1972年，在甘肃武威汉墓出土了一批木质医药简牍，共92枚，题为《治百病方》。根据鉴定，这批简牍是东汉早期的文物，它在一定程度上反映了汉代医药学水平的真实面貌。这批简牍的内容颇为丰富，它包括治疗内、外、妇、五官各科疾病的医方三十多个，用药约一百种，剂型有汤、丸、膏、散、醴、栓等。长沙马王堆出土的《五十二病方》约一万五千字，共载医方280多个，用药达243种。所治疾患涉及内、外、妇、儿、五官各科疾病一百多种，其中尤以外科最为突出，这是从战国至西汉以前的一部临床医学专书。

从以上两书所载方剂来看，几乎全部是复方；而且可以看出，复方配伍的方法已逐渐为当时的临床医生所普遍掌握。从单味药到复方，从复方的普遍运用，到形成组方配伍的方剂学理论，是临证医学的一大发展和进步。这一切，为东汉张仲景研究临证医学创造了有利的条件，张仲景的《伤寒杂病论》，正是在汇集历代诸家临床实践经验的基础上，加以总结提炼而成。

张仲景继承了《黄帝内经》等古典医籍的基本理论，结合当时人民同疾病作斗争的丰富经验，以六经论伤寒，以脏腑论杂病，提出了包括理、法、方、药在内的辨证论治原则，《伤寒杂病论》问世以后，由于兵荒战乱，原著不久即告散失。后人分别搜集其中的伤寒部分和杂病部分，整理成两部书；现今流传的《伤寒论》和《金匮要略》，实际上就是《伤寒杂病论》一分为二编成的。

《伤寒论》载方113首，《金匮要略》载方262首，除去重复，两书实收方剂269首。其中使用药物达214种。本书基本上概括了临床各科的常用方剂，被誉为“方书之祖”。当时对方剂的君、臣、佐、使及加减变化的配合，已有较高的要求。在因证立法，以法系方及遣方用药上，都积累了丰富的实践经验和较系统的方剂学理论知识。所用剂型种类之多，更是远远地超过了以往医籍和简牍所载医方内容，计有汤剂、丸剂、散剂、酒剂、洗剂、浴剂、熏剂、滴耳剂、灌鼻剂、软膏剂、栓剂等不同剂型。书中所列方剂，大多疗效可靠，因而一直为后世医家所袭用。

两汉时期的医政，沿袭前秦，其医官衔名之可考见的有：在奉常（或太常）属下的有太医令丞。在少府属下的有太医令，秩（薪俸）千石；太医丞，秩三百石；还有太医监。

东汉医官，在太常属官里，已无太医令一职；而在少府属官里，设有太医令二人，秩六百石，掌诸医（汉和帝时有太医承）。太医令以下，设有：药丞一人，主药；方丞一人，主药方；员医二百九十三人；员吏十九人。此外，尚有：侍医（亦称御医）、医工长、本草待诏、尚药监、女侍医（亦称乳医，为妇产科医）。在诸侯王国中，可考见的有：太医、侍医、医工长（主药医、秩四百石）等名曰。

据明·王应麟注解：奉常（或太常）所属，职守如后世太医院，为国家医药行政及医疗机构；而少府所属医官，职守专属内廷宫禁医药。汉代太医，列为皇帝从官之一，而考核从官标准有四科：即‘质朴、敦厚、逊让、有行（有德）’以考校医官，定其高下，制其官阶和薪俸。汉代医事可述的，是对民间散落的医药经验及藏书收集整理，如《汉书·艺文志》所云：“汉兴，改秦之败，大收篇籍，广开献书之路。迄孝武世，建藏书之策，置写书之官，下及诸子传说，皆充秘府。汉成帝时，医书颇散亡，使谒者陈农求遗书于天下，侍医李柱国校方技。”；又汉平帝元始五年，“举天下知方术、本草之人，遣诣京师”，以及元始二年“疾疫者，舍空邸第医药”。均是后代国家医药文献等的征集、整理和公立传染病医院的模版。

西汉初期很重视清静无为的黄老哲学，这和当时推行与民体息的政策颇相吻合。到了汉武帝时期“罢黜百家，独尊儒术”，自此以后，儒家的地位日益提高。到了东汉时期，“诡为隐语，预决吉凶”的谶纬之学盛行，儒家经典著作被作出各种宗教迷信式的解释，班固整理《白虎通德论》一书，把儒家的三纲五常加以神化，并且提到了钦定法典的地位。好在当时的民间医术已经繁荣，华佗精通内、外、妇、儿、针灸各科，尤以外科著称，应用中药全身麻醉剂——麻沸散，施行腹部全麻手术。

杰出思想家王充在所著《论衡》中，对天命鬼神等唯心主义谬说进行了批判。他认为“气”是万物的本源，人是由物质性的“气”构成，因而人的察赋厚薄和体质强弱是决定寿夭的关键。提出了“妇人疏字者子活，数乳者子死”有关优生学的正确论述，这也是对“天命论”的直接否定。王充还提出了无鬼论和神灭论的思想，正确地论证精神与肉体的关系，指出精神是依附于肉体的，人死则精神不复存在。他的这些光辉论述为医学沿着唯物主义道路发展提供了理论基础。

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