同治十年（1871年）3月，金积堡战役落下了帷幕，马朝清父子被依法处决，其家族中的三百余名成员及八十余名伪官亦遭连带惩处。与此同时，回军骨干马胜福率领数千残部向北逃窜至内蒙古境内。深谙“除恶务尽”之理的左宗棠意识到，若让这些叛军在内蒙古站稳脚跟，必将遗患无穷。于是，他下令由金运昌指挥，以安徽籍士兵组成的卓胜军追击败逃的回军，力求彻底消灭其势力。
金运昌任命投诚的回军将领陈林为先锋，率部追杀至乌拉特旗。陈林在追击过程中，积极宣传清廷的善政与安民措施，劝导回军停止内部厮杀，归顺朝廷以避免无谓的战斗。在他的劝说下，回军内部发生了分裂，阿匐马千源用绳索捆绑了马胜福，将其押出营寨投降。然而，马胜福最终仍被陈林在阵前斩首，金积堡的残余势力至此被彻底清除。
金运昌在追击过程中，曾登上大漠上的狼山，有感而发创作了一首塞外诗，并将其刻成“狼山将军碑”，立于塞北大漠的狼山之巅。碑文记载了他的豪情壮志：“总统五千兵，纵横万里路，踏平金积堡，调防紫金驻。忽逢重九日，登高于此处，只见蒙古包，不见村与树。”
此役之后，左宗棠逐渐掌握了西北战场的主动权。慈禧太后为表彰其功绩，特加封他为骑都尉世职，参战各部官兵亦均获赏赐。例如，董福祥被晋升为四品参将，其麾下的董字三营还扩编了一营，总计人马达到了2500多人。而马朝清的金积堡府邸，在战后则成为了董福祥的私人住所。
从战略角度分析，马朝清的失败并非偶然。他出身显赫，家境富庶，却缺乏底层民众那种置之死地而后生的决心。他的反清行动更多是基于对特殊地位的追求，而非明确的反清口号或斗争到底的决心。因此，他时刻寻求被清廷招安的机会，以换取荣华富贵。然而，由于他对属下的管理不力，导致刘松山被其部下暗杀。最终，他不得不向刘松山的侄子刘锦棠投降，迎来了凄惨的结局。
此外，陕甘回军内部也缺乏统一的指挥和明确的目标。各路回军的目的各不相同，有的想反清复明，有的则待价而沽寻求招安，还有的则首鼠两端、犹豫不决。这种分裂的局面使得回军在面对清军时难以形成合力，最终被清军各个击破。
值得注意的是，回军的成员大多由阿訇、小商贩和教徒构成，他们缺乏军事斗争经验。相比之下，清军将领则都是身经百战的悍将。因此，在西北战场上经常出现几百清军追击数千回军的场面。
金积堡战役结束后，左宗棠的大军由平凉西移至安定，矛头直指陇西河湟地区的回军领袖马占鳌。马占鳌出身于河州莫尼沟的一个回族家庭，年轻时曾在西安学习经文，聪明且有一定的见识。同治元年（1862年），32岁的马占鳌在河州中心寺与马海晏等人相约举兵反清。克了河州城。
