1938年6月，戴笠接到军统福建站紧急电报，说他的亲信张超被陈仪逮捕就要枪决。戴笠大怒说：“他这是不要命了，竟敢搞到我的头上来了。” 陈仪和军统交恶，是从大半年前金门沦陷时开始的。在日军进攻金门时，金门守备力量仅有保安队百余人，金门县长邝汉以无力固守为由，要求马上撤退。 陈仪以福建省主席兼任保安司令的名义，给金门发去电报，要求邝汉：“守土有责，应与城共存亡。如情势加紧，当固守待援，不得仓皇退却，至于重究。” 1937年10月26日，日军在金门登陆。滩头的保安部队，以极差的装备奋力抵抗，在赶来的民众帮助下，打退了日军第一次登陆。 保安队长让副队长去县城找邝汉，让把武器库打开，将装备分发给滩头助战的民众。不料，副队长带回的消息却是邝汉已带着家属乘船逃走。 很快，日军集结力量第二次登陆，守军寡不敌众，大部战死，其余撤走，当天金门全岛沦陷。福建各界纷纷电请省府及军委会，要求严惩临战逃脱的邝汉。 邝汉让社训教官陈文照代行县长职务后，先是逃去了漳州，之后在福建龙溪一带，被157师师长派人扣留。 陈仪大怒，下令将邝汉军法会审，不久后执行枪决。邝汉有军统的背景，和福建的特务头目张超交好。邝汉被判死刑执行前，张超去找陈仪求情，陈仪讥讽说：“如果你想当福建省主席，我会亲自到蒋委员长那里推荐你，到时候由你去开释邝汉。” 张超本就和陈仪矛盾很大，几个月前他奉戴笠之命到福建后，以开办训练班的名义，招收了五百多学生。张超野心很大，想以这批学生为基干，扩充一支武装力量，为此，他多次向陈仪索要经费及武器弹药，但都遭到拒绝。 见陈仪不配合，张超电告戴笠添油加醋的说了陈仪的诸多不是。陈仪是国民党元老，又是浙江人，戴笠此时还不愿和他撕破脸，因此决定将张超训练的几百学生，送去在湖南临澧开办的“特种训练班”。 好不容易招收的学生，要被打包送去临澧，张超很是郁闷，不过戴笠很快就委任他为军统在上海的行动队长。 戴笠让张超在福建训练班的学生到临澧后，再去上海上任。张超利用这个间隙，决定在离开前搞点事情，给陈仪找点不痛快。 张超召集手下，部署“倒陈”行动，具体做法是将“闽人治闽”等口号以标语的形式在各处张贴，同时纠集对陈仪不满的福建籍军政人员，联合“倒陈”。 张超显然是高估了自己的影响力，以他的级别，有几个人会傻乎乎的跟着他去“倒陈”。很快，就有人向陈仪告密，陈仪恨得牙痒痒，叫来福建警察局长李进德，让带人将张超马上抓捕。 就在张超买好去上海租界的船票，准备上任时，被李进德的手下抓走。军统闽北站长严灵峰得知后，连忙给戴笠发去电报。 戴笠去电陈仪，让对张超手下留情，但陈仪毫不理睬。当时军统的势力，远不如后期膨胀，戴笠结交的那些军政大员，也没有能和陈仪说上话的。 为了保住张超的性命，戴笠硬着头皮去找老蒋求助。戴笠去时恰好老蒋不在，他拿出呈写的关于张超一事的报告，请求宋美龄转交。 宋美龄看后，认为戴笠有些小题大做，张超这种级别，居然要惊动老蒋去求情。 戴笠以哀求的语气说：“还请夫人斡旋，让委员长给陈仪主席发个电报，把张超解送到武汉即可。” 当晚，老蒋回来后，看了宋美龄转交的呈文后，一边发牢骚说戴笠这种事情都要来麻烦他，一边还是随手写了电文，让陈仪把张超送到武汉查办。 戴笠得知老蒋的电文发出后，松了口气，无论陈仪给张超定的是什么罪名，只要把人押送到武汉，那么后续的事情，在福建的陈仪就鞭长莫及了。 让戴笠没想到的是，老蒋的电文反而加速了张超的死亡，陈仪下令将张超就地处决。 有人提醒陈仪，说张超是戴笠的亲信，贸然杀掉会彻底结下梁子，既然有老蒋的电报，那就顺水推舟的把人送去武汉。 陈仪瞪着眼说：“难不成我这个省主席、保安司令要听戴笠的？张超是军统的人，但也归保安司令部管，既违反军令，就必须要杀。” 陈仪为何敢置老蒋的电报不顾，强行杀掉张超呢？陈仪对张超恨极了，是必欲除之而后快的，他资历很深，当时和老蒋关系尚可，于是便压下电报将人除去。 老蒋得知人被杀后，也未多说什么，毕竟在他眼中，别说一个，就是十个像张超这种级别的特务，也不算大事。 戴笠在张超被杀后，不敢向陈仪报复，转而把矛头对准李进德，以调查“张超案”为由，让李进德到武汉来接受问询。 李进德到武汉后，军委会和军统都派人找他谈话，由于准备充分，又带来了张超在福建多行不法的证据，他对答如流，未被问题问倒。 在和陈仪交好的何应钦、张群的插手下，“张超案”的调查结论是：张超劣迹太多，确实可杀，但不应擅自杀掉。 “擅杀”的责任自然不能让陈仪来承担，李进德被免去警察局长，成为军统和陈仪这场争斗的替罪羊。 戴笠对张超之死一直耿耿于怀，曾对毛人凤等心腹恨恨的说：“不解决陈仪，我寝食难安。” 至此，陈仪和军统结下了深仇，这也为他十一年后策反汤恩伯反遭告密，被毛人凤趁机发难致他于死地，埋下了伏笔。
