红棉寺在越秀山镇海楼下（东南面），为城北著名庙宇之一。
此寺创建人不详，亦未知始建于何时。清同治十年《番禺县志》称之为“旧粤秀古寺”，本不名红棉寺。清道光初年（1821），寺僧展腓重修此寺，才易名红棉寺。
晚清广东名人梁鼎芬(1859—1919)在自述中说过：“先祖少日读书粤秀山红棉寺，其所居曰玉山草堂，藏书最富。道光三年，赴礼部试……”由此可知，此寺当始建于清代前期，甚至更早，是一个非常清幽的所在。从寺名来看，寺周是木棉成林、浓阴一片的园林之地。寺内建佛殿，筑佛幢，有院落，种植花草树木，十分阴凉而幽静。清代蔡显原有《红棉寺》诗咏：“十丈红棉树，雄姿压粤台。阴连经院静，花映佛幢开……”
在第一次鸦片战争结束后，在红棉寺附近修筑了一座炮台。梁廷楠约撰成于清道光三十年（1850）的《夷氛闻记》载当时广州府城北路炮台有永康、拱极、保极、耆定、红棉寺、饽饽山，这些炮台或在战争中被洋人毁损，或在战前没有炮台而在战后根据形势而补筑，“并铸安巨炮，分防丁勇。”在第二次鸦片战争英法联军攻占广州城的战役中（时在1857年底），这红棉寺炮台并没有发挥过什么作用，至少在史志中没有记载。寺也没有受到什么损伤。
清同治年间（1862－1874），红棉寺僧将寺庙卖给了洋人，署南海县知县陈善圻把寺庙赎回，易名为“红棉草堂”。当时的广东巡抚郭嵩焘为之作记。
1891年，康有为(1858—1927)在广州开办“万木草堂”，其后数年，红棉草堂是其师生的经常漫游之地。在祝贺康有为70寿辰时，粱启超曾这样回忆：“粤秀山之麓，吾侪舞雩也，与先生（康有为）相期或不相期，然而春秋佳日，三五之夕，学海堂、菊坡精舍、红棉草堂、镇海楼一带，其无万木草堂师弟踪迹者盖寡。每游率以论文始……”
梁启超在《阮芸台先生画像》一文中记述，他在1915年春来到越秀山，看到学海堂已经没有了，而原在学海堂阮太傅祠里的阮元的画像也没有了，后经搜剔，“得兹像于旧红棉山馆之旁”。这个红棉山馆即红棉草堂，可见在民国前期已荒废。
民国十七年(1928)，曾任广东省教育厅厅长的岭南现代著名诗人黄节（1873—1935）撰《重修镇海楼记碑》，文中称：“越秀山拔地二十余丈……山半三君祠，而上有红棉草堂，堂左偏则镇海楼。”可见红棉草堂当时仍在。后毁圮不存。
那么，若今天去寻访，红棉寺（红棉草堂）的具体位置，究竟是在哪里呢？
