《孤舟》作为一部抗战时期为背景的谍战剧，剧中的角色并有所谓的主角光环。顾易中虽有着留美背景，又是能力出众的建筑师，但前期基本被吊打，毫无还手之力。反而是张海沫，一开始便表现出了机智过人的反应能力，多次助顾易中脱险。
王明阳牺牲，陆君诺揭穿刘秀娟身份，周知非被捕入狱，看到最后，张海沫才是最强特工。
黄秋收作为顾易中的上线，在牺牲前交待他的最后一件事便是潜入日本司令部，查清“武工作”的具体细节。而因为上海的这次接头，导致他最终暴露，在被抓回90号的路上牺牲了。
王明忠牺牲
顾易中为了完成任务，甚至将小林信男的垃圾全部收集起来，翻找了一遍最终仍然毫无所获。而海沫却凭借评弹的关系与日本人小野太郎打好了关系。小野要求海沫与他一起去好友小林信男的生日会，顾易中借此机会拿到了“武计划”情报。
周知非的饭局并没有找出陆君诺就是肖若彤的证据。顾易中因一直没等到组织上派来的联络人，便将情报交给了肖若彤，让她转告罗武强尽快离开。
日美冲突让国内局势充满了各种不确定性，李先生为了壮大自己的势力，命周知非拉拢罗武强。在罗武强摇摆不定时，肖君侠因王阳明被90号抓走找到了罗武强，希望他能出面救出他。
罗武强赶到90号要人，周知非正在逼问他关于与代号“孤舟”联系的具体方式和暗号，因不敢与罗武强硬刚只能选择放人。王明阳在被带走时随手拿走了放在一旁的书，周知非发现后立刻冲出去意图将他手中的书抢走，推搡中误杀了他。而这一刻罗武强的立场便也明确了。
陆君诺揭穿刘秀娟身份被捕
肖若彤被周知非扣押。原来在肖若彤身边的娘姨刘秀娟，是李先生派来监视她的76号行动处外围组长。吴冰梅找到顾易中希望他能救她。顾易中找到近藤故意挑拨他与李先生的关系，告诉他李先生秘密扣押了陆君诺，想用她来胁迫罗武强妥协。他以近藤的命令为由，在众目睽睽之下要将肖若彤带走，周知非无可奈何，留下一句“你确实聪明，但你不可能总赢”看着二人离开。
他带着肖若彤走出去，就在要上车的那一刻，高楼上的狙击枪手一枪便要了她命，就这样她死在了他的怀里，而他甚至不敢将此刻的情绪表露。第二天他失魂落魄的回到家，海沫得知真相后伤心不已。她从未对她有任何敌意，甚至只希望他们都能实现自己的抱负。
看到最后，张海沫才是最强特工
肖若彤死后，顾易中几次差点暴露多亏海沫从中协助。抗战胜利后，周知非见大势已去想要带着钱逃走，最终被捕入狱执行枪决。大仇得报，可顾易中一直没能与组织取得联系，无人能证明他的身份，因此也被以汉奸的罪名逮捕入了狱。
