复发性流产的原因非常复杂，主要包括遗传、解剖、内分泌、感染、免疫功能异常和血栓前状态等因素。流产可能是由单一因素或多个因素引起的。
导致复发性流产的原因主要有两种遗传因素。第一种是夫妇的染色体异常，大约占总数的2%-5%。第二种是胚胎自身的染色体异常，约占总数的50%-60%。这是复发性流产的常见原因。然而，随着流产次数的增加，胚胎染色体异常的可能性会降低。
如果发现患有内分泌异常的妇女，如黄体功能不全、多囊卵巢、高催乳素血症、糖尿病和甲状腺功能异常等疾病，应该在病情稳定后再考虑妊娠。对于由内分泌异常引起的流产，可以采取有针对性的治疗措施。
对于生殖器异常导致的解剖性流产，比如子宫肌瘤、子宫畸形、宫颈机能不全等，可以先进行相应手术治疗，并在治疗后再考虑怀孕。
免疫因素是常见导致复发性流产的原因之一。复发性流产的发生与一些重要的自身免疫抗体有关，其中常见的是抗磷脂抗体。胎儿在母体中被视为异种移植物，并受到母体的保护机制的影响。简言之就是未能避免排异。
此外，导致反复流产的风险因素包括感染、全身性疾病、环境因素、不良心理刺激以及年龄和肥胖等。
