明清两朝均设有太医院，只是医官设置名称先后不同。太医院是国家医药行政管理机构，也是皇室医疗单位，负有国家医学教育、医学人才考试选拔、祭祀名医、医官的任免与派遗等功能，并有奉旨诊视皇族大臣疾病的任务。

清太医院医官俱为汉人，乾隆五十八年（1793），特置满人大臣，管理院务。清代的医学分科曾先后合并递减。顺治年间医学分11科，比明代少金镞、祝由、按摩三科，增加痘疹，接骨改称正骨。嘉庆二年（1797）痘疹并入小方脉科，口齿、咽喉合为一科，为9科，更为简明。嘉庆六年（1801）奉旨将正骨科划归上驷院蒙古医生兼充。道光三年（1823）奉旨以针灸之法究非奉君之宜，太医院针灸一科永远停止，成为7科，同治五年（1866）又减为5科，即大方脉科（将伤寒、妇人科并入）、小方脉科、外科（即疮疡科）、眼科、口齿咽喉科。有些学科归并，有些学科取消，不尽合理。

清初，太医院内设教习所教授学生。学生来源由医官保送。学习课程主要为《内经》、《伤寒论》、《金匮要略》、《本草纲目》等，以及有关本专科的医书。至乾隆14年（1749）以后，《医宗金鉴》也作为教科书。学制为三年，期满经考试合格录取者为医士。清代御药房分东西两所，由太医院医官轮流值班。清代太医院也常奉旨诊视各王公府邸和文武大臣。此外，如发生疫情，太医院有向军队、监狱、边关隘口等处派遣医家治疗的任务。清代无御药局，设御药房供应宫内所需药物的炮制和成药加工。

清代初期，统治者为防止人民的反抗斗争和外国资本主义势力的侵入，实行“八股”取士的科举制度，还采取“闭关自守”的政策，为了禁锢知识分子的思想与行动，清代大力提倡尊经复古和繁琐考据，并实行“文字狱”残酷措施，这一切都在一定程度上阻碍了文化科学的更好发展。其间：医学界不少人的因循守旧，满足于取类比象、思辨推理的方法，缺乏革新的创造精神，都是受其影响的结果。至乾隆时期较为好转，18世纪末苏州医家唐大烈编辑的《吴医汇讲》，将苏州、无锡、常熟、太仓等地医家的文章结集，先后出版《吴医汇讲》11卷，合订为一册，共登载41位作者的94篇文章，成为我国最早具有医学杂志性质的刊物。

据文献统计，明代276年中大疫流行64次，清代266年中大疫流行74次。严酷的现实迫使医学界研究新问题，正是在这样的形势下，著名医家叶天士、薛雪、吴鞠通、王孟英等，建立了较为系统的温病学理论，当时医家对疫病的预防，主张采用隔离措施，认为它是比服药预防更为有效的方法。温病学术体系的确立，是清朝医学史上的重大成就，是中医学面对急性传染病的流行另辟新径的创新发展。

清代医家、医著、医论相当多，不仅是医学全书、类书与丛书不断问世，而且有较多医案、通俗医学启蒙普及书流行。较为有影响的如下：

1644年（顺治元年）傅仁宇著《审视瑶函》；

1648年喻昌著《尚论篇》。

1664年（康熙三年）刘若金著《本草述》；

1667年张璐著《伤寒缵论》、《伤寒绪论》；

1669年柯琴著《伤寒来苏集》；

1670年张志聪著《黄帝内经素问集注》、《黄帝内经灵枢集注》；

1682年汪昂著《医方集解》，两年后又著《本草备要》；

1695年张璐著《张氏医通》；

1697年王宏翰著《古今医史》；

1715年亟斋居上著《达生篇》。

1723年（雍正元年）清政府编成大型类书《古今图书集成》，内有《医部全录》520卷；

1729年尤在泾著《金匮要略心典》、《伤寒贯珠集》；

1732年程钟龄著《医学心悟》。1740年（乾隆五年）王洪绪著《外科证治全生集》；

1742年吴谦等人奉旨“御纂”《医宗金鉴》90卷，共分为伤寒、金匮、临床各科等15种，编者立论平正，全无偏执，伤寒和临床各科“心法要诀”为全书精华所在，尤为突出的是《正骨心法要旨》一书，对骨科手法、解剖、器械图解详明，并吸取多种临床经验，全书较系统地反映了中医学术体系，又注重临床，便于初学，是具有教材性质的普及性医学丛书；

1746年前后叶天士著《温热论》、《临证指南医案》；

1750年陈复正著《幼幼集成》；

1757年张宗良著《喉科指掌》，吴仪洛著《本草从新》；

1759年徐大椿著《伤寒论类方》，赵学敏编《串雅外编》《串雅内编》刊行；

1761年吴仪洛著《成方切用》，严西亭等著《得配本草》；

1765年赵学敏著《本草纲目拾遗》；

1770年魏之琇著《续名医类案》；

1773年沈金鳌著《幼科释迷》，曹庭栋著《老老恒言》；

1772~1781年清政府编辑大型丛书《四库全书》，其中收录历代医书百余种；

1792年唐大烈主编《吴医汇讲》刊行；

1798年（嘉庆三年）吴鞠通著《温病条辨》；

1803~1820年陈修园著《平人延年要诀》、《医学三字经》、《南雅堂医书全集》（又名《陈修园医书十六种》）。

1805年高秉钧著《疡科心得集》；

1808年钱秀昌著《伤科补要》。

1822年（道光二年）清统治者下令在太医院内永远废止针灸科；

1825年章楠撰《医门棒喝》刊行；

1827年傅山著《傅青主女科》刊行；

1830年王清任根据尸体解剖和临床经验写成《医林改错》，强调解剖学知识对于医学的重要性；

1838年郑梅涧著《重楼玉钥》；

1840年江考卿著《江氏伤科方书》；

1843年周松龄著《小儿推拿辑要》。

1846年鲍相璈汇编《验方新编》；

1848年吴其濬著《植物名实图考》及《植物名实图考长编》；

1850年吕震名著《伤寒寻源》。

1851年（咸丰元年）陈国笃著《眼科六要》；

1852年王孟英著《温热经纬》、《王氏医案》等；

1858年陆定圃著《冷庐医话》。

1863年（同治二年）费伯雄著《医醇賸义》及《医方论》，屠道和编著《本草汇纂》；

1864年吴尚先著《理渝骈文》；

1874年廖润鸿著《针灸集成》。

1875年（光绪元年）夏春农著《疫喉浅论》；

1877年潘解著《女科要略》；

1882年雷丰著《时病论》，李纪方著《白喉全生集》；

1884年唐宗海著《中西汇通医书五种》；

1889年张振鋆著《厘正按摩要术》、《痧喉正义》；

1892年马培之著《外科传薪集》，朱沛文著《华洋脏象约纂》（又名《中西脏腑图象约纂》）。

1894年余景和著《外证医案汇编》；

1897年陈葆善著《白喉条辨》；

1898~1911年周学海著《读医随笔》及《周氏医学丛书》；

1900年柳宝诒著《温热逢源》；

1901年郑肖岩著《鼠疫约编》。

1909~1924年间（即宣统元年~民国十三年）恽铁樵著《群经见智录》、《伤寒论研究》。谢观等编《中国医学大辞典》、张锡纯著《医学衷中参西录》。

此后多年战乱，中医药学一度濒临废除，新中国成立后逐渐恢复其底蕴辉煌。

十七世纪以后，中国除与朝鲜、日本以及东非沿岸的不少国家医药交流较多，药物学、针灸学以及人痘接种术等亦流传到欧洲一些国家，并产生了一定的影响。如弗洛伊尔是欧洲最早发明脉搏计数器的，但他在自己的著作中提到，他的发明受到中国脉学论述的影响与启发；1683年荷兰医生赖尼在伦敦出版英文版《论关节炎》，书中有利用针刺治疗关节炎的内容；同年，盖合玛在德国汉堡出版了德文版《应用中国灸术治疗痛风》，书中谈到中国的灸术是当时治疗痛风的最迅速最适宜的方法……

由于中医药学不断传到欧洲，其独特的理、法、方、药体系及疗效引起欧洲学术界的关注，以至于19世纪初西欧的学者们就开始研究中国医学史，并出版了专著。如瑞穆斯特于1813年在巴黎出版法文版《关于中国医史研究》，皮尔松于1820年在伦敦出版了英文版《中国医学史》。这些可以反映欧洲对中国医药学亟欲全面深入了解的迫切愿望。在此期间，国外的一些科学技术与医学知识也传入我国，对我国科学技术和医学进步也有一定的促进作用。

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