房屋租赁合同提前终止后，已缴纳的税款及已开具发票的处理需要根据具体税种和相关规定进行操作。以下是针对增值税、房产税、印花税及已开具发票的处理方式：
一、增值税。如果租赁合同提前终止，且租金已提前收取并缴纳了增值税，通常情况下已缴纳的增值税不予退还。如果合同终止导致租金退还，可以按照以下方式处理：开具红字发票：根据《中华人民共和国发票管理办法》，租赁合同终止属于“应税服务中止”情形，需开具红字发票冲减已确认的收入和增值税。如果红字发票开具后，增值税实际缴纳金额超过应缴金额，可以向税务机关申请退税。
二、房产税。房产税是针对房产所有人征收的税种，与租赁合同是否终止无关。因此，已缴纳的房产税不予退还。如果房产在合同终止后不再出租，房产所有人可以申请调整房产税的计税依据（如从租计征改为从价计征）。如果房产在合同终止后空置，房产所有人需向税务机关申报变更房产税计税方式，避免多缴税款。
三、印花税。印花税是针对合同签订行为征收的税种，一旦合同签订并缴纳印花税，税款不予退还，即使合同提前终止。如果合同终止后重新签订新合同，需根据新合同的金额重新计算并缴纳印花税。
注意事项：印花税的缴纳与合同是否履行或终止无关，已缴纳的印花税无法退还或冲减。
四、已开具发票的处理
纸质发票：作废发票：如果当月开具的发票尚未交付给承租方或承租方同意退回发票，可以收回原发票全部联次并注明“作废”字样后作废发票。
开具红字发票：如果发票已交付给承租方且无法收回全部联次，需取得承租方的有效证明后开具红字发票，冲减已确认的收入和税款。
电子发票：电子发票无法作废，只能通过开具红字发票进行处理。在开票系统中选择需要红冲的电子发票，填写红字发票信息并注明红冲原因（如“租赁合同终止”）。
总结：增值税：合同终止后，需开具红字发票冲减收入和税款，必要时可申请退税。房产税：已缴纳的房产税不予退还，但可申请调整计税方式。印花税：已缴纳的印花税不予退还。已开具发票：纸质发票可作废或开具红字发票，电子发票只能开具红字发票。
