在组织结构与运作模式方面，墨西哥贩毒集团有着明确的层级与分工。
核心领导层通常由家族或同盟控制（如锡那罗亚集团的“矮子”古兹曼时代），武装分支负责武力控制地盘、绑架、暗杀，物流网络管理跨国运输、洗钱（通过合法企业如鳄梨种植、采矿），地方盟友则收买地方政府、警察、法官以获取保护。
“矮子”古兹曼，世界头号通缉犯，世界上势力最强大的毒贩，锡那罗亚贩毒集团头目
2010年后，大型集团分裂为区域性卡特尔（如洛斯哲塔斯脱离海湾集团），形成“蜂窝式”结构，降低被打击风险。此外，贩毒集团还不断进行技术创新，使用加密通信（如Ciphr设备）、无人机运毒、潜艇走私，甚至通过暗网销售。
洛斯哲塔斯，暴力犯罪集团
主要贩毒集团中，锡那罗亚集团曾为全球最大贩毒组织，控制太平洋沿岸毒品走廊，“矮子”古兹曼2017年被引渡至美国后，伊萨亚斯·瓦尔德斯成为现任领袖，该集团注重商业扩张，较少直接暴力对抗政府；
哈利斯科新一代集团2010年从锡那罗亚分裂后，通过极端暴力（公开处决视频）迅速扩张，其装备反装甲武器、自制坦克（Monstruo 2020），甚至涉足非洲、欧洲毒品市场被美国列为“跨国犯罪组织”；
毒品集团“海湾集团”的被捕成员
其他重要集团如海湾集团（CDG）：曾控制美墨边境，现因内部分裂衰落。洛斯哲塔斯：前特种部队成员组成，以残酷战术闻名，现已分裂为东北、老派等派系。华雷斯集团：控制奇瓦瓦州，与锡那罗亚长期争夺华雷斯城。
华雷斯城
