1949年2月，国民党陆军参谋长汤尧去探望何应钦，谈及黄百韬时，何应钦说：“一个中将兵团司令死了，就给了十万金圆券。如此抚恤，让其他将领如何卖命？” 何应钦自1944年底，被陈诚取代，失去了任职十几年的军政部长一职后，其之前在蒋军黄埔系中，仅次于蒋介石的“一人之下万人之上”的地位，就再未恢复。 老蒋对何应钦的打压，采取的是温水煮青蛙的手段。1944年12月，何应钦被派去昆明，担任陆军总司令。 陆军总司令部，除直属单位后，下辖四个方面军，由卢汉、张发奎、汤恩伯、王耀武分任总司令。美援的装备，优先补充这四个方面军，这时的何应钦，军事指挥权还是很大的。 抗战胜利后，四个方面军相继撤销，何应钦被变相夺去了兵权。1946年，老蒋改革军事机构，取消军委会，组建“国防部”，“国防部”之下，设“国防部本部”和“参谋本部”，“参谋本部”之下，又设立了陆军、海军、空军、联勤四大司令部。 何应钦在这次军事机构大调整中，没有捞到一个重要职务，“国防部长”由白崇禧担任，“参谋总长”由陈诚担任，陆军总司令为顾祝同，空军总司令为周至柔、联勤总司令为郭忏。 周至柔、郭忏是“土木系”的骨干，海军总司令由陈诚兼任（日常事务由副司令桂永清代理），“土木系”势力空前膨胀。 以何应钦的资历，闲置起来也说不过去，老蒋派他去美国，担任军事参谋团上将团长。这是老蒋排斥异己的惯用手法，先后遭此“待遇”的人不少，比如原远征军总司令卫立煌，在滇西反攻结束后，被调任陆军副总司令，给何应钦当副手，这次也以“考察军事”的名义，被打发出国。 何应钦这一走，就是将近两年，直到1948年春，这才被老蒋召回。老蒋突然想起何应钦，有两大原因，一是，陈诚屡战屡败，在国民党内已然是一片喊杀之声，老蒋不得不考虑换人，而资历上能压过陈诚的，老蒋又不排斥的，也就何应钦了；二是，老蒋想当“总统”，需要获取何应钦这个元老的支持。 老蒋在李宗仁当选“副总统”后，大为恼火，为了泄愤，将白崇禧调任华中“剿总”总司令，“国防部长”由何应钦担任。称病以避风头的陈诚，也识相的请辞，于是“参谋总长”换成了顾祝同，桂永清扶正。 本来，老蒋的如意算盘是让结义兄弟张群担任行政院长，不想遭到强烈反对。张群见势不妙，给老蒋发去电报，说他身体不好，无力主持行政院，还是继续留在重庆绥靖公署任上为好。 选来换去，最后翁文灏就任行政院长，老蒋为了拉拢何应钦，又给了他政务委员的头衔。 1948年8月，南京召开军事检讨会，蒋军主要将领大部参加，此后，再未有规模如此大的会议，因为参会的将领，像杜聿明、宋希濂、范汉杰、黄维、黄百韬等相当一部分将领，后来不是当了解放军的俘虏，就是兵败身死了。 再次被起用的何应钦，已无当军政部长时对老蒋那样恭顺了，他在第一天会议开幕后，拿着一封详细的损失报告，面无表情的念了起来。 参会的绝大部分将领，只了解各自所在战区的损失，当听到报告中“兵员损失三百余万”“枪械损失二百多万支”“轻重机枪损失七万多挺”等惊人的数据后，无不震惊莫名。 本来参会将领就被失败的阴影笼罩，这下更沮丧了。老蒋见何应钦的报告，把检讨会开成了泄气会，气得跳脚，但却不好发作，毕竟这些数据都是真实的。 何应钦这次宁肯惹怒老蒋，也要故意拆台，主要原因是，他太了解老蒋了，担心日后承担战败责任，干脆将损失一股脑的说出来，反正他这个“国防部长”刚当上不久。 11月，翁文灏辞去行政院长后，老蒋又将孙科推到了前台。1949年1月下旬，老蒋下野，这让何应钦变得不安起来，因为他和代总统李宗仁关系不错，而桂系在老蒋这次下野中，是重要的推手。 为了不引起老蒋的猜忌，何应钦一度称病，躲在医院中观望。陆军参谋长汤尧去看望何应钦时，聊起黄百韬的身后事时，何应钦很是不满。 1948年12月，蒋军第七兵团司令官黄百韬的尸体运到南京后，老蒋批示，给黄百韬的妻子柳碧云拨付十万金圆券的“抚恤金”。 当时金圆券已经贬值，但十万元尚算一笔不小的款项。可等柳碧云拿到抚恤金时，已是两个月后，这时的十万金圆券，比废纸强不了多少。 何应钦认为，给黄百韬遗孀的抚恤金完全可以用大洋或黄金支付，用疯狂贬值的金圆券，实在是让人寒心。 孙科在李宗仁当了代总统后，带着行政院迁到广州，不久后干脆辞职。李宗仁想让何应钦担任行政院长，但没有老蒋的认可，何应钦也不敢上任。 溪口的老蒋，认为何应钦当行政院长，终究比桂系的人当强，也就同意了。为了拉拢何应钦，在何应钦五十岁生日（4月2日）这天，老蒋派蒋经国给何应钦祝寿。 何应钦当了行政院长后，谁都不招惹，重要的事情不做决定，白崇禧有一次讥讽说：“何院长，你太没有担当了，什么都不愿意做主。” 何应钦没好气的说：“蒋先生和李代总统，我谁都得罪不起。” 5月，当了仅两个月行政院长的何应钦，辞去了本兼职务，至此，再未担任重要职务。
