1946年3月，戴笠专机失事后，早已淡出国民党政坛的徐恩曾倒吸一口凉气，说道：“还好，还好，幸亏我退出了。”这时他早已退出政坛，退出特务核心机构，个人也并不缺钱，过起了闲云野鹤的生活。”

徐恩曾和戴笠分别作为中统和军统的领导人，他们之间存在着复杂的恩怨关系。中统和军统都是国民党的特务组织，但它们的侧重的方向和职能各不相同。中统是陈果夫、陈立夫兄弟的核心组织，是国民党党务组织，有着“蒋家天下陈家党”的说法，其主要负责政治情报的收集、对于异己势力的监控、铲除及保持党内思想的统一，是以党务为核心的。而军统则专注于军事情报和秘密行动，包括军事情报的收集与分析、对所谓特别分子的清剿和政府内部的安全维稳。

1.最开始时候徐恩曾和戴笠两人关系还是保持不错的，但随着时间的推移，两人的关系逐渐恶化。徐恩曾资格更老，还曾经帮助过戴笠建立电台组织，可以说对戴笠军统的发展有过帮助和促进作用；但随着戴笠和军统的崛起，戴笠不曾感恩，反而有些藐视徐恩曾，对于一些情报工作还怂恿手下抢功，时间长了徐恩曾和中统便不乐意了。国民党内部派系林立、争权夺利现象屡禁不止，是蒋介石一贯以政治权术统领手下的恶果，徐恩曾和戴笠两人的关系逐渐交恶便会是国民党派系争夺的一个缩影。

2.戴笠逐渐崛起，在蒋介石面前越来越得宠，感觉不受重要的徐恩曾渐渐有些失落，徐恩曾也越来越对戴笠有了不满和芥蒂。徐恩曾一度想找戴笠得麻烦，不曾想戴笠率先反戈一击，先秘密收集徐恩曾和其妻子、亲信的资料，如走私、投机倒把等，最终导致蒋介石对徐恩曾失去了信任。1945年，蒋介石下令撤去了徐恩曾的本兼各职，其中就包括中统局副局长这个最主要的职位。

3.徐恩曾的退出，有着自己的重要原因，他为了一己私利，疯狂敛财，纵容妻子亲信打着自己旗号投机倒把、无恶不作，在整个抗日战争时期中统立下的功劳并不多，远远不如军统，抗日战争时期军统的锄奸队还是暗杀了一些卖国贼和大汉奸的，起到了一定的威慑作用，对日寇和日伪势力造成了巨大打击。

具体两人关系紧张甚至于后来走向对立有着如下几个原因

1.在工作内容和范围上有很大的重合：中统和军统都是老蒋的特务组织，负责情报获取、分析，还对一些反蒋势力进行破坏、逮捕，这必然会导致两大组织在实际工作中因为抢功和夺利而产生利益冲突。

2.个人性格和工作方式的差异：徐恩曾总体还算比较表面上看起来比较内敛，而戴笠则为人强势霸道，趾高气扬，两人都是不服输的性格，这也间接让中统和军统在二人领导下勾心斗角、明争暗斗。

3.经济利益的争夺：两大特务组织需要很多活动经费，对于经济的获取和仰仗是非常需要的。双方经常会为了经济和物质利益反复争夺，不惜撕破脸皮大打出手，甚至于到最后还内讧、火拼，还公然杀害对方人员。

4.偶然历史事件的影响：抗日战争时期，为了中印缅交通线，远征军赶赴云南、缅甸，很多人付出了巨大牺牲。而徐恩曾却利用手中职权，竟然在边境线走私军火、药品等，大发战争财，后来被军统查获，成为徐恩曾最后一根被压垮的稻草，导致徐恩曾最后被撤职。

综合去看，这些历史和现实因素一起导致了徐恩曾和戴笠之间的关系始终无法和谐，最后戴笠军统崛起，影响力更大，而徐恩曾被撤职，远离国民党核心系统。不过后来戴笠暴毙，而徐恩曾得以善终。