在努尔哈赤对漠南蒙古用兵之时，执掌察哈尔部的是达延汗七世孙林丹汗，作为黄金家族的血脉，林丹汗拥有一统蒙古再创大元的野心，对辽东一直就有觊觎之心，因此林丹汗与大明哥后金均有利益冲突。但是随着后金的不断崛起，努尔哈赤开始不断将自己的势力伸入到漠南蒙古地区，科尔沁、内喀尔喀尽皆臣服于了后金，故而林丹汗出于抵御威胁的考虑，毅然决然的选择和大明结盟。可是结盟后的林丹汗连续遭遇后金打击，大明却从未给予实质性的援助，最终在皇太极的一次次打击下，林丹汗终于支撑不下去而病亡，其子于次年投降皇太极，漠南蒙古也全部归于后金。
