在《庆余年》中神庙是一处极其特殊及充满神秘的地方，位于地球的极北之地，人迹罕至，这里到底隐藏着什么秘密？

当范闲和海棠朵朵进入了神庙之后，他被眼前的景象所惊呆。

这个所谓的神庙其实是一个现代的军事博物馆，也幸亏范闲是现代社会的大学生穿越而来，因此对于现代科技有所了解和掌握，所以对眼前的景象虽然惊讶，但不至于无法接受。

神庙的顶部被密密麻麻的太阳能光板所覆盖。由于北极有极夜和极昼，太阳。在极夜的时候，太阳无法照射到神庙，因此神庙无法吸收太阳能只能关闭消失，被大雪茫茫所覆盖。到了极昼的时候，太阳能板开始运作，神庙便能够重新启动。

范闲和海棠朵朵在神庙中看到了肖恩所说的蝌蚪文，仔细一看原来是中英文混合的字体，而范闲通过字体的排列和布局，推测这些字就是军事博物馆的意思。

在进入了神庙内部之后，神庙用内部的全息投影的方式告诉了范闲世界的真实情况。

在几十万年前，人类科技高度发达，同时为了各自的利益战争不断，最终地球经历了核战争，所有的文明被摧毁，地球进入了漫长的核战争后的冬天。地球已经不适合人类生存，由于核战争开始的地点就是后来的大东山，因此这里也就成为了整个地球核辐射最高的地方。

后来核战争幸存下来的人类乘坐宇宙飞船离开地球，去浩瀚的宇宙寻找新的可以生存的星球，并建立了新的星际殖民基地，以延续地球文明。

在人类离开地球之前，将所有的武器和科技的样本存放在了位于北极的军事博物馆中，并由一个名为AAI系统的超级电脑所管理

千万年之后，地球上又有了新的人类和文明，但是科技发展缓慢，神庙根据核辐射创造出了符合人类修炼的功法秘籍，为的就是净化地球，让地球重新恢复到适宜人类生存的状态。而这个世界里的所谓真气，其实是上个文明核爆毁灭后残留的核辐射能量。后来叶轻眉背着的箱子里装的就是从军事博物馆里偷出来的巴雷特以及功法秘籍。

天下无敌的五竹其实是神庙使者，也就是神庙的仿生机器人。神庙使者的任务是消灭超级电脑认为的威胁人类文明发展的危险，而五竹是最强的神庙使者。

叶轻眉策反了五竹，带着五竹和巴雷特逃出了神庙，去游荡天下，帮助庆帝消灭了皇位的竞争者当上了皇帝。

另外一种执行神庙使命的是所谓的天脉者。这些天脉者是拥有特异功能可以直接跟神庙对话并得到神庙授权的人类。叶青眉、范闲其实都是天脉者，但是为了自己的理想和信念都背叛了神庙，都成了神庙诛杀的对象。

五竹在被神庙的超级计算机格式化以后，被命令杀掉范闲，但五竹还残留着叶轻眉和范闲的记忆，没有伤及范闲的要害，最后五竹又一次被策反，再次带着范闲逃离了神庙，并且砸烂了神庙的超级电脑的主机，自此这个世间再无神庙。

在故事的最后，范闲的后人乘坐宇宙飞船也离开了这个世界，去广袤的宇宙去寻找曾经的地球人，而五竹则一个人独自坐在大东山上，等待着曾经的地球人的回归。