光绪六年，随吉林将军办理边务，废除八旗世袭制、改招募制，仿湘淮、直隶

      光绪六年，随吉林将军办理边务，废除八旗世袭制、改招募制，仿湘淮、直隶练军章程，兴筑炮台，创建图们江、松花江水师营，招抚匪患，募民开垦，增设驿站，修建木桥。光绪七年，奏请在吉林设立机器制造局，制造军械弹药，并抽调津、沪机器局西学人才，亲自验收工程，又升太仆寺卿。      光绪九年，在中法战争中激烈主战，为“清流派”一员。当年冬，朝鲜发生甲申政变，日本欲乘机干涉，清廷命其率兵乘轮船赴朝鲜查办，帮助朝鲜抵制了日本的威胁。光绪十一年，奉命在天津协助李鸿章与日本使臣商讨朝鲜事务，提出“朝鲜本国如有乱党滋事，该国王若请中国派兵弹压，自与日本无涉”，未得采纳。天津会议专条写明:“将来朝鲜若有变乱重大事件，中、日两国或一国要派兵，应互行文知照”，自此埋下祸根。      光绪十一年，同宁古塔副都统、珲春副都统与俄国使臣重勘边界。俄国已侵占黑顶子领土多年，其亲往珲春查勘，发现土字界牌有误，据理力争，签订界约。光绪十二年，任中国首席谈判代表，在岩杵河与俄国进行勘界会谈，收回黑顶子，争得图们江口通航权。      光绪十三年，任广东巡抚，同葡萄牙强占澳门和香山七村的侵略活动作斗争。光绪十四年，赈济惠州水灾，治理黄河堤防，授河道总督。曾疏请光绪帝尊崇生父称号礼节，遭到慈禧太后斥责，恰逢其母病逝，得以避祸。      光绪十八年，任湖南巡抚，因茶叶外销亏损，奏请设立督销局，未得采纳。创设课吏馆，使候补官员“讲求居官理事，研习吏治刑名”，流于形式，多弊端。      光绪二十年，甲午战争爆发，过度信任湘军，主战，自请赴前线。曾驻守山海关，因军心涣散、指挥混乱，连连兵败，关内震动。曾欲拔剑自裁，后被劝阻。被革职永不叙用。光绪二十八年，辞世。贰重立土字牌      在光绪十二年(1886年)，吴大澂与俄国进行边界谈判，成功重立土字碑，争得了中国船只在图们江口的航行权，捍卫了国家的领土政权。      在吉林期间，吴大澂督办吉林后的辉煌业绩包括建立吉林机器局，引进现代化武器装备，改革军制，加强边防。