在晚清同治陕甘宁回乱中，出现过好几次汉族农民起义军或反清武装力量攻入回民军控制地区的事件，回军也曾与汉人武装相互支持、相互配合过，但从严格意义上来说，双方并没有真正联合起来。 太平天国远征军进入陕西后，回民军首领任武、郝明堂曾与之取得联系， 并掩护、协助其与清军、民团作战，这是回汉武装配合最好的一次。但太平军并未在渭南一带站稳脚跟，不久便奉陈玉成令东出潼关，经河南、湖北往救遭清军围攻的庐州（今安徽合肥）。 1863年，蓝大顺、李短鞑率滇、川农民军攻至陕西周至，击毙满洲悍将多隆阿，清廷深恐这批武装叛乱者“陆续上犯勾结回匪” ， 但滇川农军似乎没有和陕西回变军取得联系，因此并没出现联合作战的迹象。 1868年前后，张宗禹、张禺爵、邱远才等率西捻军攻入关中，其目的是“往联回众，以成掎角之势”；回军也自甘肃东进，与西捻军协同作战，共抗清军进剿。但双方的合作基础并不稳固，仅半年后就出现“时离时合” 的情况，在一些地方双方还发生过冲突，甚至互有杀伤。不久西捻军渡黄河东去，西北回民军与捻军也就彻底“分道扬镳”了。 1865年后的数年间，在甘肃庆阳、环县以及陕北一带活动的董福祥、扈彰、高万镒等人统率的游杂武装“众号数十万”，在静宁水洛城一带活动的张贵也拥众数万人，这都是汉人武装势力，带有民团性质。他们既与清军为敌，也与陕甘回军作战。董福祥等最初都从办团练起家，与大杀汉民的回民军作战只为自保，作战失利后又“纠难民以拒官”，成为“形似绿林（马匪）”的武装力量。 1869年，董、扈、高、张等汉人游杂武装被左宗棠部下、老湘军悍将刘松山部击败并收编，旋随左宗棠镇压西北回军，立过不少战功。陕甘回军从没有与董、扈等领导的汉人武装实行联合。  唯一不同的是云南回民起义领袖杜文秀。在回汉联合这件事上，他的做法非常突出，可圈可点。滇回首领杜文秀明确宣布起事宗旨是“革命满清”；他还提出“但得汉回一心，以雪国耻，是为至要......志在救劫救民，心存安回安汉”，反复申明民族团结的重要性，并广泛联络了汉族以及其他少数民族参与起事。 史载，在杜文秀建立的大理政权的18位首领（称为“大司”）中，有7个回族人，另11人分别是汉族、彝族、白族。由此可见，云南回民军首领杜文秀和西北回军首领任武、郝明堂、白彦虎、马占鳌、马化龙、马文禄等人在本质上并不相同，他团结各族民众参与起事，只是为反抗满清暴政，而那些人只想在西北地区建立一个泛伊斯兰化的宗教“国家”，因此大肆杀戮汉民...... 虽然在陕甘回族起事中也有头目重视过结好、笼络汉人，但总体来说，西北回汉大都是相互敌视、仇杀， 因此很少有汉民参与回众起事，它仅是一次单纯由回民发动、参与的武装“叛乱”。