第二次无敌舰队远征的夭折，丝毫没有动摇腓力二世向英格兰复仇的决心，他立即下令在里斯本和拉科鲁尼亚两港迅速着手筹备第三支无敌舰队。总司令帕德拉立即全力以赴地投入了紧张而又细致的筹建工作，以免重蹈前面两次无敌舰队的覆辙。两年前加里昂船队在康沃尔郡的毛斯霍尔和彭赞斯一举登陆成功，对腓力二世来说是记忆犹新的。因此，康沃尔郡的法尔茅斯港是他心中的第三次远征目标。 当拥有6艘战船的霍华德船队在费罗尔港海域游弋示威的时候，无敌舰队总司令帕德拉为了保存兵力，保守秘密，采取了明智的策略：对敌人的挑衅不予理睬。而以埃塞克斯为首的英格兰舰队司令官们并没有识破他的意图，完全放松了本土的警戒体制。因此，经过充分准备的新的无敌舰队如果充分发挥其战斗力的话，这次入侵英格兰本土的作战很有可能一举成功。 帕德拉司令的监察官索托在7月4日才从费罗尔送给国王的信中报告：舰队将于8月中旬出发，预计9月8日在英格兰本土登陆。舰队编制如下：23艘大型加里昂船、25艘小型加里昂船、26艘运输船、数艘加来扎布拉斯船、约70艘登陆用的小型船，运载约两万名士兵，4000名水手。尽管如此，无敌舰队的起航日期仍往后推了近一个月。 但途中不幸接连遭遇风暴，导致舰队被吹散，计划受挫，好在英国方面的舰队也同样被吹散了。而英国方面正当埃塞克斯和罗利的远征舰队（埃塞克斯-罗利远征）无功而返时，无敌舰队在法尔茅斯海域出现的消息，像惊雷一样，使整个英格兰陷入空前的慌乱之中。正在召开的议会解散了；发出了紧急命令，让驻法兰西的英格兰远征军立即回国；在西部各郡颁布紧急动员令；此外，还下令查塔姆基地女王直属的加里昂船队马上出动；派罗伯特·克鲁斯指挥正在多佛尔海域巡逻的船队。在1587年和1588年对筹建中的无敌舰队进行先发制人的攻击时，伊丽莎白女王就十分担心，舰队主力不在国内时本土的防卫虚弱，而今她忐忑不安的忧患终于成了事实。 即使无敌舰队侥幸在英格兰本土登陆成功，也不可能从西班牙本国或荷兰进行长期和连续的军援补给。尽管腓力二世把希望寄托在英格兰国内天主教徒及同情者的起义和支援上，但20余年来，他们中的大多数人都已经成为信奉新教的伊利莎白女王的顺民。寄希望于占领英格兰本土一隅，以报加的斯惨败之仇，才是腓力二世的真实意图。然而他的这个如意算盘终于随第三次无敌舰队远征而破灭。