1679年，13岁的策妄阿喇布坦要结婚了，没想到，到手的新娘，却突然被叔父噶尔丹抢走了。几年前噶尔丹娶了他的母亲，现在又抢了他的妻子，这让策妄阿喇布坦和弟弟恼羞成怒。弟弟建议哥哥离开噶尔丹，独自发展，恢复父亲的汗位。这个新娘是和硕特部鄂齐尔图汗的孙女阿海，策妄阿喇布坦与她早有婚约。却不料横生枝节，新娘被自己的叔叔抢了去。血气方刚的策妄阿喇布坦兄弟二人，提了刀剑就闯入噶尔丹帐中责问。一番冲突之后，策妄阿喇布坦伤了一只眼睛。抢走了侄子的新娘，又弄瞎了侄子的眼睛，噶尔丹心中愧疚。为了补偿，噶尔丹将水草肥美的牧场博罗塔拉赐给侄子，又将吐鲁番、哈密给了侄儿作为领地。当年父亲僧格被杀时，策妄阿喇布坦才只有四岁，两个弟弟更小。叔父噶尔丹依照蒙古习俗娶了嫂子，也就是策妄阿喇布坦的母亲阿努，成为准噶尔的首领。之后，在叔父噶尔丹的庇护下，兄弟三人得以长大。尽管在兄弟三人的记忆里，噶尔丹是准噶尔部的英雄，可年幼的策妄阿喇布坦却是僧格的继承人，保留着部族的统治权。起初噶尔丹所发布的所有命令，都以二人的名义共同发布。不过，自此噶尔丹统一了准噶尔，就不再联名发布了。慢慢地，策妄阿喇布坦可以披甲上马，冲锋陷阵了。噶尔丹发现侄儿成了自己的最大威胁。尽管噶尔丹地位日崇，可依照蒙古传统，在策妄阿喇布坦成人之后，他就应将领袖之位交还给侄子，但雄心勃勃的噶尔丹又怎肯拱手相让呢？策妄阿喇布坦在战场上的功绩提高了自己的威望，叔侄关系也在慢慢分裂。部下告诫噶尔丹说：“你侄子有夺权叛变之心，即刻除掉为好！”后来，策妄阿喇布坦的母亲阿努替儿子重新定了门亲事，大概害怕儿媳妇再被叔父抢走吧，她竟亲自带兵千人迎接新娘。不久，噶尔丹派出刺客，但在行刺的当夜，策妄阿喇布坦恰好不在，而弟弟索诺木阿喇布坦却被毒杀。策妄阿喇布坦回来后，噶尔丹告诉他：“你弟弟暴病身亡了。”策妄阿喇布坦伤心之余，有人偷偷告诉他：“你弟是被秘密杀害了，你若不逃，也必死无疑。”策妄阿喇布坦带了七名父亲的旧部出走，沿途竟有大批的准噶尔人追随他，很快就集结了五千人。噶尔丹顿时意识到，侄子的羽翼已丰，必须铲除。于是立刻带了两千兵马一路追击。噶尔丹追上侄子，问：“你为什么恨我？”策妄阿喇布坦见叔叔还在装糊涂，将多年的怨气倾诉而出：“我妻子是你抢走的；我弟弟是你杀的。现在又要杀我，我怎能不恨你？”策妄阿喇布坦早有准备，率领五千人马一鼓作气将噶尔丹击败。准噶尔人对策妄刮目相看，都说他不愧是僧格的儿子。击败噶尔丹后，策妄阿喇布坦返回自己的领地博罗塔拉，休养生息，招募父亲僧格的旧部，等待机会，好给叔父沉重一击。噶尔丹连年征战，在准噶尔内部遭到很多人的反对。因此当具有汗位继承权的策妄阿喇布坦起来对抗噶尔丹时，很快得到了有力支持。策妄阿喇布坦与叔父分道扬镳后，抢占了丰茂的游牧地，控制了伊犁河流域，截断了噶尔丹后路。此时的噶尔丹内有叔侄分裂，外又面临清朝的贸易封锁。1688年，噶尔丹大举侵入喀尔喀蒙古后，清廷彻底中断了与准噶尔的贸易。两年后，随着噶尔丹的大举南下，引发康熙三征噶尔丹。其间康熙曾与策妄阿喇布坦联络，对他的遭遇表示同情，又赐给了各色绸缎二十匹作为安慰。康熙此举自然是想与策妄阿喇布坦结盟，共同对付噶尔丹。策妄阿喇布坦之后的表现，也确实没有让他失望。乌兰布通之战时，策妄阿喇布坦偷袭，将噶尔丹妻子阿努、阿海掳去。后来，阿努返回噶尔丹部，而阿海却留下了。乌兰布通一战，噶尔丹实力大减，策妄阿喇布坦趁机讨伐。战后，噶尔丹元气大伤，撤军途中又遭遇瘟疫，主力死伤殆尽，再无力对清廷发起挑战。噶尔丹连年征战，结仇无数，各路仇家此时纷纷出动，他已无路可走。策妄阿喇布坦决定联合各部，出兵围剿噶尔丹。混乱之中，很多人乘乱出逃，或投降清廷，或投奔策妄阿喇布坦。最后，噶尔丹身边只剩不足千人。噶尔丹没有反思自己，反而责怪准噶尔人一个个叛他而去，最终在不甘中病逝（清朝将死因定为自杀），时年54岁。噶尔丹死后，遗体被火化。走投无路的亲信将噶尔丹的骨灰和他女儿钟齐海等人交给了策妄阿喇布坦。清廷要求策妄阿喇布坦将噶尔丹的骨灰及其后人交出。策妄阿喇布坦将噶尔丹的儿子车凌三鲁普交给了清廷，但拒绝交出骨灰和噶尔丹的女儿，因为这与准噶尔部的风俗不合。依照准噶尔的风俗，如果与死人的骨灰和他女儿为仇，将为世人所不齿。清廷以断绝关系、停止贸易威胁策妄阿喇布坦，策妄阿喇布坦拖延了一年多，最终决定交出噶尔丹的骨灰和女儿，以换取与中原的贸易，但对清廷的不满已经暗暗滋生。对于清廷，策妄阿喇布坦内心是警惕的，他是准噶尔蒙古人、僧格的儿子，天生是要争雄称霸，而不是俯首称臣。噶尔丹是策妄阿喇布坦掌握准噶尔大权，称雄草原的最大阻碍，他一死，再无人能与策妄阿喇布坦争夺准噶尔的统治权。