黄帝内经提出「天人合一」思想，认为人体与自然界存在动态对应关系，季节、昼夜、地域变化均会影响生理病理。如《素问》强调“春生、夏长、秋收、冬藏”的养生时序规律。
阴阳五行学说，以阴阳平衡为健康核心，五行（木火土金水）对应五脏（肝心脾肺肾），构建脏腑功能联动模型。如肝属木，主疏泄，与春季生发之气相通。
藏象经络系统，创立「藏象」概念，将内脏功能与体表征象关联，如“心主血脉，其华在面”；经络学说详细描述十二经脉循行路线，奠定针灸理论基础。
疾病诊疗体系，病因病机理论。提出“六淫致病”（风寒暑湿燥火）和“七情内伤”（喜怒忧思悲恐惊）双重致病观，强调“正气存内，邪不可干”的发病机制。
四诊合参原则，《素问·脉要精微论》系统论述望、闻、问、切诊断方法，特别强调脉诊需结合季节时辰变化，如“春日浮，如鱼之游在波”。
治疗与预防思想，主张“上工治未病”，通过饮食调养、情志调节、导引按蹻等方式预防疾病，如“春夏养阳，秋冬养阴”的四季养生法则。
五运六气学说，以天干地支推算气候周期变化对疾病的影响，如《素问·六元正纪大论》提出“司天在泉”理论，指导流行病预防和用药。
确立中医学独立学科体系，影响《伤寒论》《千金方》等后世医著。明代《医林改错》修正其解剖学不足，近现代结合实验医学拓展理论应用
《黄帝内经》本质上是一部生命哲学著作，其“法于阴阳，和于术数”的核心思想，对现代慢性病管理、心身医学仍有重要指导意义。
