宿州自明朝开始隶属于凤阳府，清朝初年，宿州降为散州，不再辖县，灵璧县为凤阳府直辖。而后宿州划出西境一乡十九堡划给新置涡阳县（据史载，宿州和亳州的边界为天静宫）。
清朝时期，因地震、黄河改道摧毁邳州治所下邳古城，邳州北迁九十里筑新城，淮安府邳州及下辖宿迁、睢宁改属徐州，徐州升为府。
泗州城陷入洪泽湖，裁虹归泗，泗州治所迁虹县（今泗县），新泗州为直隶州。
此图为清光绪三十一年，也就是公元1905年的地图。
此图为泗州直隶州地图，泗县也是清朝开始成为泗州治所，泗县历史上大多数时间为县治，但也曾为潼州、宋州、仁州、宿州等州郡治所。
清代凤阳府宿州，可以说，宿州自中晚唐以来，清朝是宿州最落寞的时期，以前的宿州跨汴阻淮，自蒙古南侵，怀远、五河地彻底脱离宿州，到清朝不再辖县，但仍是皖省雄州。
此图可见，在清朝末年，宿州、灵璧境内仍有很多湖泊，百年后，已成沧海桑田。
