文献速递|细胞器基因组学中的亮点分析

元莘生物 2024-08-27 15:02:26

线粒体基因组是独立于核基因组之外的第二套遗传物质,具有半自主性、母系遗传、重组率低等特性。线粒体基因组进化速度快,是单拷贝核基因组的5-10倍。通过线粒体基因组学的分析,能够快速对物种进行分类学鉴定、适应性进化等研究。此外,线粒体比较基因组学研究更是高分文章的加分项,让我们一起来看看线粒体基因组文章中常见的亮点分析吧~

1.尺蛾总科的线粒体基因组及其系统发育

文献标题:The mitochondrial genomes of the Geometroidea (Lepidoptera) and their phylogenetic implications

亮点分析:9个尺蛾总科线粒体基因组测序;核苷酸多态性分析;选择压力分析

结果展示:

核苷酸多态性分析:核苷酸多样性(Pi)通常用于识别核苷酸高度分化的区域,可以为分子进化研究中选择物种或群体特异性标记提供指导,特别是对于具有高度形态相似性的分类群。

选择压力分析:选择压力是指外界施加给某物种生物进化过程中的压力,使得物种适应自然环境。在遗传学中,ω = Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变(Ka)和同义突变(Ks)之间的比率。一般认为,ω > 1表明有正选择效应,即有些有利突变正受到选择;ω = 1不受选择,即中性进化;如果0 < ω < 1,则认为有纯化选择作用,ω值越小,说明受到的负选择压越大,氨基酸序列越保守。

2.基于完整线粒体基因组序列的图氏蟹属(十足目:短尾次目:地蟹科)的分子系统发育和进化研究

文献标题:Molecular Phylogeny and Evolution of theTuerkayana(Decapoda: Brachyura: Gecarcinidae) Genus Based on Whole Mitochondrial Genome Sequences

亮点分析:基因重排分析,选择压力分析

结果展示:

基因重排分析:线粒体基因重排的研究对于线粒体DNA相关疾病以及动物的系统发育研究具有重要意义。主要包括四种重排模型,分别为串联重复-随机丢失模型、串联重复-非随机丢失模型、线粒体内或线粒体间重组模型以及双复制随即丢失模型。

参考文献

Ding W, Xu H, Wu Z, Hu L, Huang L, Yang M, Li L. The mitochondrial genomes of the Geometroidea (Lepidoptera) and their phylogenetic implications. Ecol Evol. 2023 Feb 9;13(2):e9813. doi: 10.1002/ece3.9813. PMID: 36789341; PMCID: PMC9911631.

Wang Z, Zheng Y, Zhao X, Xu X, Xu Z, Cui C. Molecular Phylogeny and Evolution of the Tuerkayana (Decapoda: Brachyura: Gecarcinidae) Genus Based on Whole Mitochondrial Genome Sequences. Biology (Basel). 2023 Jul 8;12(7):974. doi: 10.3390/biology12070974. PMID: 37508404; PMCID: PMC10376310.

0 阅读:0

元莘生物

简介:专注于分子生物学好和高性能计算在医学领域的应用