关於《明儒学案》的刊刻和流传，据黄宗羲七世孙黄炳垕所编的《黄梨洲先生年谱》称

　　关於《明儒学案》的刊刻和流传，据黄宗羲七世孙黄炳垕所编的《黄梨洲先生年谱》称，清康熙十五年（一六七六年）《明儒学案》编成，共六十二卷。除钞入《四库全书》外，安阳许氏（酉山）、甬上万氏（贞一）各刻过数卷，却因故半途而辍。故城贾氏刻本却又杂以臆见。只有慈水郑氏（义门）续完万氏未竟之刻，是为善本。其后，又有莫宝斋侍郎晋重梓贾本，对贾刻有所校正，但仍杂有贾氏搀入者。　　另据《明儒学案》黄千秋《跋》记载，初刻者是万贞一，刻於康熙三十年（一六九一年），可惜只刻了原本的三分之一。稿本为勾章郑义门性所得，一度为广东巡抚杨文乾之子借去再刻而未成。郑性於雍正十三年（一七三五年）开始续刻万氏未竟部分，至乾隆四年（一七三九年）刻完，历时四年。由於郑性服膺黄宗羲，特筑二老阁，祭祀他先人溱和宗羲，所以是刻称为二老阁本。冯全垓於光绪八年（一八八二年）以二老阁版重印。　　万氏之后，郑氏之前，故城贾润看到《明儒学案》钞本，赞赏书中叙述明代数百年学术思想，认为不可听之埋没。但他虽决心刻印而未及开工即去世，他的儿子贾朴继承遗志，从康熙三十二年（一六九三年）至四十六年（一七○七年）刻完，历时十四年。其间曾请黄宗羲撰写序言，宗羲因病，口授儿子百家代书，病愈后又亲自修改，这二篇略有出入的序言，都收在贾刻中。是刻以贾润齌名紫筠，亦称紫筠斋本。贾氏根据自己的意见，改动次序，以首康斋为首敬斋，并将“王门学案”改为“相传学案”，郑性说他“杂以臆见，失黄子着书本意”。贾润之孙贾念祖於雍正十三年（一七三五年）以紫筠斋版重印。《四库全书》所收，系山东巡抚採进本，也为紫筠斋版。　　会稽莫晋刻本是用紫筠斋钞本，据万刻订正次序，即恢复首康斋和“王门学案”，并校亥豕之讹，清道光元年（一八二一年）刻完，当时也称善本。一九三六年《四部备要》即据莫刻本排印，并参校二老阁本。　　其他还有光绪三十一年（一九○五年）杭州群学社石印《黄梨洲遗书》。收二老阁版《师说》、《叙论》、《叙传》共八卷，各家原着不录。同年，涵芬楼还排印新会梁启超节录本。