北京城市副中心注重发展“绿色交通”，并以百姓需求为导向，在建设便捷畅达的绿色交通示范方面取得了阶段性成效。2024年，副中心新开8条公交线路，调整13条线路，公交站点500米半径覆盖率达到94.57%，在绿色智能公交管理上也有了新进展。
2014年2月，国务院批复了《北京城市副中心建设国家绿色发展示范区实施方案》，《实施方案》中很重要一部分是建设绿色交通示范区。
在慢行交通友好型城区建设方面，北京城市副中心完成京津公路、武兴路等9条道路慢行优化，完成北苑和温榆河三网融合示范区、通州发展大厦周边自行车优先标志增设及自行车道彩铺、吉祥路路段慢行改造施工，并加快副中心步行和自行车系统示范段工程建设，有序开展共享电单车试点运营。
在加强绿色智能交通管理方面，过去一年，北京城市副中心积极推动区域绿色低碳交通一体化。地铁M101线工程进入全面建设阶段，副中心轨道交通“一环六横四纵”格局加速形成。东夏园交通枢纽建成投用，通马路、环球影城北综合交通枢纽基本完工，副中心站综合交通枢纽主体工程基本完成。
除了让出行更加方便，作为国家绿色发展示范区，北京城市副中心交通尤其注重低碳。经过一年的调整，2024年全区共淘汰燃油出租汽车496辆，更新新能源出租汽车343辆，现有巡游出租企业巡游电动出租车1675辆，新能源占比（除个体企业外）提高至100%。
北京市通州区交通委有关人士表示，2025年将加速推进城市副中心智慧交通（一期）项目建设，构建一个可以“望闻问切”的数字交通系统，提升交通“含绿量”。
