明朝朱元璋定都南京，修建南京明城墙，包括宫城、皇城、京城和外郭城四重城墙。南京明城墙始建于元朝至正廿六年（1366年），完工于明朝洪武廿六年（1393年），历时达28年。
明代南京城总体布局图及皇宫所处的地理位置
南京故宫是以皇城与宫城为主体、以一系列建筑旨在突出皇权“神圣”为内容、以全国最高中央行署机构为大明帝国的核心区域，由皇城与宫城两部分组成，合称皇宫。皇城在外，宫城在内。
南京故宫是明朝京师应天府（南京）的皇宫，又称明故宫，旧称紫禁城，皇城面积6.53平方千米，周长10.23千米，宫城面积1.16平方千米，周长3.45千米。是中世纪世界规模最大的宫殿建筑群，被称为“世界第一宫殿”。南京故宫作为中国宫殿建筑的集大成者，是遵循礼制秩序的典范，其建筑形制为北京故宫所继承，是北京故宫的蓝本，明清官式建筑的母本。
南京故宫开创了皇宫自南而北中轴线与全城轴线重合的模式，这种宫、城轴线合一的模式，既是南京特殊的地理条件使然，也是遵循礼制、呼应天象、顺应自然建设的杰作。整体布局、建筑形制都成为后来明中都和北京城的设计蓝本，并深远的影响了中国明代王府、韩国首尔景福宫、越南顺化紫禁城、琉球国首里城等宫殿建筑的布局与形制。其建筑风格、装饰风格作为中国明清官式建筑的母版，影响至今。
共有明太祖朱元璋、明建文帝朱允炆、明成祖朱棣、明弘光帝朱由崧四位皇帝在明故宫生活过。
如今明故宫遗址上的建筑遗存不到十处。
明皇城
皇城是中央行政机构和国家宗庙、祭坛的所在地，也是中国封建统治中枢的象征。皇城与宫城以及所囊括的建筑，合称为“皇宫”，是南京四重城垣有里向外的第二道城垣。作为护卫宫城最近的一道城垣，皇城环绕宫城。
皇城坐北朝南，平面呈倒凸字形，主体南北长约2.7至3千米，东西宽约2至2.2千米，周长10.23千米，围合面积约6.53平方千米，城高11米，基宽8米，顶宽7米，城门7座：洪武门、长安左门、长安右门、承天门、东安门、西安门、北安门。
皇城的范围东起今南京机电学校与南京博物院以西一线，西至竺桥、逸仙桥以东，南到光华门，北至佛心桥一带。
现在南京明皇城的建筑遗存有玄津桥，西安门，外五龙桥，千步廊（现为御道街）。
玄津桥
玄津桥文保碑
玄津桥位于南京市秦淮区西安门西侧，始建于明初，是一座三拱石桥。现为南京市文物保护单位。
底下的桥基采用了阶梯状的船型结构，是明代原物。
明代皇城建造在南京城东，当时官员日常出入皇宫大多经由玄津桥对面的西安门，当年是使用频繁的交通要道。洪武十三年的正月，中国最后一个丞相胡惟庸就是在这里，西安门外面的玄津桥桥头被朱元璋下令处决。
现在的玄津桥，它的桥墩是明代原物，但是栏杆是2001年又重新修建的。在桥的东南角还保留了一段明朝初年的栏杆，它的柱头是一个莲花的形状，它的栏板是一个宝瓶的形状，象征着清廉高洁出入平安。原来的玄津桥两头左右两边各有一只石狮子，不过现在只剩下来这一只了，已经残破不堪。
西安门
西安门是现存唯一的南京明故宫皇城城门，是南京故宫皇城的西门，旧时南京进出明皇城最方便的城门，门外筑有玄津桥。
现西安门存城台一座，由3个高大的门洞组成，门洞内非常开阔，多个须弥座及部分明代时期修建的路面，并被开辟成了一处市民公园，即“西安门遗址公园”，成了市民休闲娱乐的场所。
外五龙桥
外五龙桥，位于御道街中段明御河上，明朝建，与今午朝门公园里内五龙桥相对应，均为明皇宫建筑的重要组成部分，其地位相当于天安门前的金水桥。五龙桥五桥并联，上刻纹龙。如今五桥仍保存完好，桥均长11.4米，中间那架桥最宽，为8.25米，最窄的那架桥只有4.7米，都是石拱桥。桥下是明御河。在抗日战争时期，外五龙桥的石栏曾被改为钢筋混凝土仿石栏，后沿用至今。
千步廊（现为御道街）
御道街位于南京市秦淮区，南起正阳门（今光华门），北抵午门（今午朝门），中有外五龙桥，是南京故宫的南北中轴线，明朝京师皇宫的御街和御道，故名。
从洪武门进入皇城后，是一条纵贯南北的宽阔御街，两边建有连续的廊屋，故又称为千步廊。明皇朝中央军政机构“五部六府”就分设于御街两侧。
如今的御道街就是在明皇城洪武门至承天门前外五龙桥的御街和承天门至午门前的御道故址上拓建的。御道街北侧就是全国重点文物保护单位——明故宫遗址。
明宫城
宫城是皇帝起居、办理朝政、接受中外使臣朝见以及皇室成员居住之地，又称大内、内宫，俗称紫禁城、紫垣，是南京四重城垣最里一重，有御河环绕。宫城坐北朝南，平面略呈长方形，主体南北长约0.95千米，东西宽约0.75千米，周长约3.4千米，围合面积1.16平方千米，城高11米，基宽8米，顶宽7米，垛口2370个，城门4座：正门为午门、西门为西华门、东门为东华门、北门为玄武门。
从午门入，有宫墙环绕，过内五龙桥，桥下为内御河，桥后为奉天门。过奉天门由南向北依次建有奉天殿、华盖殿和谨身殿三大殿，构成了宫城“前朝”的主体部分。后来北京故宫的太和、中和、保和三殿，就是模仿奉天、华盖、谨身三殿建造的。往北过乾清门即进入宫城的后廷部分，后廷南面正中的大门为乾清门，乾清门内为乾清宫大殿，乾清宫后为坤宁宫，坤宁宫东、西两侧为东六宫、春和殿和西六宫。“前朝”与“后廷”相结合，组成“朝廷”。
现在南京明宫城建筑遗存有东华门，西华门，午门（现为午朝门），内五龙桥。
现在南京明宫城建筑遗址有奉天门，血迹石，奉天殿，华盖殿，谨身殿。
东华门
东华门，是南京明故宫宫城东门，与西华门相对，也是南京现存较为完整的宫城城门之一，现已辟为东华门遗址公园，列为全国重点文物保护单位。
东华门城平面矩形，白玉须弥座，辟三座券门，券洞外方内圆。城台上建有城楼，城楼面阔五间，进深三间。
东华门现存城台一座，城台顶完整保留仪凤楼石础，能明显看出廊庑遗迹，南北两面有明显的城墙拆断痕迹，最南面的门券内仍保留着明代的路面。
西华门
西华门是南京故宫宫城西门，与东华门相对应，两门形制相同。城平面矩形，白玉须弥座，辟三座券门，券洞外方内圆。城台上建有城楼，城楼面阔五间，进深三间。西华门与西安门在东西一条中轴线上，城门地表建筑仅有须弥座保留。
西华门现存城台三座门券的须弥座和砖石路面，在西华门遗址广场。
午朝门公园
1992年5月，开辟午朝门公园。午门遗址，内五龙桥，奉天门遗址，血迹石等都在午朝门公园里面。
午门（现为午朝门）
午门是南京故宫宫城的正门，因“居中向阳，位当子午”，故名午门，民间俗称午朝门。午门内为奉天门，外为御街和御道（现为御道街）。午门除了是官员出入之门外，还是传达圣旨及朝廷告书的地方，也是皇帝处罚大臣“廷杖”之地。
午门现存城台一座，须弥座和券门均保存完好，城门五孔，东西长89米，南北进深约35米。左右两阙于1924年被拆除，城门两侧有新建的登城道，城台顶保留百余座宽大的石础，城门的底部有青石雕刻而成的须弥座，上有精美的纹饰，简约大气，精美的缠枝如意纹须弥座代表了明初最高规格的建筑风格，永久的影响了后来的风格，风格完全被北京午门所继承。
内五龙桥
内五龙桥（金水桥）是五座并列单孔拱券式汉白玉石拱桥，位于奉天门前广场内御河上。内五龙桥正中的一座御路桥供皇帝专用，御路桥东西两侧为王公桥，供皇室成员、亲王大臣通行，再两侧为品级桥，供三品以上官员行走。功能与承天门前的外五龙桥一致。
内五龙桥现五座桥体均完整保留，石栏已不存，在午朝门公园里面。
现在南京明宫城建筑遗址前朝部分有奉天门遗址，血迹石，奉天殿遗址，华盖殿遗址，谨身殿遗址，武英殿。奉天门遗址在午朝门公园，其它都在明故宫遗址公园里面。
奉天门
奉天门遗址
奉天门是南京故宫正殿的前门，南为内五龙桥，北为奉天殿。奉天门是皇帝接见大臣议事的地方，即“御门听政”之所。明朝永乐初年，明成祖朱棣曾在此举行国宴接见过渤泥国王一行。
奉天门遗址现在午朝门公园内，现保留数座宽大的石础，遗址东西长58米，南北宽30米。
血迹石
血迹石
血迹石是明代忠节奇儒方孝孺当年被五马分尸时血流其上之石。这块石头石面约有八仙桌桌面那么大，部分有云纹纹饰。石头泛红，当然不会是因浸透了方孝孺的血；如果这里面有附会成分，也只是反映了后世国人对其人其事崇敬之情，借大忠臣的血光烛照世道的暗黑。
南京明故宫遗址公园
现奉天殿遗址，华盖殿遗址，谨身殿遗址都在明故宫遗址公园里面。
奉天殿
奉天殿是南京故宫前朝的正殿，三大殿的主体，即金銮殿，是皇帝举行重大典礼和接受文武百官朝贺的地方，后来北京故宫的太和、中和、保和三殿就是模仿南京故宫奉天、华盖、谨身三殿而建。奉天之名意为“奉天命而统天下”。奉天殿坐落于三台之上，面阔十一间，进深五间，重檐庑殿顶，上盖琉璃金瓦，双檐重脊，雕梁画栋，朱漆描金雕花的门窗，为中国最高等级建筑。殿左为中左门，殿右为中右门。殿前为广庭，东为文楼，西为武楼。
现奉天殿遗址就是两块大草坪和草坪中间的路。
华盖殿
华盖殿是南京故宫前朝三大殿，每逢春节、冬至和皇帝的生日，皇帝都要在这里先行接受内阁大臣和宫廷执事人员的参拜，然后才去奉天殿接受百官的朝贺。华盖之名出自星象中紫微垣中的华盖星。华盖殿坐落于三台之上，面阔五间，进深五间，攒尖顶。
华盖殿现保留数座宽大的石础。
谨身殿
谨身殿是南京故宫前朝三大殿，是皇帝上朝更换朝服以及册立皇后、皇太子之处，皇帝亦在此殿受贺。谨身之名意为帝王提醒加强自身修养。谨身殿坐落于三台之上，面阔九间，进深五间，重檐歇山顶。殿左为后左门，殿右为后右门。
谨身殿现保留数座宽大的石础。
明宫城建筑遗址后廷部分有乾清门，乾清宫，坤宁宫，坤宁门等现都已无存，未进行考古发掘。
现在南京明皇城的建筑遗存有玄津桥，西安门，外五龙桥，千步廊（现为御道街）。
现在南京明宫城建筑遗存有东华门，西华门，午门（现为午朝门），内五龙桥。
现在南京明宫城建筑遗址有奉天门，血迹石，奉天殿，华盖殿，谨身殿。
