交通运输部海事局是交通运输部的部属行政机构、也是直属海事系统的最高领导管理机构，同时加挂“中华人民共和国海事局”牌子，规格级别是正厅级，主要依法履行水上交通安全监督管理、船舶及相关水上设施检验和登记、防治船舶污染和航海保障、组织实施国际海事条约、管理通航秩序/通航环境等行政管理和执法职责，以及承办交通运输部交办的其他事项。
在内设机构方面，交通运输部海事局设有“办公室、政策法规处、计划装备处、财务会计处、人事教育处（公务员管理处）、通航管理处、船舶监督处（中国便利海上运输委员会办公室）、危管防污处、船舶检验管理处、船舶技术规范处、船员管理处、安全管理处、航海保障管理处、执法督察处（地方海事管理处）、科技信息处、国际合作处、审计处、党组工作部（组织处）、宣传处、纪检办公室、机关党委办公室（工会办公室）”。
在下辖单位方面，交通运输部海事局领导管理着“上海海事局、天津海事局、辽宁海事局、河北海事局、山东海事局、浙江海事局、福建海事局、广东海事局、广西海事局、海南海事局、长江海事局、江苏海事局、黑龙江海事局、深圳海事局、连云港海事局”以及北海航海保障中心、东海航海保障中心、南海航海保障中心这三个直属事业单位。
其中，上海海事局、天津海事局、辽宁海事局、河北海事局、山东海事局、浙江海事局、福建海事局、广东海事局、广西海事局、海南海事局、长江海事局、江苏海事局、黑龙江海事局、深圳海事局都是正厅级，而连云港海事局则是副厅级建制，这15个交通运输部直接领导管理的海事局统称为“直属海事系统”。可以发现，在直属海事系统中，其最高领导管理机构即交通运输部海事局是正厅级，下辖的沿海海事局中绝大多数也都是正厅级，因此直属海事系统是非常典型的“正厅管正厅”架构。
所以，为了加强交通运输部海事局的领导权威、更好的领导管理直属海事系统，交通运输部海事局局长一职按惯例是由交通运输部党组成员、副部长兼任的，例如现任交通运输部海事局局长是由交通运输部党组成员、副部长兼中国海上搜救中心主任付绪银担任的。
最后，再为大家介绍一下非常特殊的长江海事局：长江海事局是交通运输部直属海事局之一，在行政上隶属长江航务管理局，目前设置有宜宾、泸州、重庆、宜昌、三峡、荆州、岳阳、武汉、黄石、九江、安庆和芜湖海事局等12个分支海事局，并管理江苏海事局、长江通信管理局、长江引航中心和后勤管理中心。其主要任务职责是负责辖区水上交通安全和船舶污染防治、水域监督管理、水上安全通信、长江引航以及长江干线航道、通信等综合执法工作。
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