南北朝长期对峙根源于东晋十六国时期的未解问题。东晋在南方成立，北方多政权并存，包括游牧民族建立的。这一时期被称为东晋十六国，尽管北方政权超过十六个，但最著名的十六个被后世记住。
东晋十六国时期，前秦在北方崛起并统一了大部分区域，实力相当于灭蜀后的魏国。然而，前秦在淝水之战中败给东晋，导致其迅速衰弱，北方再次分裂。尽管东晋取得胜利，但由于内部矛盾加剧，未能进行北伐。
淝水之战后十多年，北方北魏政权崛起，而南方东晋则爆发大规模农民起义和权臣掌政。出身底层的将领刘裕凭军功成为东晋主导者，对内扫平大族，对外进行北伐。他率领的军队灭了南燕、谯蜀、后秦等政权。至公元417年，东晋已控制江南、巴蜀、岭南、关中、荆襄及淮河流域，领土超过南宋巅峰时期。
东晋末年，国力达到鼎盛，但政权岌岌可危。刘裕计划先统一北方再篡位，却因关键人物刘穆之去世受阻。刘穆之于刘裕如同诸葛亮于刘备，其死成为历史转折点，导致刘裕北伐计划受挫，担忧无人坐镇后方可能引发政变。
刘穆之去世后，刘裕急忙撤军，留下12岁的儿子刘义真镇守长安。几个月后，长安落入胡夏政权手中。若关中地区仍在刘宋控制下，东晋有望统一天下。失去关中后，东晋短期内统一无望。因此，刘裕匆忙篡位，建立宋朝，历史进入南北朝时期。当时，南方由刘宋统治，北方则由北魏、北凉、北燕、胡夏等政权分割。如果刘宋在刘裕篡位后北伐，仍有可能统一天下。
刘裕58岁时篡位成为皇帝，但因子女年幼，他主要忙于内部政治整合，未能北伐。两年后，他病逝，留下未扩张的刘宋，为北魏提供了崛起机会。北魏由鲜卑族拓跋部建立，此前曾建代国，被前秦所灭，其后裔拓跋珪后来重建北魏。
北魏复国后，迅速壮大，先后征服了后燕和刘宋。利用刘裕死亡引发的内乱，占领了洛阳等地。又趁胡夏内部动荡，西进攻占长安。十年间，北魏基本统一北方，结束了割据局面。刘宋北伐变得困难。
这期间，刘宋经历动荡：刘义符少年登基，未受帝王教育，被大臣架空，两年后废黜。刘义隆即位。
刘义隆在登基初期秘密获得多位开国大臣支持，后成功掌控大权，并延续父亲刘裕的休养生息政策。几年间，他稳定了南方局势。430年，利用柔然大军南下的机会，刘义隆发动北伐，尽管一度夺回洛阳，但最终未能持久。
刘义隆在二十年内两次北伐失败，因不熟悉军事并误杀大将檀道济。这导致南北两朝都遭受重大损失，最终陷入和平状态。晚年，刘义隆因废黜太子的企图被反杀，引发政权混乱。继位的刘骏虽有改革，但清理宗室和耗损国力的行为，为政权灭亡埋下伏笔。
刘骏去世后，刘宋历经十年内斗，萧道成趁机掌权。他花五年时间清理内部，于479年篡位建萧齐。北魏在这期间换了三位皇帝，均是幼年即位、早逝。北魏因主少国疑，未能南下。这二十多年里，北魏转型农耕政权。南朝改朝换代时，北魏迎来孝文帝。他幼年即位，太后长期掌权。孝文帝长大后亲政，顺利拿回大权。
孝文帝即位后，主要挑战是解决北方胡汉间的长期矛盾。历史上南北朝各自内部矛盾未解，北朝尤以胡汉问题突出。尽管过去百年有多种解决方案，包括消灭、分治或融合，但均因实施困难而失败。孝文帝通过全面汉化改革和迁都洛阳应对这一挑战，甚至皇族拓跋姓氏也改为汉族的元姓。
孝文帝的改革消除了北朝胡汉间的矛盾，使得汉族地主开始认可北魏政权。这一变化加深了南北分裂。在孝文帝时期，南朝历经变革：刘宋被萧道成推翻，建立南齐；后南齐亡，南梁兴起。南齐期间，萧道成和其子萧赜统治了十四年，通过休养生息策略恢复国力，史称“永明之治”。在动荡的南北朝，能有此治世颇为不易。
在萧齐治世期间，南朝实力有所恢复，原计划进行北伐。然而，萧赜去世后的九年内，南齐历经五位皇帝，内部斗争激烈，导致国力消耗殆尽，无法实施北伐。此时，萧衍趁乱起兵控制了南齐政权，并最终篡位称帝，将国号改为梁，建立南梁政权。
新君宣武帝即位后，北魏趁机攻打南朝的四川地区并夺取汉中。此时，北朝的优势开始超越南朝。但北魏内部问题逐渐显现，土地兼并严重，导致农民起义频发。虽然最初北魏能镇压起义，但随着宣武帝去世，内部矛盾加剧，最终爆发了“六镇起义”。
六镇是北魏在北方建立的六个军事要塞，旨在防御游牧民族柔然。这些军镇因强大的军事实力而闻名。宣武帝去世后，由于土地兼并问题，六镇士兵开始起义，与之前的农民起义不同。这场起义动摇了北魏的统治基础。为镇压起义，中央赋予地方将领更多权力，导致他们势力增强。加上多次幼主登基，外戚开始控制朝政。
后来，地方将领尔朱荣以清除外戚为名起兵入京，控制京城并拥立新皇帝。新皇帝随后刺杀尔朱荣，尔朱家残余势力又杀死皇帝，使得北魏陷入混乱。
在关键时刻，高欢和贺拔岳两个关键人物崛起。高欢消灭了尔朱荣的余部并控制了中央政权。同时，贺拔岳在关中地区联合大地主和年轻将领形成了利益联盟，即关陇集团。贺拔岳遇刺后，宇文泰成为新领袖，关陇集团逐渐独立。
两大势力崛起后，北魏分裂为东魏和西魏。东魏由高欢控制，西魏则在宇文泰的掌控下。原南北割据局面转变为三国大战。南梁虽有强盛国力，却因萧衍错失北伐良机。
萧衍，南梁开国皇帝，虔诚佛教徒，大力推动宗教建设。他在位期间多次出家，耗费国库赎身，导致国力衰弱，错失北伐良机。同期，北魏分裂成东魏和西魏，两方均声称正统并陷入长期战争。宇文家和高家在各自政权中势力增强。南梁初期未利用东西魏冲突，错过进攻时机。后东魏大将侯景投降南梁后，萧衍才决定北伐。
南梁北伐失败后，遭遇侯景造反，囚禁了皇帝萧衍，导致其饿死。这一事件称为侯景之乱，严重削弱了南梁的国力。同时，北齐和北周分别在北方崛起，侵占了部分南梁领土。南梁在陈霸先的领导下平定了侯景之乱，但皇权落入陈霸先之手，且国家失去大片领土，仅剩相当于三国时期东吴的范围。
公元557年，陈霸先篡位建立南陈，西魏则支持萧家族在江陵建西梁。同年，宇文家取代西魏，成立北周。此后，南北朝进入北周、北齐、南陈三国对峙的局面。宇文泰去世后，其侄子宇文护掌握北周大权，直到宇文泰之子宇文邕刺杀宇文护，自掌政权。
宇文邕统一北方后，原本计划南下灭陈。但意外早逝，杨坚掌权并建立隋朝。杨坚采取先北后南策略，击退突厥再准备灭陈。八年内，隋朝成功分裂突厥并筹备南下。
南陈在陈霸先篡权后三年内历经三位皇帝：陈文帝、陈废帝和陈宣帝。陈文帝和陈宣帝各自推行恢复国力和北伐政策，但因侯景之乱导致国力大减，难以对抗北周或北齐。北朝统一后对南陈形成压倒性优势，尽管南陈期间有杨坚篡权和陈宣帝病重，但最终因南陈后主陈叔宝的昏庸错失最后机会。
八年后，杨坚击退突厥并全力攻打南陈，此时南陈已无胜算，双方实力悬殊。公元588年，杨坚派二子杨广领五十万军南下，众多名将辅助。南陈无法抵抗，迅速被击败。
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公元589年，陈后主投降，南陈被隋朝吞并。从刘裕建刘宋至陈后主投降，共169年。
这是南北朝的历史总结。
