命理以五行十神生克制化为核心理论，本来是有严密的逻辑体系的。但是，也有很多知识点是从逻辑上难以解释的。关于十天干在十二地支寄生的旺衰状态，就是一个很明显的例子。其中尤其以十天干在地支的十二长生最让人困惑：
甲木长生在亥，丙火长生在寅，壬水长生在申，还比较容易理解。因为水能生木，木能生火，金能生水。但是，戊土长生在寅木，庚金长生在巳火，丁火长生在酉金，就让人难以理解了。因为这三组干支组合都是五行相克的关系。此外，乙木长生在午火、辛金长生在子水、癸水长生在卯木，也是让人难以理解的。因为这三组干支组合都是地支耗泄天干的。
长生犹如一个人刚出生不久、生机勃勃、欣欣向荣之状态，这个时候是充满活力的。但是，庚金在巳火、戊土在寅木、丁火在酉金，干支处于激烈的克战关系，生机从何而来？实在难以解释。对于学习命理的人来说，这样“不通情理”的知识点只能死记硬背。
此外，关于干支组合的纳音也是让人费解的，其中最让人难以理解的是庚申、辛酉纳音石榴木。庚申、辛酉，天干地支都是金，明明五行金非常旺。但是论了纳音之后，竟然成了和金相克的木。其实，关于六十个干支组合的纳音，古人曾经试图进行过解释，但是都难免牵强附会，晦涩难懂，实际上这里面也许根本没有道理可讲。
四柱命理虽然有着严密的逻辑性，但是四柱命理本身就有不可思议、无法“讲理”的成分：为什么要以日干论命？年月日时都可以用干支纪年法的天干地支来记录，如果说日柱是年月之后更具体细微的时间单位，所以用日干代表命主；那么时柱是比日柱更具体细微的时间单位，为什么不以时干代表命主？四柱命理以年柱代表少年运、月柱代表青年运、日柱代表中年运、时柱代表老年运，理论依据是什么？这些问题，迄今为止没有人能够进行合理有效的解释。
命理是玄妙的、神奇的、不可思议的。命理既有逻辑性，又有实践性，虽然有很多从逻辑层面难以解释的知识点，但是命理经过了漫长的、大量的实践案例的验证，其有效性又得到了大多数人的认可。所以，接受命理就必须接受那些不可思议的“不讲理”。
