1955年7月31日，蒋介石召开军事会议，孙立人准备参加。这时陈诚打来电话，让孙立人先去他那儿一趟。两人在陈家谈了2个多小时。孙立人直言以对，表示对涉及他的所谓兵变案一点也不知情。 孙立人对陈诚说：“我自问没有任何过错，如果一定要追究责任，我愿辞去军职；我原本是学土木工程的，大不了今后再去做老本行。” 就在那天的会上，蒋介石在会议上宣布了“孙立人案”的经过，并决定追究孙立人的责任，限制其行动自由。 当孙立人从陈诚那儿回到官邸，发现卫兵已经换成宪兵，家中所收藏的战利品和纪念品都被收缴。 第二天一早，宪兵明确交待，从今天起，要求孙立人不要再出门；随后，张群前来正式宣布：“从今天起，孙立人毋庸再去上班。” 这边张群刚走，那边“总统”府第一局局长黄伯度和第二局局长傅亚夫一同前来，将郭廷亮等人的“自白书”和300多被捕军官名单交给孙立人，建议孙立人引咎辞职。 虽然孙立人在陈诚那儿说愿意辞去军职，但真到了这会儿，孙立人心中仍然不服，质问说：“我问心无愧，何咎之有？为什么我要引咎辞职？” 黄伯度也是安徽舒城人，与孙家世谊，他与孙立人在家中都排行老二，都被两家人称为“二哥”，但此时黄伯度一副公事公办的样子，并撂下狠话：“如能主动辞职，则可保全部属300多人性命，家人安全也可获得保障。” 黄伯度的这一态度，让孙家人后来对他充满了不满。但公允地讲，黄伯度的表面态度下可能隐藏的是对孙立人及其一家甚至所有受牵连部属的一种隐性保护。后来由陈诚领衔的针对“孙立人案”的调查委员会所形成的调查报告，虽然对蒋介石、蒋经国父子作了顺从，但在处罚建议上，还是对孙立人表示了同情。 经过三天三夜的痛苦思考，无奈的孙立人只好于8月4日开始拟写辞职签呈。孙立人的堂妹孙敬婉后来回忆：“他（孙立人）常夸耀自己的睡觉本领，就是站着也能睡几分钟，可是这一次不行了，他本不肯自己辞职，因为他不能承认那些虚有的事，认为有辱他的人格，但因事涉300余人的性命，那一夜，他可真没睡过一分钟，他在考量自己的人格重要，还是那些人的性命重要。” 孙立人逐字逐句斟酌，定稿后，交给黄伯度过目，黄伯度根据蒋介石的要求，提出意见加以修改，最后由其带回呈交。可不久就被退回，说一些地方文意或字句不妥还要修改。孙立人只好委曲求全，参照要求再改。如此反复5次，费时一周，才终于交上了一份与郭廷亮等人自白书内容一致，又让蒋介石满意的辞职书。辞职书的签呈时间“定”在8月3日。 就在孙立人辞职书成型不久，蒋介石下令在8月20日下午两点半向外界正式公布孙立人案。接着，蒋介石委派陈诚、王宠惠、许世英、张群、何应钦、吴忠信、王云五、黄少谷、俞大维这九人组织调查委员会，以陈诚为主任委员，对涉及孙立人的相关案件进行详细调查。 调查委员会8月26日由陈诚召集召开第一次会议，启动调查，直到10月8日调查才告结束，前后开会9次。 9月5日，就调查委员会的工作，蒋介石在听取张群、黄少谷等人的汇报后，非常不高兴，批评调查委员会的汇报内容太繁琐，避重就轻。在蒋介石的训斥和命令下，调查委员会只能顺从，一切结论已成定论，之后的一切所谓审判与处置只能在蒋介石的命令中打转。 10月8日，调查委员会将形成的调查报告，连同有关调查笔录、重要的资料及7份调查录音，一起呈报蒋介石。8日，调查委员会进行了最后一次会议，何应钦（有人认为是何应钦故意躲避，因为这是调查报告定稿的会议）因去日本治疗眼疾没有参加，其他8名委员联署了报告。 10月19日，蒋介石与张群、蒋经国商议后，终于拿定了主意，将处置手令起草好，并决定第二天公布。 随后，蒋介石把陈诚、张群、俞大维、黄镇球等人找来进行推敲。之后又让张群等人命令孙立人，以孙立人的名义第二天早上约见记者，让孙立人在记者会上公开表示悔过，以配合蒋介石的“手谕”发布。 但是，孙立人看出了其中的奥妙，一旦自己悔过后，那么就彻底的有口难辩了，所以孙立人在记者会当天，“称病不见”。 蒋介石得知后，非常震怒，找了张群询问，张群说：“据黄伯度说，孙立人腹泻严重，确实有病。” 10月21日，蒋介石处理孙案的手令终于发布，由于证据实在是难以服众，所以处理结果只是笼统地说孙立人主动辞职，在家思过等等。 闹得沸沸扬扬的“孙立人案”处置至此结束，孙立人从此开始了长达33年的软禁岁月。 在孙立人案中，陈诚、张群、黄伯度等人虽然大致顺从蒋介石的指示，但在汇报孙立人的问题上，在一定程度上还是替孙立人作了力所能及的“减轻罪责”，以及隐藏在表面态度后面的丝丝善意。正是由于陈诚、张群、黄伯度等人没有落井下石，没有构制所谓的“兵变证据”，所以，最后对孙立人只能是以长期软禁来处理。 1988年3月，孙立人结束软禁，当有人问及他对平反有何想法时，孙立人说：“从未反过，何平之有？”言语之间，充满悲愤。
