在《倚天屠龙记》中，灭绝师太是周芷若的师父，她对周芷若和张无忌的感情发展起到了重要的推动作用。然而，灭绝师太最终却阻止了周芷若和张无忌的结合。那么，为什么灭绝师太要这样做呢？

首先，从人物性格来看，灭绝师太是一个非常强势、果断的女性。她对自己的徒弟周芷若也一直有着极高的期望和要求。在她看来，周芷若应该成为一位武功高强、品行端正、能够担当振兴峨眉派大任的优秀弟子。因此，在面对周芷若的感情问题时，灭绝师太也会从自己的价值观出发，对周芷若的未来进行规划和干预。

灭绝师太是峨眉派的掌门人，她有着强烈的门派观念。在武侠世界中，门派之间的恩怨纠葛是普遍存在的。而明教在武林中被视为邪教，灭绝师太对明教持有很深的偏见和敌意。张无忌是明教的教主，因此，灭绝师太自然不愿意让周芷若与张无忌走在一起，这会被视为峨眉派与明教和解或者联盟，进而可能损害峨眉派的声誉和地位。

其次，从故事情节来看，灭绝师太之所以阻止周芷若和张无忌在一起，也与当时的江湖环境和人物关系有关。在小说中，张无忌是明教教主，而明教与峨眉派有着很深的渊源和恩怨。虽然张无忌为人正直、善良，但是他在江湖上的敌人很多，其中不乏对峨眉派不利的人物。因此，灭绝师太认为周芷若与张无忌在一起会面临很大的危险和压力。

此外，灭绝师太也担心周芷若和张无忌的感情会影响到峨眉派的利益和形象。在小说中，峨眉派作为中原武林的一支重要力量，有着极高的声望和地位。如果周芷若和张无忌在一起，很可能会引起其他江湖人士的质疑和不满，从而对峨眉派的形象和利益造成影响。

最后，从个人情感来看，灭绝师太也曾经历过感情的波折和痛苦。她深知感情的复杂和难以捉摸，因此她更加担心周芷若会在感情上受到伤害。在她看来，周芷若应该将更多的精力和时间投入到武功修炼和为峨眉派争光上，而不是陷入感情的漩涡中无法自拔。灭绝师太将周芷若视为峨眉派的未来希望，她希望周芷若能够继承她的遗志，光大峨眉派。因此，她更希望周芷若能够选择一个对峨眉派有利，且能助力周芷若实现这一目标的伴侣。张无忌虽然是武学奇才，但他与明教的深厚关联，让灭绝师太不能接受他作为周芷若的伴侣。

综上所述，灭绝师太阻止周芷若和张无忌在一起的原因是多方面的。她从自己的价值观出发，认为周芷若应该成为一位品行端正、能够担当大任的峨眉派弟子，而不能沉迷于感情中无法自拔。同时，她也担心周芷若和张无忌的感情会影响到峨眉派的利益和形象，以及周芷若会在感情上受到伤害。这些因素综合起来，导致了灭绝师太做出了阻止周芷若和张无忌在一起的决定。