强特务处在福建的影响力，张超大肆贩卖地方民军职位，并以封官为诱饵，他保荐的官员多达数十人，陈仪往往顾及情面，对这些任命一路放行。然而，陈仪察觉到某人难以掩饰的野心后，便毅然决定不再接受他的推荐。随着时间的推移，两人之间逐渐产生了隔阂，一来一回的互动中，嫌隙悄然滋生。陈仪为掌控张超权力，计划在绥靖公署设立情报处，整合福建的特务组织，并交由该情报处实施统一的管理。
张超无疑过于自负，自以为能稳坐情报处头把交椅，结果任命一出，他不仅失望至极，而且上位者竟是他的死对头胡国振。张超若遭遇冤家上位，其处境定然艰难，不会好过。胡国振新任情报处长后，迅速查出张超贪腐，向戴笠汇报时，又提及张超与陈仪关系恶劣，建议调离张超，以避免矛盾升级。为维系与陈仪的关系，戴笠采纳胡国振提议，撤销张超明暗职，派遣严灵峰秘密前往福州，接替闽北站站长一职。张超因这一轮的冷处理方式，心情长时间处于郁闷之中。不久后，张超未经许可，主动寻访了戴笠。彼时，忠义救国军总指挥部新设于汉口，戴笠正筹划后续事务，恰在此时，张超未经通报自行抵达。
张超准备充分，携几位民军首领同行，向戴笠汇报计划，并提出能在福建组建武装，壮大忠义救国军力量。戴笠尤为注重特工武装，张超昔日收拢的民军此刻变为他的王牌，他积极行动，意图以功抵过，未来或可充满希望。正如所料，简短交谈便合戴笠心意，考虑到张超的性格，让他指挥武装部队远比担任特工领导情报站更为妥当。张超获得戴笠同意后，被建议首先举办东南游击干部训练班，精选一批杰出青年加以培育，旨在将他们培养成未来游击队的核心成员。回到福建，张超积极招募人员，借由闽南、闽北两地，迅速吸纳了百余名学生，同时聘请了专业的政治与军事教官进行教导。一切准备就绪后，张超意识到尚缺经费与装备这一“东风”。此二者需地方财政支持，故而无法避开陈仪的协助。然而，他明显忽略了这一点，并且根本没有提前征询陈仪的意见。张超计划成立“东南游击干部训练班”，意在筹备武装部队，此举恰触陈仪之忌，他怎会轻易给予许可？经过多次努力仍无改变，张超无奈之下，只得向戴笠发出求援信号。
陈仪身为省级高官，若他反对，戴笠便束手无策。加之特务处刚完成改组，经费紧张，更无力采取其他行动。苦思冥想后，戴笠觅得一策，既能避免得罪陈仪，又不挫伤张超的积极性，可谓两全。当时，湖南设有中央警官学校的特种警察训练班，张超招募的百余名学生被送往该班培训，待结业后将统一进行分配使用。张超接到戴笠的调令，被派往上海担任行动队长一职。此番变动，对张超而言，可谓塞翁失马焉知非福，虽未能率领武装，却也为自己开辟了一条新的职业道路。然而，不幸的是，张超在前往上海之前，做了一件愚蠢之事，这一失误，让他悔恨终身。张超送完新生后，心中怨气难平，想到陈仪屡次破坏自己的好事，且自己即将离去，便萌生了报复之念，欲借此出一口恶气。
张超为报复陈仪，召集旧亲信，勾结地方武装与土匪，密谋起义“倒陈”，并散布谣言，诬称陈仪为汉奸，以图达成目的。未曾料到，就在起义行动前夕，即将前往上海之时，张超遭人背叛，紧接着被陈仪暗中拘捕。戴笠得知张超被捕，心急如焚。他不愿与陈仪关系破裂，但张超若遭陈仪处决，军统日后工作必受阻挠。戴笠即刻拟好呈文奔赴蒋宅，蒋阅毕电报与呈文，即刻下令陈仪速将张超解至汉口查办。戴笠本以为一切有惊无险，未料陈仪竟公然违抗命令，次日即处决张超。其行动之迅速、手段之狠绝，令戴笠亦深感震惊。
陈仪逮捕张超后，便无意让其生还。为泄愤，他无视蒋介石的电报，以“叛乱、抗命、煽动军心、破坏抗战”等罪名，下令即刻枪决张超。蒋介石发来的电报，意外地成为了张超的致命通知书，加速了其不幸的命运。陈仪毅然与戴笠决裂，蒋介石不会因小人物而惩处这位元老，但此举让戴笠颜面尽失，难以自处。得力部遭枪决，他如何向众部下解释？且军统将立，他该如何吸引更多贤才加入，以壮实力？戴笠召集同窗挚友毛人凤，共议对策，旨在商讨有效方法，以期挽回不良影响。
毛人凤虽比“十人团”元老晚入特务处，但其秘书才干卓越。他旧学功底深厚，工作扎实可靠，且为人低调谦逊，谨言慎行，不惹是非，深得戴笠器重。毛人凤分析指出，陈仪既敢对张超动手，便不惧与特务处结怨，虽暂时不宜直接对付他，但可先行削弱其气焰。两人议 定，选定陈仪的保安处长叶成为突破口，他正是执行陈仪命令逮捕张超的关键人物。叶成与张超同为师门中人，且与特务处有关联，他极不情愿参与抓捕和枪杀张超的任务，但此乃陈仪亲令，他不得不从。
叶成深知，张超之死，特务处可能不会全然归咎于陈仪一人，责任或分散于多方。因此，戴笠与毛人凤再次向蒋请求，望其下令把执行枪决张超任务的叶成解至武汉，进行审问。蒋应允后，陈仪未敢再违抗命令，叶成亦如期抵达武汉。然而，戴笠未曾料到，叶成刚一抵达武汉，便被军政部部长何应钦派出的专车直接接走。这无疑是陈仪预先部署的“保护伞”，无需多想便能断定。戴笠再次被陈仪抢占先机，心中怒火难熄，倍感委屈。但更令他难以接受的是，更大的打击还在后头等待着他。次日，蒋急召戴笠，见面即掷出一摞“证据”，指称涨超生前与陈仪对立，贪污自肥，私建武装，意图不轨。
陈仪的安排果然严谨，叶成赴武汉非入险境，实则蓄势待发，意在确凿地将张超定罪致死。戴笠素以爱才护短著称，见张超遭冤，悲愤难抑，竟不顾场合，直言不讳，首次与蒋介石激烈争执。蒋同样怒不可遏，他最为信赖且倚重的得意门生，竟因一名普通特工之事，与他爆发了激烈的争执。这对师生和领导下属均情绪激动，有的人愤怒地摔门而去，有的人则大声斥责，场面一片混乱。戴笠情急之中，声泪俱出，满腔的怒火与悲愤如洪水决堤，猛然间汹涌澎湃，一泻千里。两人关系破裂。戴笠深感绝望，随即撰写了一封长达38页的辞职信，表达去意。戴笠虽一时冲动，却也深觉此仇不报，难以面对下属，恐无人再为军统效力。与其被动受制，不如主动卸任，不再担当此职。
然而，冷静下来的蒋介石并未冲动行事。加之多年栽培，能领导军统者，非戴笠莫属，他人难以胜任。戴笠心存疑虑，全国抗战之际，陈仪却按兵不动，且与日本人交往甚密。张超揭露真相后，竟遭陈仪枪决，此举无异于灭口。戴笠未察觉，陈仪的消极抗战实为蒋之意。蒋因备战不足，延迟全面抗战，意在挫日军士气，并盼日军让步，重回谈判。此阶段，陈仪遵循蒋介石之命，消极抗战并秘密与日方联络。然而，蒋介石无法向戴笠明确透露这些行动背后的指令。蒋告诫道，不要妄自揣测领袖的心意，处理事务时应以大局为重，全面考虑。
经过一番推心置腹的深入交谈，戴笠仿佛重获活力，尽管心存疑惑，却依然服从命令，决定彻底放下张超的事情。鉴于陈仪及其团队束手无策，戴笠转而将注意力集中于那位曾向陈仪透露秘密的人士。于是，经过长时间的调查、追踪，最终实施了暗杀，直至告密者被处决，这一系列行动耗时长达三年。三年后，在一片要求陈仪离职的呼声中，陈仪最终离开了福建。值得一提的是，戴笠对张超被杀案中的相关人士几乎均进行了惩处，唯独陈仪，在戴笠生前，始终未与其发生冲突，相安无事。在戴笠遇难四年之后，陈仪的性命终被戴笠继任者毛人凤剥夺。
