1948年8月底，杜聿明来济南视察防务时，提醒王耀武说：“吴化文这个人反复无常，表面服从而内心诡诈，我看靠不住，要注意他。” 王耀武的第二绥靖区，隶属于徐州“剿总”，“剿总”总司令刘峙担心济南的防务，特派副总司令杜聿明去了解情况。 王耀武对杜聿明提及，不久前他曾飞去南京，当面向蒋介石请求，将济南的十万部队南撤，以保存实力，但却遭到拒绝。 杜聿明听后，略带遗憾的说：“济南已是孤城一座，留部分守备部队即可，将主力顺利撤到徐州一线，也算是上策。” 在视察城防时，杜聿明说：“济南是大城，既有纵深又有坚固的工事，若共军来攻，即便不增派兵力，坚守一个月应该不成问题吧。” 一旁陪同的王耀武的参谋长罗幸理不以为然，反驳说：“若没有援军，也就能守一周左右。” 杜聿明听后很不高兴，回去后向老蒋打报告，说罗幸理“思想有问题”，建议将其撤职。老蒋知道罗幸理是王耀武的亲信，加之大战在即，所以不置可否。 离开济南时，杜聿明特意叮嘱王耀武，说要注意吴化文的动向。王耀武不以为意，说：“吴化文的部队，之前和共军多有交手，平日言语中也流露出仇恨的情绪，目前来看尚算可靠。” 杜聿明说：“还是不要大意，小心为上。” 王耀武说：“防守济南还要依靠吴化文的部队，我这边也没有有力的证据能说明他有问题。” 杜聿明回到徐州后，向刘峙汇报了视察的情况，并提到了吴化文。刘峙也担心吴化文靠不住，给王耀武打电话询问，王耀武说：“刘总司令，我这边并未发现吴化文有通共的情况，没有真凭实据，贸然处理一个整编军长，是不妥当的。” 直至济南战役打响前，王耀武都认为吴化文不会起义，一方面说明了地下党的策略得当，斗争艺术巧妙，另一方面也能看出吴化文老于世故，让自诩精明的王耀武蒙在鼓里。 在济南解放前夕，吴化文的父母在地下党的护送下，从徐州偷偷被送到了济南吴化文的防区，向来孝顺的吴化文，心中石头落地。 9月16日，在解放军即将攻城之际，王耀武在司令部召集师长以上将领开会，吴化文担心去后遭到算计，只派八十四师的副师长杨团一代为参会。 王耀武见吴化文未来，心生怀疑，亲自打电话给九十六军军部询问情况，军部参谋回复说：“吴军长不放心前线，亲自去阵地视察了。” 吴化文实际上是去找妹夫杨友柏（八十四师副师长兼一五五旅旅长），商议起义事宜。这里顺便说一下吴化文部队的构成，他任军长的整编九十六军，实际上只辖一个由他兼任师长的整编八十四师，整编军长相当于之前的集团军总司令，这是蒋介石、王耀武为了让吴化文卖命，给的一个虚衔。 八十四师的基干部队是一五五旅，吴化文若要成功起义，杨友柏的态度很重要。 吴化文话刚起了个头，杨友柏马上说：“我完全支持，你说怎么干，就怎么干。” 午夜，解放军对济南发起进攻，按照事前的约定，并未进攻吴化文部的阵地，而是等着对方主动撤退。 不料，到了17日下午，九十六军的阵地纹丝不动，原来，吴化文得到消息，称杜聿明将指挥二十万大军救援济南，他内心动摇了，试图观望一下战局再做打算。 18日下午5点，解放军给吴化文发去电报：“请贵军告知团以上阵地，我军到达后，即将阵地让于我军。” 吴化文接到电报以后，摆出一副不理不睬的样子。本已答应起义的吴化文，这时却按兵不动，前线的解放军首长当机立断，下令以军事打击迫使吴化文早下起义决心。 深夜十一点，解放军向驻守簸箕山一带吴军阵地发起猛烈进攻，仅20分钟，就歼灭吴军六百余人。 吴化文接到前线告急的电话后，突然之间翻脸，一拍桌子大喊说：“打就打，只有打才有饭吃。” 危急关头，解放军代表黄志平大声说：“济南的战斗已打了两天了，吴军长还是不执行约定，部队拒不撤离阵地。如果继续这样，解放军必然会集中兵力消灭九十六军，到时候，别说起义，连投诚都算不上。” 吴化文听后，满头大汗的给黄志平道歉，说：“二十四小时之内，我一定起义，烦请贵军停止进攻。” 黄志平听后说：“这样吧，我们穿越火线请示上级。” 黄志平和吴化文的代表，冒着密集的炮火，去见了解放军首长，说明情况后，解放军停止了对吴部阵地的进攻。 19日夜9点，吴化文在军部召集团以上军官开会，会前他对副官长高清辰说：“你带人站在门口，若有人反对起义，就将其打死。” 吴化文开门见山的对众人说：“我决定率九十六军起义，你们大都跟随我多年，希望能服从命令。” 众人窃窃私语一番后，并无人站出来反对，吴化文松了口气，下达了撤退命令及路线，让各部队长回去后马上行动。 会后，除了465团团长王玉臣等个别人逃走向王耀武告密外，其余军官响应起义指令，组织部队撤离阵地，向预定目的地开进，为避免误会和解放军交火，起义官兵左臂全部缠着白毛巾作为标记。 当夜，解放军顺利接收九十六军阵地，直抵济南城的西面。9月25日，起义部队在到达禹城后，被改编为解放军第三十五军，吴化文和手下官兵，迎来了新生。
