皇太极登基后，他清楚的意识到如果想要对大明构成致命的威胁，就必须首先解决蒙古这个隐患，以免重蹈金朝的覆辙，林丹汗就给了机会。黄金家族的最后一位蒙古大汗林丹汗即位后，依然和蒙古其他部落一样信奉黄教，可是当红教喇嘛沙尔巴呼图克图来到蒙古后，林丹汗就被他的法术所打动，于是就封了沙尔巴呼图克图为国师，并接受其灌顶，如此一来，使得林丹汗与信奉黄教的蒙古各部发生了巨大分歧，此后一些部落就开始远离林丹汗。皇太极就决心好好利用蒙古的内部分歧，为削弱林丹汗势力，皇太极对蒙古采取联姻、劝诱、征讨为一体的策略，从而蚕食瓦解之，皇太极本人也迎娶了科尔沁部的布木布泰即后来的孝庄太后。短短三年，察哈尔部外围的部落纷纷抛弃林丹汗而投奔后金，皇太极最终在1634年将林丹汗击败，将漠南蒙古揣入囊中，对大明也展开了致命的威胁。
