世界上有两种爱是能够禁得起任何考验的，
一种是血浓于水的亲情——父母兄妹之爱，
另一种那就是，至死不渝的爱情——不论男女。
帅气的申永俊，性格脾气好，成绩优秀，又非常热爱摄影。是属于班草的哪一类，班级里有很多女生喜欢和暗恋他，但他却都讨厌至极，因为他初中的时候就喜欢经常被人欺负的同性朋友韩志雄同学。从初中到高中一直暗恋了好几年，怕别人歧视而不敢启齿。
韩同学本来也算开朗活泼，由于自己的父亲纵火被抓，性格慢慢变得内向，不苟言笑，变得非常忧郁。从哪以后就天不怕地不怕，经常逃学，背地里进行着暴力交易，反正就是不学无术，成了问题少年。由被初中被人经常打的青铜，摇身一变却成为了高中学校的霸主，变成了王者。
永俊是位相当优秀的学生，家长和老师都对他寄予厚望，希望他努力学习，考上首尔大学。他的同性恋如果隐藏的好，不暴露的话，他的人生可能会一帆风顺，一路开挂。成为家庭和学校的骄傲。
虽然喜欢志雄，但生性软弱的永俊并不会与游走在退学边缘的校霸发生任何交集。但是事与愿违，在一次斗殴中志雄抢走了永俊的自行车，虽然自行车被抢走，永俊却一点都不难过，因为他有理由跟志雄产生关系，有机会接触了。
在此期间永俊犹豫着是否要向志雄告白。但他同志朋友却告诉他，要想清楚，最好确定下对方与他是否有同样的情节。因为，“爱上直男，就跟喝毒药没有两样”。
后来永俊终于鼓起勇气，以亲吻来代替告白，却被志雄强烈的拒绝了，把他暴打到鼻青脸肿，没法去学校上课。肉体虽然受了伤害，心灵却得到了满足。永俊坐在床上，傻傻地笑着，终于如愿以偿，他喜欢这样的生活方式，因为他爱着志雄。志雄受到这次刺激，虽说有些不情愿，但也放下了防备心，跟永俊交往起来。
自从永俊进入了他的生活后，志雄整个人像变了一个人似的，虽然还是做着一些让人看到就厌烦的事情，但暴力、斗殴、偷盗减少了很多，在永俊没有出现在他的面前之前，他自己也认为自己是个烂仔，会一直颓废下去。永俊就像一株夜间生长的植物，他可以刺破黑暗，给人带来光明。对志雄来说，可能也是唯一的哪一个。
志雄帮永俊找回了丢失的自行车，两人一起骑单车去郊游，两人还留下了暧昧的照片。两人的关系如果这样发展下去，结局也是非常完美的，影片如果在此结束，也是一个不错的结局。
但生活给我们的都不是好的一面，当他看到你幸福快乐的时候，暴风雨也就该来临了。直到俊宇同性恋的身份被揭穿，被学校开除后，永俊的身份也被学校发现了。学校没有对永俊处理，只希望他好好学习，考上首尔大学，学校睁只眼闭只眼，当作什么也不知道。尽管这样，他班主任老师，总是不给人面子，总爱羞辱人，在班级里不注意个人形象，一直传播同性恋这件事情。虽然没有点名道姓，却让永俊时时刻刻活在恐惧当中。
永俊撑到下课，实在忍无可忍，跑出了教室，跑到角落里去呕吐，志雄看到后，跑到他身边什么事也没做，只是两只手紧紧地握在了一起，这一幕却被班级里的小胖子看到了，小胖子是个大嘴巴，把事情最终泄露了出去。从这一刻开始，夜晚不在了，所有的一切都展现在光天化日之下了。
《夜间飞行》之所以是在夜间，是因为，只有在晚上无人时，永俊和志雄才可以四处奔走，表达爱恋。才能做真正的自己，而当白天一旦来临，他们所要面对的不只是羞辱，还有校园暴力。志雄的校霸名气，一直在外，没有人敢去对他施暴，唯一也只是在他背后指指点点。永俊却不一样了，除了被别人明目壮胆的羞辱外，还被人施暴。身心都受到了严重的催残。被凌辱的永俊想到了自杀，在那间自己经常去的“夜间飞行”的同志酒吧上，想要跳下，最后回想了很多，最终还是放弃了。
此时的志雄也在沉默中爆发了，他打了老师，狠狠地教训了，羞辱和暴力永俊的同学，最后他自己也受伤了，住进了医院。事已至此，学是不能再上了，最后也主动退了学。看到这一幕的永俊为了自己的真爱也选择了退学。
影片讲述了目前社会存在的两个问题，这两个问题在目前的主流社会都没有很好的解决方案。第一：校园暴力。第二：同性恋的社会接受程度。
志雄最后买了两张去往丽水的火车票（丽水是韩国最南端的城市）。两人似乎要携手离开他们熟悉的城市，去找一个没有人知道他们的地方去生活。影片最后火车开走了，他们应该成功了，即便是夜间飞行，那也是并肩齐飞。逃离并不是结束，不管走到哪都没有归宿。
永俊离开学校，在墙上喷漆：“这里也有着同志的存在。”这才是每一个群体都应该有的归宿，都应该有的生活态度，不应该是逃避和远离，不应该不见天日，而是应该有“我”的存在。我真的不希望让一些人的翅膀，只能在黑暗的角落展开。
最后用一句话结束此文，“只有娘炮才会干那些弱小的女子，男人就应该跟变形金刚。”
